Рецензия на В В Попова "Геномика..."

http://leo-mosk.narod.ru/works/09_08_05_rezensia.htm Проверить все имена

05.08.09 Лев МОСКОВКИН, Наталья ВАКУРОВА

Книга в Москве

Сексуальная турбулентность

Увидеть ген своими глазами и не умереть, а выжить в борьбе за существование идей

Жизнь как способ существования информации, а гении вносят сумятицу

Профессор кафедры генетики и разведения животных РГАЗУ, член МОИП и ВОГиС Вадим Васильевич Попов вновь ставит вопрос о том, что такое жизнь, предлагая ревизию подзабываемой дефиниции Энгельса «жизнь есть способ существования белковых тел» – другой кажется с тех пор не поступало – своей качественной сводкой «Геномика с молекулярно-генетическими основами» (М.: Книжный дом «ЛИБРОКОМ», 2009. – 304 с., тир. не указан).

Автор отмечает, что «В отличие от классической молекулярной биологии и генетики, геномика имеет колоссальный диапазон воздействия на сопредельные науки, на общество в целом, включая биоэтические проблемы, а также социальную концепцию Русской Православной Церкви». Сам термин «геномика» В.Попов возводит к обобщениям выдающегося экспериментатора и теоретика генетической информатики из новосибирского Академгородка Вадима Александровича Ратнера.

В прошлом советский опыт организации науки, точнее – такой ее самоорганизации, процессы которой в обществе изоморфны происходящему в пронизанной мембранами клетке, – позволял генерировать авторитеты типа Николая Владимировича Тимофеева-Ресовского или Романа Бениаминовича Хессина-Лурье, которых агрессивное научное сообщество отторгало, но после вмешательства из верхушки КПСС вынуждено было считаться с ними ради декоративного пополнения западной витрины страны.

Буржуазной науке с ее гнилым либерализмом такие высоты не доступны – нужна советская шарашка, в ней хорошо думается. В итоге лавинообразное накопление данных в области генетики и молекулярной биологии (сие продолжается) десятки лет не приводило к появлению новых концепций или обобщений.

Но это не значит, что их не было. Последняя из вынужденно признанных вызвала шок генетического сообщества в форме монографии Романа Бениаминовича Хессина-Лурье «Непостоянство генома». В то же время уже издавались монографии-сводки Вадима Ратнера, обобщающие четкими и удивительными в своем эстетизме выводами то, что мы много лет пытались жевать по робко-многословным переводам Сусумо Оно, Мото Кимуры, Масатоши Неи. И был еще Владимир Красилов, даже и не генетик, который провел в наше сознание идею прерывистого неравновесия в эволюции. Он же одним из первых внятно и честно сказал о том, что ДНК – самостоятельная форма жизни, строящая клетку, тело как среду своего местообитания.

А мы-то думали только о себе и своем теле. Ну, иногда о генотипе и ставили его в подчиненное положение набора пунктов генетической программы развития тела. В лучшем случае – поведения, что советская партийная наука отвергала, отбиваясь знаменем марксизма от классика идеи наследственной природы преступного поведения Чезаре Ломброзо.

Судя по сводке В.Попова, идея Красилова подтверждается блестяще и как-то обидно назойливо. Достаточно сравнить приведенные им параметры геномов представителей разных направлений эволюции жизни на Земле. Особенно впечатляют данные по геному человека длиной более полутора метров. Из всего этого объема информации 3,3 млрд нуклеотидных пар транслируемая до белка экзонная часть генома составляет всего 5%, а кодирует синтез всех белков организма еще меньше – 1,2%! При этом достигает 45% ДНК, до сих пор рудиментарно именуемая паразитической. Это различные повторы с некой самостоятельной жизнью в хромосомах включая прыгающие последовательности – мобильные генетические элементы (МГЭ). Автор исходит из представлений об их роли как влиятельных регуляторов генной экспрессии, используя концепцию энхансеров (усилителей транскрипции).

Для сравнения: из семидесяти в среднем килограмм любимого тела один-два кг составляют бактерии, число которых на порядок больше количества клеток самого человека и на два порядка – в сто раз! – в них больше число генов.

И еще одно сравнение. Учитывая, что байт – восемь букв, а в ДНК – четыре, чтобы перевести в гигабайты 3,3 млрд нуклеотидных пар человеческого генома следует разделить на два и затем три раза на два в степени десять (1024). Получается примерно полтора гигабайта, т.е. меньше объема памяти средней флешки ценой рублей шестьсот. И еще у нас в России удивляются низкой стоимости человеческой жизни. Если цена носителя информации так низко пала, может стоит обратить взор к смыслу того, что мы туда заталкиваем? Так, наследственный академик Константин Скрябин хранит на всякий случай в суперкомпьютере 50 терабайт первичной информации о расшифровке генома и честно ставит вопрос о предложениях, что с этим делать. Завлаб экологической генетики Института генетики Александр Рубанович объяснил причину чудовищного превышения – четыре порядка – многократными перекрываниями расшифрованных последовательностей. Даже такую ерунду не смогли устранить ловцы смысла в молекулярной генетике. А.Рубанович по случаю коварно напомнил: человеческий геном значительно различается в объеме от особи к особи.

Кажется, наш геном, как и наша политическая элита, уделяет нам удивительно экономно наиболее мизерный из возможных объем своих ресурсов, чтоб самому не подохнуть – и только. Может быть потому, что мы и ни на чем для себя лично не настаиваем?

При такой бурной жизни в хромосомах значительное число генов человека выстроено в консервативную цепочку, схожую даже с маленькой мышкой, что подтверждает приведенный выше вывод.

У растений внутренняя жизнь хромосом еще круче и менее доступна для изучения. Например, геном пшеницы в пять раз больше человеческого, а необходимых для его изучения внешних маркеров значительно меньше.

Автор считает наше время «эрой геномики». Его заключительные материалы, достигнутые в значительной степени умственными усилиями в рамках характерного для России т.н. латерального мышления, увлекательны и просты для понимания. Содержание книги следовало бы выучить. Оно отражают ту форму чисто отечественной эволюции идей, которая в значительной степени изоморфна горизонтальному переносу информации в хромосомах, о чем неустанно рассказывает академик Сергей Васильевич Шестаков. Обоснованно отмечены в «Геномике...» заслуги ошельмованного Виталия Арнольдовича Кордюма, чья монография «Эволюция и биосфера» проникла в 1982 году к российским генетикам из Киева через магазин украинской литературы на Старом Арбате, вызвав негодование профессионального сообщества.

Миниатюрная монография В.Попова, как изящный домик – внутри больше чем снаружи – представляет хронологию основных достижений будущей геномики и ее последующего становления, также содержит в исчерпывающем виде принятую на основе геномики систематику живых организмов исходя из схемы трех доменов – археи (архебактерии), бактерии (эубактерии), эукариоты.

Отдельно придется упомянуть то, в чем рецензент расходится с автором, оставив достижение истины на дальнейшее развитие поднятой им темы.

Во-первых, в моей памяти существуют несколько иные авторства открытий. В частности, МГЭ, изначально названные не вполне корректно мобильными диспергированными генами (МДГ), открыл в РБО Курчатовского института (будущий Институт молекулярной генетики) Евгений Ананьев под руководством Владимира Гвоздева. В редакциях за рубежом не поверили, что в этой темной России умеют гибридизовать ДНК, отсюда артефакт в эксперименте. Но авторитет заведующего лаборатории Романа Хессина-Лурье и его уникальная способность поддерживать своих сотрудников сыграла роль, в последний раз пробив нежелание Запада признавать наши достижения. Далее действительно сыграл свою роль патриотическую роль Георгий Павлович Георгиев, отвергаемый нынешним генетическим сообществом в угоду выживанию динозавров на академическом Олимпе.

Идея выделения в геноме консервативной (облигатной) и оперативной (факультативной) компонент чрезвычайно продуктивна и очевидна, ее выдвигали неоднократно, в частности, Михаил Голубовский и Лев Московкин. Нам лестно, что В.Попов ссылается на Вигена Артаваздовича Геодакяна, который придумал кажется все теории от пола до рака, т.е. что еще осталось нераскрытым после Сергея Михайловича Гершензона с его мобилизационным резервом вида и за это обоих коллеги мягко говоря не привечали. Гении вносят сумятицу и нарушают поступательное движение в науке от звания к званию. По той же причине коллеги изобразили непонимание достижений Николая Сергеевича Бадаева. Он показал фрактальность структуры генома пшеницы, составленного из множества самодостаточных структур с теми же оперативной и консервативной компонентами, как у бактерий.

Во-вторых, казалось необходимым упомянуть в числе достижений работу Jim Shapiro et a. 1961 года с выделением молекулярной последовательности гена бета-галактозидазы E.coli – дистанционный ответ на редкое разумное возражение из потока неуравновешенного сознания от Трофима Денисовича Лысенко. По словам его, он отказывался верить в существование гена, пока не увидит ген своими глазами.

Отсюда вытекает третье и самое главное. Новосибирская школа теоретической генетики Вадима Ратнера разделяла холистический фенетизм и редукционистскую молекулярщину, которую взращенные сталинским прессом под Лысенко формалисты-морганисты за генетику принимать отказывались. Иными словами, не следует смешивать подход «черного ящика» и последующее материальное подтверждение достигнутого методами молекулярной генетики. Конкретно, надо доказывать отдельно тождественность гена (цистрона) и транслируемого участка ДНК – одного описанного В.Поповым альтернативного сплайсинга достаточно, чтобы превратить все наши гены в виртуальные понятия. Также группы сцепления менделирующих признаков и видимой в микроскопе хромосомы, генома как эволюционирующей живой системы и нити ДНК в основе хромосомного набора, оперативной (факультативной) компоненты генома и молекулярного драйва МГЭ. Да то, что принято было описывать в качестве примеров точковых мутаций – транзиций азотистых оснований в ДНК-цепи – при тщательном изучении зачастую оказывалось чем-то иным, например, инсерциями МГЭ в операторную область.

Тут всеобщий рецензент обязан напомнить в защиту избранного автора, что в рамках подхода апологетов математической логики от изложения научных достижений для взаимопонимания достаточно условной формализуемости, коль скоро добиться строго доказуемой формальности обобщений одному человеку не под силу без риска утратить всякую связь с признанием агрессивных коллег. Дело в том, что массовое сознание в научной среде еще более подвержено моде и одновременно беспорядочно-турбулентно в половых связях, чем в обществе в целом. Имеется в виду не траханье в анекдотическом ракурсе, а соотношение вертикальной и горизонтальной рекомбинации, играющих в эволюции идей и построении картины эволюции жизни на Земле такую же роль, как и в любой эволюции.

Короче, жизнь есть способ существования информации и тем более высока значимость содержательной сводки Вадима Попова по геномике, обобщающей достижения разных направлений – молекулярной и фенетической генетики, эволюционной теории и таксономии. В генетике уже десятки лет идет лавинообразное накопление данных и по мере развития нового кризиса общественный интерес к ней опять резко возрос. Теоретически генетика способна выявить природу циклических кризисов в форме помутнения сознания масс и потери взаимопонимания между людьми. Но на фоне порнографического противоборства на академическом Олимпе неспособных договориться динозавров даже странно, как могла появиться такая смысловая сводка Вадима Попова.

Интернет – оперативная компонента общественного «генома» человечества – позволяет сделать вывод и быть услышанным, не тратя ресурс и не ломая себя в достижении академического пьедестала. Мы предлагаем считать это основным выводом и одновременно итогом эволюции человека, которого иногда считают вершиной. Тогда уж не он, его продукт. Лучшая работа автора рецензируемого произведения – step-stone в возможности самой публикации «Геномики...», – вышла в журнале «Вестник охотоведения». Охота всегда была особо почитаемым занятием в России, а если кто-то дочитал до этого места и ему еще что-то непонятно, пусть сам решит: начать с начала или заняться другим делом.

И еще раз – размышления по поводу от Лев Московкин

Вадим Попов – этот автор кажется наиболее близок к возможности создания единой сводки об организации жизни, учитывая то, что последняя книга Вадима Ратнера «Генетика, молекулярная кибернетика. Личность и проблема» практически недоступна. По крайней мере книгу «Геномика с молекулярно-генетическими основами» следует переиздать нормальным тиражом с исправлением опечаток, особенно искажающих термины и заменяющих корень слова от фамилии Мендель на Менделеев. Автору не навяжешь, но хотелось бы иметь возможность выбрать из множества книг и учебников по генетике, молекулярной биологии, обильной псевдо-экологии одну сводку на основе развития «Геномики» Попова или «Генетики...» Ратнера.

Чтение «Геномики...» доставляет удовлетворение от параллелизма в ходе мысли, вспоминается многое собственноручно забытое вроде моды на мутации Раисы Берг (стр. 139, но она почему-то не упомянута) или принципа усиления Тимофеева-Ресовского. Он кстати часто ставил вопрос о том, почему в должное время в должном месте происходит должное.

Ссылка на Сергея Викторовича Мейена (в числе его заслуг – внедрение в наше сознание роли самоорганизации) сейчас недостаточна: «...показал, что для теории не имеет значение частота события, а важно другое – существует ли данное явление в природе или нет. Новый геном может быть синтезирован из уже существующего путем трансдукции в него участка генома другого вида, рода или отряда» (стр. 145). По нашим наблюдениям, горизонтальный перенос не является необходимым условием возникновения нового, но все события включая горизонтальный перенос, лежащие в основе эволюционных перемен являются уникальными, частоты и вероятности не имеющими, как об этом много говорил и наконец написал Юрий Викторович Чайковский.

Сейчас давно пора поставить вопрос о том, почему одна «информация» распространяется пожаром, но многие другие похожие гибнут или в лучшем случае до поры допонируются на задворках Интернета или хромосомы (принципы генерации и эмиссии информации сформулировать можно, сукцессии или рецессии – нет, возможно только поговорить о структуре хаоса).

Тимофеев-Ресовский еще уделял необходимое внимание принципу матричного копирования. В этом смысле аксиомы жизни от Бориса Михайловича Медникова кажутся не более разумными, чем от Ламарка или невнятные отражения многовековых споров о возникновении и развитии жизни на Земле (стр. 16-17). К разгадке возникновения жизни вся геномика мира ничего не добавила, в порядке снижения невероятности остаются три идеи: химическая, по сути ничего не добавляющая к опытам по самозарождению мышей от грязи; уникальная концепция наведения жизни на Земле модулирующим излучением, изящно встроенная в роман Станислава Лема «Голос неба»; идеи панспермии Аррениуса-Вернадского с заражением Земли несущим линейно-записанную информацию веществом.

Что касается аксиом, то кажется достаточным принципов жизнь от жизни, omni vivo ex ovo, omni cellula ex celluli, принцип матричного копирования – молекула от молекулы; программа от программы, смысл от смысла, информация от информации и в замыкание исторической цепи – только жизнь от жизни.

Последние три – наши. Использованное в прошлом понятие «разрешающая способность генетических объектов» легко можно расширить с учетом опыта развития Интернета. При этом желательно честно обменяться преставлениями о личных пристрастиях, кто к чему стремится: построить картину мира ради связывания человечества в единое целое или раздробить его диссертационным процессом на кочки зрения ради укрепления личного положения на упомянутых кочках ради личной власти, выявить общие закономерности или нарисовать нечто вроде «формулы лошади». Тогда не будет нужды топить идеи изоморности всех трех информационных полей включая тот же сегмент сети. Синхронность информационной турбулентности определяется структурой хаоса и поэтому описание медиавирусов от лингвиста Максима Кронгауза (мемов в понимании автора идеи Ричарда Докинза) раскрывает суть происходящего в хромосомах человека.

Все же в этом смысле доминирующей идеей стали «волны жизни» Сергея Четверикова. Явление проявляется повсеместно в любой моде, не только на мутации или волн Кондратьева в экономике.

Перечислим чего еще на наш субъективный взгляд не хватает в «Геномике...».

Отсутствует в списке итогов генетики (стр. 9) открытие ДНК и ее генетической роли, почему-то сразу идет 1953 год двойной спирали. Нет там и ссылки и на работу Jim Shapiro et a., показавшую соответствующий конкретному гену кусок ДНК на электронной микрофотографии.

Отмеченный в «Геномике...» Владимир Красилов стал проводником идеи punctuated equilibrium.

Аналогично отмеченная по другому поводу Margaret Kidwell описала приписанный Татьяне Герасимовой гибридный дизгенез в узком смысле – безудержное размножение P-элемента в хромосомах Дрозофилы при несоответствии M-цитоплазме.

«Открытость» видов (стр. 146) в реальности трактуется таким образом, что открыты экзогенной ДНК (в общем виде – системы, компетентные к чужеродной информации) лишь такие структуры, как человек, искусственно внедренные понятие биологического вида. Это т.н. третий тип популяций в описании американского эволюциониста Верна Гранта, у нас – промежуточная полуколониальная форма с высокой генетической лабильностью. У таких видов по определению должно быть много «молчащей» ДНК.

Невозможно не поддержать утверждение «генная инженерия широко распространена в природе и играет важную роль в эволюции». Но при этом возбуждает до предела возмущения непонятно откуда взятый вывод: «Формирование нового вида не может быть воспроизведено в эксперименте в связи с медленностью протекания эволюционных преобразований, несоизмеримой с продолжительностью человеческой жизни», хотя автор туманно ссылается в скобках – «точка зрения эволюционистов разных направлений». В экспериментах Льва Московкина invitro с использованием тимусной ДНК и колхицина (планировались антибиотики, да наука развалилась) показали возможность моделирования начальных катастрофических режимов эволюции за две недели, далее стабилизация. На это было бы достаточно двух-трех сезонов, но экспериментальные растения выкопали (украли). Остались протоколы опытов, численные данные включая анализ мутагенеза анафазным методом, фотографии растений на разных стадий, их хромосом и гистологии. Опубликовать не позволили из-за уникальности событий и отсутствия статистической достоверности (точнее – из ревности). Сейчас это было бы возможно, но после смерти мамы в 2006 году вместе ее вещами выбросили и мой архив. Ну как тут не согласиться с автором, что видообразование в искусственных условиях невозможно? Просто начиная с некоторой фазы эксперимента это уже эксперимент не наш, а над нами.

Современная генетика кажется могла бы вскрыть природу происходящего с человеком, но автор эксперимента над нами не допустит применения в мирных целях подаренного им нам инструмента.