Альфред Дрейфус родился 9 октября 1859 г. в Эльзасе, в городе Мюлюзе (до 1848 г. название писалось на немецкий манер – Mülhausen, в 1848 написание сменили на Mulhouse), в еврейской семье. Генеалогия этой семьи прослеживается вспять до XVII в. Их фамилия когда-то писалась Trèves – Трир, по названию города. Отец семейства, Рафаэль Дрейфус, был текстильным фабрикантом, мать, Жанетта Дрейфус, урожденная Либман, до замужества была швеей. Она родила тринадцать детей, четверо из которых умерли вскоре после рождения; еще две дочери умерли от холеры в малолетстве. Дрейфус был младшим. Родным языком семьи был французский; Альфред владел немецким и немного итальянским. В его письмах и дневнике религия не упоминается, но он прошел еврейский обряд совершеннолетия в положенные 13 лет (бармицву) и брак свой заключил в синагоге.
Мюлюз был ассоциированным членом Швейцарской конфедерации с 1515 г. До 28 января 1798 г. он существовал в виде анклава – свободного и независимого кальвинистского города-республики внутри Эльзаса и не отошел к Франции вместе с Эльзасом по Вестфальскому договору, заверившему Тридцатилетнюю войну. В 1798 г. был подписан Мюлюзский договор между Мюлюзом и Францией, по которому Мюлюз стал частью Франции и евреи получили право жить там постоянно.
После поражения Франции во Франко-Прусской войне Эльзас и Лотарингия были отторгнуты от Франции в пользу Германии. Германия предоставила эльзасцам возможность остаться французами, если они уберутся во Францию, оставив позади недвижимость. Мюлюз стал Мюльхаузом.
Рафаэля Дрейфуса привязывало к месту его предприятие, но он не хотел, чтобы младшие сыновья по достижении возраста были призваны в германскую армию. К счастью, его старший сын, Жак, уже служил во французской армии, и это избавляло его от германского призыва. Жак остался в Мюльхаузе управлять фабрикой, а остальная семья в 1872 г. перебралась во Францию, в город Карпентра, где уже жила замужняя дочь Генриэтта. Позже большая часть семьи получила разрешение вернуться в Мюльхауз, но они чувствовали себя более французами и эльзасцами, чем немцами. Жак последовательно отослал шестерых своих сыновей во Францию, отошел от дел в 1897 г. и, в конце концов, сам натурализовался во французское гражданство. Рафаэль сперва переселился в Базель, потом, в 1874 г., вернулся в Мюльхауз, где испросил германское подданство для дочери Рахили.
Альфред был французским патриотом и выбрал военную карьеру. На этот выбор повлияли слова его сестры Генриэтты: «Не следует ли быть хоть одному офицеру в нашей семье, когда придет час возмездия?» В 1876 г. он сдал экзамен за приготовительную школу (baccalauréat). (Этот экзамен сдала половина из тех, кто на него явился.)
О своем дальнейшем образовании и службе он пишет в своей книге «Пять лет моей жизни» (Cinq ans de ma vie):
«В 1878 г. я был допущен в Политехническую Школу (Ecole Polytechnique)1, которую закончил обычным порядком в 1880 г.2 Затем я вступил кадетом в артиллерийскую школу (école d'application) в Фонтенбло, где учился положенные два года. После окончания, 1 октября 1882 г., я получил назначение в качестве младшего лейтенанта в 33 Артиллерийский полк гарнизона Ле-Мана. В конце 1883 г. я был переведен в Конную батарею Первой отдельной кавалерийской дивизии в Париж. 12 сентября 1889 г. я получил чин капитана в 21 артиллерийском полку и назначение в Центральную Школу Военной Пиротехники (l'Ecole Centrale de Pyrotechnie) в Бурже.
Следующей зимой я был помолвлен с моей преданной и героической женой, мадемуазель Люси Адамар3.
Во время нашей помолвки я подготовился для поступления в Высшую Военную Школу – школу штабных офицеров, куда был принят 20 апреля 1890 г.
На следующий день, 21 апреля, я женился.
Я окончил Высшую Военную Школу в 1892 г. с общей оценкой «очень хорошо»4 . Мое порядковое место в моем выпуске давало мне право на должность стажера (stagiaire) и чин штаб-майора (état-major), и я занял эту должность 1 января 1893 г.»
Люси Дрейфус
В июле 1894 г. четвертый шестимесячный период был завершен, и Дрейфус собирался поступить на службу в Третье бюро Генерального штаба. Он был единственным евреем в Генеральном штабе.
1 Самая престижная из французских Высших Школ (Grandes écoles).
2 32 из 236 в своем выпуске.
3 Троюродная сестра знаменитого математика Жака Адамара.
4 Девятым в своем выпуске из 81.