Durante una noche de tormenta, Link recibe un mensaje de auxilio de la Princesa Zelda, que esta encerrada en las mazmorras. Un misterioso mago llamado Agahnim ha matado al Rey, se ha hecho con el control de los soldados y ha sacrificado a las descendientes de los Sabios que crearon el sello que separa Hyrule del Mundo Oscuro... salvo a ella, que es la ultima. Ignorando a su tio, Link se dirige al Castillo para asumir su lugar una vez este muere y poner a salvo a la Princesa. Pero eso es solo el principio para Link, que se embarcara en una aventura para evitar que el mago cumpla con su objetivo, algo que podria provocar el regreso de una vieja amenaza...