Los protoplastos son células vegetales que no cuentan con pared celular, cuya obtención se realiza mediante procesos enzimáticos y mecánicos de eliminación de la pared celular. De este proceso se obtiene una suspensión con millones de células individuales que pueden ser transformadas. Para que penetre mejor es necesario que se permeabilice la membrana, algo que se puede hacer con fusión de la membrana de liposomas con el ADN que se transfiera, electroperforación o tratamiento con polietilenglicol que desestabilice la membrana celular.

Por medio de este tipo de transformación se introduce ADN en las células por medio de disparar proyectiles de muy pequeño tramaño, de manera que se puede introducir el ADN en cualquier tejido de cualquier especie de tipo vegetal. La única pega es la falta de control sobre la integración del gen en el genoma de esa planta.

Consiste en nada menos que utilizar las bacterias agrobacterium, de manera que con ellas se crea un tumor en la parte de la planta donde se encuentra la información genética de la propia planta y que hace posible que se pueda obtener su ADN. Al poner ADN exógeno a la célula regenerándola para obtener una planta genéticamente modificada se llega con esta técnica mediante la bacteria agrobacterium rhizogenes.