Кавеньяк подал жалобу министру юстиции Сарьену на Пикара и Леблуа по обвинению в допущении Леблуа к секретному досье, о чем на процессе Золя говорили Анри, Лют и Гриблен. Пикар обвинялся по статье о шпионаже и подлежал уголовному суду без участия присяжных; Леблуа проходил как соучастник. Следователем был назначен Альбер Фабр. Квартиру Пикара обыскали в его отсутствие, что было беззаконием, затем 13 июля его пригласили во Дворец правосудия, где арестовали и препроводили в Ла Санте, куда накануне заключили Эстергази.
Лабори от имени Пикара 25 июля предъявил иск дю Пати о подделке, называя в качестве сообщников Эстергази и Пей.
Военный министр Цурлинден писал 16 сентября Сарьену:
«Я лично убежден в вине Дрейфуса. <...> Когда Анри обнаружил маневры своих начальников, то попробовал нейтрализовать голубую записку, изготовив фальшивку. Позже вмешался дю Пати, чтобы спасти Эстергази. <...>
Анри расплатился за свое преступление самоубийством; подполковник дю Пати уволен со службы, Пикар уволен и находится под следствием за открытие секретных материалов посторонним, но попытка Пикара приписать государственную измену Эстергази и фабрикация голубой записки и манипуляция ею <...> еще не получили должного наказания.»
17 сентября Цурлинден пытался поднять вопрос о голубой записке, но премьер-министр Бриссон воспротивился на том основании, что этого не было в повестке заседания. Обсуждался вопрос о последней петиции Люси, и было принято постановление передать петицию в Ревизионную комиссию.
Тогда Цурлинден пригрозил отставкой, и Бриссон поймал его на слове. Цурлинден вернулся на свою прежнюю должность военного губернатора Парижа. Военным министром стал генерал Шарль Шануен.
В качестве военного губернатора Парижа Цурлинден, с разрешения Шануена, 21 сентября начал следствие против Пикара о голубой записке. Назавтра в уголовном суде было начато слушание его и Леблуа дела о нарушении военной тайны. Пикар заявил:
«Нынче вечером я могу оказаться в Шерш-Миди. Возможно, это мой последний случай говорить публично до того, как следствие будет засекречено. Я хочу, чтобы все знали, что если шнурки Лемерсье-Пикара или бритва Анри будут найдены в моей камере, это будет убийство, потому что такой человек, как я, ни на миг не подумает о самоубийстве. Я встречу обвинения с высоко поднятой головой и со спокойствием, какое я всегда проявлял перед своими обвинителями.»
Его вернули в Ла Санте, а 22 сентября перевели в в Шерш-Миди и поместили в одиночную камеру. Его адвоката Лабори к нему не допускали, навещать его могли только члены семьи.
Следствие вел капитан Альфонс Арсен Мари Тавернье. Дрейфусары в «Л'Орор» резко осуждали позицию правительства в этом деле.
Тавернье не говорил Пикару, в чем именно и кто его обвиняет (это были Лют, Роже и Гонз). Раньше он был обвинен в нарушении секретности. Новое обвинение было «подделка частных документов»: пока Пикар отсутствовал, кто-то подчистил имя и адрес на голубой записке и снова вписал прежние. Теперь трудно было доказать, что раньше там было то же самое, но графологи, которых привлек Тавернье, пришли именно к этому выводу. Кроме того, нашлась фотокопия голубой записки, сделанная в первые дни после ее получения. На ней видны имя и адрес в нетронутом виде. Всем этим Тавернье пренебрег. Следствие было закончено 16 ноября 1898 г. В отчете военному губернатору Парижа Цурлиндену Тавернье рекомендовал предать Пикара военному трибуналу за фабрикацию голубой записки и утайке ее от начальства. Трибунал был назначен на 12 декабря, однако, тем временем Уголовная палата затребовала материалы дела на ревизию, что отсрочило начало процесса на неопределенный срок, а Пикар остался в тюрьме.
Дрейфусары вели кампанию в его поддержку, и в начале марта 1899 г. дело Пикара – Леблуа было передано в гражданский суд; 13 марта Пикара перевели из Шерш-Миди в Ле Санте, 9 июня, после 384 дней заключения, выпустили на волю, а 13 июня 1899 г. все обвинения с Пикара и Леблуа были сняты.