Seis meses después de destruir la Base Recolectora y salvar a la humanidad de un destino terrible, Murata Shepard ha sido degradada y esta bajo arresto domiciliario por haber destruido el Relé Alfa, siendo el haber evitado una Invasión Segadora lo único que le ha librado de un consejo de guerra. Pero al final, acaba comprobando con sus propios ojos que esa acción desesperada fue simplemente "pan para hoy y Segadores para mañana", porque es testigo del inicio del ataque Segador a la Tierra, del que apenas logra escapar en la Normandía con ordenes de ir a la Ciudadela y pedir ayuda al Consejo.

Pero una cosa lo cambia todo: Liara ha descubierto en los archivos de Marte los planos de un arma que podría cambiar las cosas hasta el punto de que podría acabar con los segadores. De hecho, los proteanos estuvieron a punto de completar el arma, pero se les acabo el tiempo. La cosa esta clara: Construir el arma y usarla es la única oportunidad de sobrevivir para la humanidad y las demás especies avanzadas de la galaxia, que ya empiezan a tambalearse al borde de la extinción, como tantas y tantas especies a lo largo de una historia que, para bien o para mal, esta a punto de escribir su capitulo final.