Las sombras de la desgracia empiezan a planear sobre el pacifico reino de Hyrule. El Reino Sagrado y la reliquia que alberga, la Trifuerza, estan en peligro por culpa de un siniestro hombre del desierto vestido con armadura negra. Y al parecer, todo esta en manos de un niño del bosque que no tiene hada. Reclamado por el Gran Arbol Deku, Link comienza una aventura que le llevara a las montañas, bajo el agua e incluso a través del tiempo...