http://science.compulenta.ru/491176/

Опубликован первый «том» геномной энциклопедии бактерий и археев

24 декабря 2009 года, 20:44 | Текст: Дмитрий Сафин

Группа ученых из США и Германии завершила исследование геномов пятидесяти трех бактерий и трех археев, подобранных так, чтобы были представлены различные ветви филогенетического дерева микроорганизмов.

Общее количество микробов, находящихся на Земле и вокруг нее, оценивается в один нониллион (10³⁰); точное число их видов установить практически невозможно. Специалисты уже расшифровали около тысячи геномов, бóльшая часть которых принадлежит болезнетворным или, напротив, приносящим какую-то пользу человеку микроорганизмам. «Представьте себе такую ситуацию: вы задались целью составить карту мира, но нанесли на нее всего три города и на этом остановились, — говорит руководитель научной группы Джонатан Айзен (Jonathan Eisen) из Калифорнийского университета в Дэвисе. — Здесь примерно то же самое».

Для того чтобы заполнить существующие пустоты, в 2007 году исследователи запустили проект геномной энциклопедии бактерий и археев. Всего в его рамках планируется расшифровать около пяти тысяч генетических последовательностей.

Рассмотренные к настоящему моменту 56 геномов содержат огромный объем новой информации: ученым, к примеру, удалось идентифицировать 1 768 новых семейств белков и обнаружить у обитающей в прибрежных водах бактерии Haliangium ochraceum ген, похожий на тот, который отвечает за выработку актина в клеткахэукариот. Ранее считалось, что этот протеин, один из основных компонентов цитоскелета, характерен исключительно для эукариотных организмов.

Исследователей также заинтересовала внутренняя система защиты бактерий и археев, представленная многочисленными повторами в последовательности ДНК (в английской литературе их обозначают как CRISPR). Их массив у H. ochraceum оказался самым большим из известных.

Джонатан Айзен рассказывает о проекте геномной энциклопедии.

Полная версия отчета исследователей опубликована в журнале Nature.

Подготовлено по материалам Калифорнийского университета в Дэвисе.