A CONTROLADORIA GERAL DO MUNICÍPIO (CGM) DE ILHÉUS, criada por meio da Lei Municipal nº. 3.221, de 30 de março de 2006, possui unidade orçamentária própria, status de secretaria e está subordinada ao Gabinete do Prefeito. Tem como chefe o Controlador-Geral, e se constitui no órgão central do SISTEMA DE CONTROLE INTERNO MUNICIPAL (SCIM).

Além do órgão central, existem as UNIDADES SECCIONAIS DA CGM, serviços de controle sujeitos à orientação normativa e à supervisão técnica do órgão central do Sistema, com no mínimo, um representante em cada Setor, Departamento ou Unidade Orçamentária Municipal.

A CGM tem por objetivo executar as atividades de controle interno do município, alicerçado na realização de auditorias, na forma da Lei Municipal nº. 3.221/2006.