molbiol_ru

URL #1

Уважаемые коллеги, имею честь представить вам свою книгу:

Лукашов В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ. М.: Бином. Лаборатория знаний. 2009.

ISBN 978-5-9963-0176-8.

Эта книга - первый отечественный учебник, освещающий широкий спектр вопросов, связанных с филогенетическим анализом в молекулярной эволюции. Книга предназначена для студентов, аспирантов и научных сотрудников биологических, медицинских и математических специальностей, занимающихся вопросами биоинформатики, эволюционного и филогенетического анализа, а также медицинских сотрудников, интересующихся этими вопросами. Книга допущена Учебно-методическим объединением по классическому университетскому образованию России в качестве учебного пособия для студентов, обучающихся по специальности "биоинженерия и биоинформатика".

Книга выходит в октябре 2009 г., вся информация касательно покупки книги дана на сайте издательства: http://www.lbz.ru/help.

Я буду признателен за отзывы, замечания, предложения касательно этой книги, которые следует направлять по адресу Lukashov_book@mail.ru.

Содержание книги:

Глава 1. Цели, принципы и понятия молекулярной эволюции

1.1. Задачи молекулярной эволюции как науки

1.2. Нуклеотидные последовательности

1.3. Аминокислотные последовательности

1.4. Генетический код

1.5. Мутации

1.6. Нуклеотидные замены

1.6.1. Транзиции и трансверсии

1.6.2. Синонимичные и несинонимичные замены

1.7. Нуклеотидный и аминокислотный состав, использование кодонов

1.8. Эволюция нуклеотидной последовательности

1.9. Консенсусные последовательности

1.10. Гомологичные и сходные признаки, конвергенция

1.11. Естественный отбор и неодарвинизм

1.12. Закрепление мутации в популяции

1.13. Концепция молекулярных часов

1.14. Нейтральная теория молекулярной эволюции

1.15. Эволюционная систематика

1.16. Проведение эволюционного анализа

Глава 2. Выравнивание генетических последовательностей

2.1. Цели выравнивания последовательностей

2.2. Принципы выравнивания последовательностей

2.3. Алгоритмы выравнивания двух последовательностей

2.3.1. Принцип матрицы точек

2.3.2. Алгоритмы Нидлмена-Вунша и Смита-Уотермена, глобальное и локальное выравнивание

2.3.3. Общие принципы динамического программирования при выравнивании последовательностей

2.3.4. Методы слов

2.4. Множественное выравнивание

Глава 3. Модели эволюции и эволюционные дистанции между генетическими последовательностями

3.1. Наблюдаемые, истинные и расчетные эволюционные дистанции

3.2. Модели эволюции и дистанции между нуклеотидными последовательностями

3.2.1. Модель Джукса-Кантора

3.2.2. Модель Кимуры

3.2.3. Модель Таджимы-Неи

3.2.4. Другие модели эволюции нуклеотидных последовательностей

3.2.5. Гамма-дистанции

3.2.6. Сравнение различных моделей

3.3. Синонимичные и несинонимичные дистанции и их отношение

3.4. Аминокислотные дистанции, матрицы вероятностей аминокислотных замещений

3.5. Учет делеций и отсутствующей информации

Глава 4. Филогенетический анализ

4.1. Филогенетические деревья

4.2. Дистанционные методы построения филогенетических деревьев

4.2.1. Принципы дистанционных методов

4.2.2. Метод UPGMA

4.2.3. Метод трансформированной дистанции

4.2.4. Метод минимума эволюции

4.2.5. Методы связей между соседями

4.2.6. Метод присоединения соседей

4.2.7. Установление длин ветвей

4.3. Методы анализа дискретных признаков

4.3.1. Принципы методов анализа дискретных признаков

4.3.2. Метод максимальной экономии

4.3.3. Метод максимального правдоподобия

4.4. Статистическая оценка дерева, бутстрэп-анализ

4.5. Таксономия: фенетика и кладистика

4.6. Сравнение филогенетических методов

4.7. Другие филогенетические методы

Глава 5. Отдельные задачи эволюционного анализа

5.1. Рекомбинационный анализ

5.2. Анализ нуклеотидного и аминокислотного состава и использования кодонов

5.2.1. Смещения нуклеотидного состава

5.2.2. Различия в использовании кодонов

5.2.3. Анализ нуклеотидного состава и использования кодонов в филогенетических исследованиях

5.3. Анализ молекулярных часов

5.3.1. Вопросы, связанные с концепцией молекулярных часов

5.3.2. Установление и калибровка молекулярных часов – тест относительных скоростей эволюции

5.3.3. Другие подходы к установлению молекулярных часов

5.3.4. Проблемы филогенетического анализа, связанные с несоблюдением модели молекулярных часов

5.3.5. Анализ молекулярных часов в эволюции высших организмов

5.3.6. Анализ молекулярных часов в эволюции вирусов

5.3.7. Молекулярные часы в эволюции ВИЧ-1 и их использование для датирования начала эпидемий и эволюционных событий

5.4. Анализ митохондриальной ДНК

5.4.1. Особенности эволюционного анализа митохондриальной ДНК

5.4.2. Концепция митохондриальной Евы и использование анализа мтДНК при изучении происхождения человека

5.5. Молекулярная эпидемиология

5.5.1. Задачи и принципы молекулярной эпидемиологии

5.5.2. Установление источника заражения

5.5.3. Анализ эпидемиологических сетей

Глава 6. Компьютерные программы для эволюционного анализа

6.1. Типы компьютерных программ

6.2. Программы для хранения и редактирования последовательностей

6.3. Международные базы генетических данных

6.4. Программы для выравнивания последовательностей

6.5. Программы для филогенетического анализа

6.6. Другие программы

Сообщение было отредактировано Владимир Лукашов - 07.10.2009 17:03

Сообщение в колонке новостей, раздел "Наука: общая и молекулярная биология"

08.10.2009 01:38

URL #4

(daniil naumoff @ 08.10.2009 22:41)

URL #5

(Statin @ 09.10.2009 12:36)

URL #6

(Владимир Лукашов @ 09.10.2009 16:41)

Я сам - не против, но такие вопросы - решает издательство. Я с ними поговорю. Насколько я знаю, они разрешают давать в интернете оглавление и предисловие, другое - не знаю.

Тогда просто напишите сколько ссылок всего и в т.ч.: статьи, научные книги и учебники. Это поможет сориентироваться.

12.10.2009 16:43 URL #7

Дайте нормальную ссылку на веб-страницу где книга имеется. Я долго рыскал так и ничего и не нашел...

URL #8

(daniil naumoff @ 10.10.2009 12:53)

Тогда просто напишите сколько ссылок всего и в т.ч.: статьи, научные книги и учебники. Это поможет сориентироваться.

В книге - 378 ссылок, в основном - журнальные статьи, конечно, плюс еще есть небольшой раздел "Книги для дополнительного чтения", по различным (смежным) вопросам биоинформатики, сравнительной геномики и т.д., с моими короткими аннотациями.

URL #9

(Guest @ 12.10.2009 15:43)

URL #10

Очень ждем ссылок на розницу. Сил никаких нет терпеть - как нужна книга - и для курса систематики, и по жизни - чтоб читать по ночам под подушкой...

URL #12

Уважаемые коллеги!

Книгу можно купить и в интернет-магазине, страница книги - http://my-shop.ru/shop/books/494877.html?partner=02266.

URL #14

(Денис @ 30.10.2009 14:09)

URL #16

Спасибо за замечания! Естественно - я их всегда приветствую,

(daniil naumoff @ 25.11.2009 14:45)

Хотелось бы поделиться замечанимями, которые, возможно, автор сочтёт полезными при переиздании:[list]

[*] "Число нуклеотидных последовательностей в международной базе генетических данных GenBank превышает 70 миллионов, а их общая длина—80 миллиардов нуклеотидов" (стр. 5)

Однако согласно приведённому рисунку эти цифры даны по cостоянию на конец 2006 года.

Только что провёл скрининг GenBank и получил такую статистику...

Обратите внимания на шкалу - там последние данные на август 2007 г. Там цель - показать именно динамику, насколько рос объем информации до и после 1997 г. - колоссальный скачок! И в GenBank'e - была хорошая историческая таблица, которая - каждые два месяца это дело меряла, то есть - именно помесячно динамику можно показать. Но что-то они ее не обновляли с тех пор (по крайней мере, когда я последний раз проверял перед сдачей книги). А так - да, информация удваивается каждые полтора года, +-.

Почему именно медицинских сотрудников, а, скажем, не преподавателей биологии в средних учебных заведениях или учеников школ с углублённым изучением естественно-научных дисциплин?

Ну, если учитель биологии в школе сочтет эту книгу полезной в его работе - я буду только рад! А когда я книгу писал - то писал ее в расчете все-таки на студента-аспиранта-научного сотрудника, для этой целевой аудитории. В смысле - можно излагагать чуть проще или чуть сложнее, в расчете на конкретную аудиторию.

Кажется некорректным называть вирусы доклеточной формой жизни, т.к. исторически они не могли предшествовать клеточной форме жизни, будучи её паразитами.

Ой, тут -море спорных вопросов. Собственно - являются ли вирусы формой жизни вообще, в принципе? Очень многие - уже с этим не согласятся (Viruses are most often considered replicators rather than forms of life.) Я - в книге использовал устоявшийся оборот, без развертывания дискуссии по этому поводу. Английский вариант (non-cellular life) - мне тоже не очень нравится. Неклеточная форма жизни - которая суть-то и живет исключительно в клетке?

"механизмы пребиотической эволюции" (стр. 9) Сам факт существования пребиотической эволюции является спорным, поэтому упоминание о её механизмах в учебнике представляется по крайней мере преждевременным.

Так я же - и упомянул, что традиционно учебники это не рассматривают. Хотя - возьмите журналы по молекулярной эволюции, тот же J Mol Evol, - широко публикуют о пребиотической эволюции.

Рис. 1.1. (стр.10). Опечатки в формулах цитидин монофосфата и гуанозин монофосфата (четырёхвалентный азот и пятивалентный углерод).

А ведь не было этого у меня в рукописи - правильно в редакцию отдавал! (смотри файл). Пририсовали...

"В молекуле нуклеиновой кислоты различают кодирующие и некодирующие участки. Первые кодируют белки, вторые ..." (стр.11).

Так у меня там - в частности, регуляторные элементы. Но, понятно - не только же регуляторные элементы.

выделяют алифатические (с дальнейшим делением на моноаминомонокарбоновые, оксимоноаминокарбоновые и т. д.)..." (стр.11).

Почему такое противопоставление?

Тут я, честно говоря - не понял вопроса. Вопрос - к химикам. Алифатические ак - действительно, делятся на моноаминомонокарбоновые, оксимоноаминокарбоновые и т. д.. Т.д. - это серосодержащие, моноаминодикарбоновые и амиды моноаминодикарбоновых.

Таблица 1.2 (стр.14). Дважды фенилаланин в однобуквенном коде назван P, а не F.

А вот это - моя опечатка. Везде во всех таблицах правильно, а тут - да, опечатался.

Спасибо!

Файл/ы:

URL #17

(Владимир Лукашов @ 25.11.2009 20:56)

URL #18

(daniil naumoff @ 26.11.2009 15:36)

URL #20

(daniil naumoff @ 03.12.2009 09:38)

Наконец-то в мои руки попала сама книга. Бегло просмотрел. Обратил внимание на рисунок 4.5 (стр.100). Могу его здесь разместить, но не знаю на сколько это будет законно. На мой взгляд в нём допущено сразу несколько опечаток, что превращает его в ребус (не думаю, что неподготовленный читатель сможет понять как именно этот рисунок должен был выглядеть на самом деле). Вот мои замечания:

• • во множественном выравнивании в последовательности B зачем-то указан первый нуклеотид, хотя он совпадает с последовательностью A;

  • во второй матрице перепутаны названия колонок и строк: колонки должны быть C, D и E, а строки - AB, C и D;

  • было бы полезно объяснить как четыре выделенных в матрицах числа (0.0699, 0.1279 и т.д.) были конвертированы в значения, отложенные на шкале последнего древа, а также указать, что эта шкала применима и к трём остальным деревьям.

Спасибо! Опять-таки, все это - редакционные опечатки, в моей рукописи - все правильно было. Мой рисунок - приложен.

Файл/ы:

URL #21

(Владимир Лукашов @ 03.12.2009 13:55)

URL #22

(daniil naumoff @ 03.12.2009 12:36)

А гранки они не дают смотреть?

Гранки я - раз десять вычитывал, и не я один, каждый раз - то одно появляется, то другое. Одно поправишь - другое появится. То редактору что-то не понравится, то художнику, то верстальщику, то корректору, то кто-то что-то не так поймет... Нормальный редакционный процесс! Это - притом, что издательство - очень хорошее, сотрудники - добросовестные профессионалы.

Пример: эту ветку с анонсом книги я открыл, когда сам еще экземпляра книги не имел. Но у меня был - полный ее макет, откуда - я и взял выходные данные, включая и ISBN книги. Получаю книгу - а там стоит другой ISBN. На каком этапе он изменился, и как вообще можно изменить уже присвоенный ISBN - не спрашивайте!

Правильный ISBN - 978-5-9963-0114-0.

URL #25

(Goncharov @ 27.02.2010 10:24)

URL #26

Нет, это через интернет-магазин http://my-shop.ru/shop/books/494877.html?partner=02266

URL #27

(Goncharov @ 27.02.2010 11:24)

URL #28

(Daemonarchestratygos @ 27.02.2010 19:46)

В Питере продаётся?

По информации на сегодня, есть в Доме книги на Невском. Ну или через интернет-магазины, конечно. В Спб - возможно, удобнее (быстрее-дешевле) через OZON, питерская же фирма, ссылка.