Пикар задался вопросом: не был ли Эстергази сообщником Дрейфуса? Ведь было же что-то в секретном досье, о котором говорили, будто оно содержит неопровержимые улики? Он знал от Сандерра, что это досье существует и хранится среди бумаг Анри. Он затребовал от архивиста Гриблена это досье без ведома Анри, заглянул в него впервые 1 сентября 1896 г. и, к своему удивлению, не нашел там ничего существенного. Ни один из документов в этом пакете не указывал на Дрейфуса убедительно.
5 августа 1896 г. Пикар доложил Буадефру, минуя его заместителя и своего непосредственного начальника Гонза, о своих подозрениях. Как мы помним, голубая записка была обнаружена еще в марте. Почему Пикар медлил так долго прежде чем доложил о такой важной находке начальству, неизвестно. Впоследствии это промедление было использовано против него.
Буадефр отнесся к сообщению без энтузиазма: он не желал нового скандала. Он даже не решился уполномочить Пикара затребовать образцы почерка Эстергази из полка, где тот служил. Он велел Пикару продолжить расследование, но быть осторожным, результаты докладывать новому военному министру Жан-Батисту Бийо, но не его заместителю Гонзу. Бийо повторил то же самое. Но тут сам Эстергази пошел навстречу: он стал добиваться места в Военном министерстве, желательно в техническом отделе или в разведке. Кроме писем с ходатайствами по этому поводу Эстергази писал своему другу Морису Вайлю, а его письма, с разрешения Буадефра, перехватывал Пикар. Почерк писем Эстергази не оставлял сомнений: это он написал бордеро.
В конце августа Пикар показал образцы почерка Эстергази дю Пати и Бертильону, не открывая их происхождения. Дю Пати заявил, что это почерк Матье Дрейфуса, а Бертильон – что это почерк Альфреда Дрейфуса; тогда Пикар сказал, что образцы написаны недавно и не могут исходить от Дрейфуса. Тогда Бертильон заявил, что, выходит, евреи обучили кого-то писать почерком Дрейфуса.
1 сентября 1896 г. Пикар представил Буадефру полный отчет о результатах своего расследования. Буадефр при этом выразил недовольство тем, что, к его удивлению, секретное досье существует в целости, и отослал Пикара к Гонзу, к ведению которого относилась Статистическая секция, но тот в это время был в отпуске.
В своем отчете Пикар написал, что голубую записку он получил «обычным путем» в конце апреля 1896 г., а не в марте, как было в действительности. Этим он хотел ослабить впечатление от того, что производил свое расследование без ведома начальства. Это причинило ему неприятности в дальнейшем.
15 сентября Пикар предложил Гонзу арестовать Эстергази. Через два года в письме министру юстиции Пикар привел этот разговор:
Генерал Гонз: Что вам до того, если еврей останется на Чертовом Острове?
Пикар: Но что если он невиновен?
Гонз: Как вы это себе представляете? Пройти через все это снова? Получилась бы весьма скандальная история. Тут замешаны генералы Мерсье и Сосье.
Пикар: Но, генерал, он невиновен, и этого должно быть достаточно для пересмотра дела, а с другой стороны, над этим трудится его семья, они везде ищут истинного виновника, и если они найдут его, в каком положении мы окажемся?
Гонз: Если вы ничего не скажете, никто никогда ничего не узнает.
Пикар: Генерал, то, что вы говорите, отвратительно! Я не знаю, что я сделаю, но не унесу этот секрет в могилу!
Видя, что отвадить Пикара от расследования не удается, Гонз, по совету Анри, изъял у Пикара секретное досье, а самого в середине ноября услал в служебную командировку подальше, а 24 декабря и вовсе в Тунис. В апреле 1897 г. Пикар, ненадолго посетив Париж, сделал приписку к своему завещанию в отдельном конверте, который следовало передать, в случае его смерти, президенту. В этом документе Пикар объяснял, почему он стал подозревать Эстергази и как нашел секретное досье. Эстергази, скорее всего, и есть агент Шварцкоппена, а Дрейфус осужден несправедливо.
Видимо, в это время Пикар смотрел на свое начальство достаточно трезво и понимал, что в Тунис его послали в надежде, что там его найдет смерть, как это случилось с вышеупомянутым маркизом де Моресом в 1896 г.
Анри после удаления Пикара оказался в роли фактического начальника Статистической секции.