En plena Segunda Guerra Mundial, William B.J. Blazkowicz logra hundir el Tirpitz justo a tiempo de evitar un ataque de misiles sobre Londres. Pero no es que tenga mucho tiempo para saborear la hazaña, porque la OAS (Oficina de Acciones Secretas) no tarda mucho en volver a ponerle deberes: Al parecer, un pez gordo de la División Paranormal de las SS, Viktor Zetta, anda metido en algo en la ciudad de Isenstadt, y presumiblemente esta relacionado con un extraño medallón que Blazko encontró en el acorazado, relacionado a su vez con una misteriosa civilización que desapareció en un cataclismo y que adoraba a algo llamado "Sol Negro". La misión de B.J. es clara: Ir allí, saber de que va el asunto y frenarlo en seco.

En Isenstadt, se juntara con la resistencia del Circulo de Kreisau para averiguar que están haciendo los nazis en esa ciudad y gracias a otra organización, la Golden Dawn, BJ empezara a adentrarse en los misterios del Sol Negro, dimensión cuyo poder destruyo a la civilización de Thule tiempo atrás y que los nazis están dispuestos a utilizar con el fin de ganar la guerra...