В сентябре 1939 года 38АЭ была переименована в в отдельную истребительную авиаэскадрилью (13 ОИАЭ). С началом Финской войны (30 ноября 1939 г. - 13 марта 1940 г.) эскадрилья с аэродрома Купля вступила в бой.За время Финской компании было совершено 1650 боевых вылета, сбито 4 самолета, уничтожено 15 зенитных пулемёта, потоплен военный корабль.

За боевые действия 27 летчиков были награждены Орденом Красного Знамени, летчики С.Е.Войтенко и И.П. Лукьянов были награждены Орденом Ленина. Командир АЭ Г.Б. Губанов и комиссар И.И.Волосевич были удостоены высокого звания Герой Советского Союза, 4 техника награждены Орденом Красной Звезды, 9 человек - медалью за боевые заслуги.

Техник Мытов Ф.Ф. был награжден Орденом Знак Почёта. Эскадрилья награждена Орденом Красного Знамени.В финской компании эскадрилья не потеряла ни одного летчика.

21 апреля 1940 года эскадрилья награждена орденом «Боевого Красного Знамени».

Командиру АЭ Губанову и Комиссару Волосевичу присвоено звание Герой Советского Союза. Летчик Лукьянов награжден орденом «Ленина». Орден «Красного Знамени» получили летчики: Сизов, Чурбанов, Князев, Алехин, Погуляйко, Чабукиани, Николаенко, Новиков.

22 июня 1941 года 13 ОИКАЭ вступила в военные действия с аэродрома Купля.  13 ОИКАЭ была поднята по тревоге с задачей прикрытия аэродрома Красная Горка и моста через реку Нарва, охранять железную дорогу Ленинград-Таллин в районе Кингисеппа. Первый самолет в Великой Отечественной войне сбил И.П.Лукьянов - комиссар эскадрильи.

К 30 июня 1941 года эскадрилья имела 22 экипажа на самолетах И-16.

С 1 июля 1941 года новое задание – прикрывать мосты через реку Нарва. С 4 июля по 5 августа АЭ выполняла эту боевую задачу. Днем дежурили четыре звена из 12 И-16, командиры – старший лейтенант Сизов и лейтенант Алехин. Ночью – два звена первого отряда старшего лейтенанта Монахова, и звено Управления АЭ, всего 9 И-16.

За этот период летчики совершили 948 боевых вылетов, отразили 21 налет на мосты. При этом сбито: 6 Ю-88, 1 Хе-111, 1 Ме-109. Наши потери – младшие лейтенанты Панченко, Беликов и старшина Безмельницев.

14 июля 1941 года противник прорвался к озеру Самро, и выдвинулся к станции Веймарн. В это время на станции Веймарн шла выгрузка войск и техники. От села Ивановское на север позиции занимали красноармейцы. От деревни Муравейно на север – немцы. У деревни Загорье – скопление войск противника.

На фронте Ивановское – Сабск – Хилок 13 КОАЭ получила приказ задержать продвижение противника, не допустив его к переправам на северный берег реки Луга, одновременно продолжая прикрытие мостов через реку Нарва.

Для выполнения приказа по задержке войск противника эскадрилья выделила 6 самолетов И-16 29 серии. Потери при штурмовке мехколонн составили: 7 самолетов, 1 летчик погиб, два получили тяжелые ранения.

15 июля 1941 года  эскадрилья совершила первый боевой  вылет.

За период с 19 июля по 27 августа 1941 года эскадрилья прикрывала самолеты ДБ-3 и СБ, производившие удары по противнику в районе озеро Самро – Муравейно – Сабск.

После ухода 12 ОКАЭ на остров Эзель борьба с авиацией противника в направлении Нарва, Котлы, Копорье легла на 13 ОКАЭ. Одновременно АЭ выполняла задачу по прикрытию транспортов из Таллина в Кронштадт.

Летчик посадил самолет на шоссе Кингисепп - Веймарн.

5 августа 1941 года мосты через Нарву были взорваны.

3-й отряд 13 АЭ, летавший до войны на самолетах И-15бис, 3 июля был направлен в Воронеж, где изучил самолет Ил-2. К 11 июля на аэродром Купля прибыли 7 Ил-2. отряд сформирован в штурмовую эскадрилью ВВС КБФ (командир АЭ – капитан Барабанов, заместитель командира – капитан Карасев).12 августа 1941 года в воздушном бою сбито 3 Ил-2, летавших без прикрытия истребителей. Один упал в Усть-Луге, два – у аэродрома Купля. Немецкие истребители прекратили добивать «илы», только когда увидели взлетающие навстречу самолеты 13 АЭ. В результате погиб командир штурмовой эскадрильи, капитан Барабанов.

25 августа  1941 года  погиб в воздушном бою командир отряда старший лейтенант Монахов.

28 августа АЭ перебазировалась с аэродрома Купля в Низино. В Низино работали всего девять дней.

7 сентября 1941 года перелетели в Новую Ладогу. С этого дня по 18 марта 1942 года совершали боевые вылеты на охрану кораблей в Ладожском озере.

16 сентября 1941 года Указом ВС  СССР группа летчиков 13 ОКИАЭ КБФ была награждена орденами Красного Знамени. Среди награжденных были И.Ф.Сизов, Г.И.Монахов, Н.И.Алехин,  М.Ф.Денисов, Л.И.Князев, В.Ф.Голубев, Ф.Ф.Зотов, Д.М.Татаренко, и П.Н.Цветков. Это были первые награды летчиков эскадрильи в Великой Отечественной войне. Григория Монахова уже не было в живых, в 13 ИАП убыли  Василий Голубев и Филип Зотов.

17 сентября 1941 года 13 АЭ получила задачу: 9 самолетами И-16 прикрыть 9 самолетов ДБ-3, которые тройками с интервалом в 45 минут будут наносить удары по противнику в районе Красногвардейск. Этот вылет можно считать самым неудачным в истории эскадрильи. Первое звено атаковано над целью, но благодаря защите истребителей, ушло без потерь. Остальные шесть самолетов ДБ-3 вылетели не на Красногвардейск, а на Лигово. По дороге первая тройка атакована Ме-109. И-16 вступили в бой и потеряли бомбардировщики из виду. Выйдя из боя, вернулись на аэродром. Таким образом, одно звено ДБ-3 осталось без прикрытия, и в районе Тосно атаковано 3 Ме-109. В результате, все три бомбардировщика сбиты.

28 августа 1941 года эскадрилья оставила аэродром в Купле . 14 матросов во главе с М.Р.Голодом остались уничтожать гарнизон. Были сожжены : ангар, здание штаба, жилые дома, взорван топливный склад. Из Купли эскадрилья перебазировалась в Низино, где пробыла

до 7 сентября 1941 года, а затем перелетела на аэродром Новая Ладога.

С июня по сентябрь 1941 года летчики совершили 3440 вылета, сбили 32 самолета, уничтожили 17 танков, 5 паровозов, 120 ж/д вагонов, 19 зенитных батарей, 6 минометов, 80 мотоциклов, 565 фургонов с грузами и солдатами, 3700 солдат и офицеров.

18 марта 1942 года получен приказ – перебазироваться на аэродром Рузаевка в Мордовской АССР и пополнить эскадрилью самолетами ЛаГГ-3ф.

15 ноября 1942 года эскадрилья без матчасти перебазируется на аэродром Новинки Новгородской области, для формирования в полк. В часть приходит молодое пополнение.

С 18 марта по 15 ноября 13 ОИКАЭ КБФ  находилась в тылу. При этом погибли двое летчиков – капитаны Алехин и Князев.

23 ноября 1942 года на базе 13 ОИКЭА был сформирован 13 Краснознаменный Истребительный Авиаполк (13 КИАП).

21 апреля 1943 года полк перебазировался на аэродром Борки, на Ораниенбаумском пятачке.

22 января 1944 года летчику полка капитану К. Ковалеву присвоено звание Героя Советского Союза. В феврале полк перебазируется на аэродром Котлы.

24 апреля 1944 года командиру полка полковнику Мироненко присвоено звание Героя Советского Союза.

23 июля 1944 года полк преобразован в 14 Гвардейский Краснознаменный истребительный авиаполк.

20 -25сентября   1944 года полк перелетел на аэродром  Паневежис, Литва.

Боевая задача была - прикрытие бомбардировочной авиации по кораблям и военно-морским базам.

9  ноября 1944 года полк награжден вторым Орденом Красного Знамени.

29 января 1945 года полк получил благодарность Верховного Главкома И.В.Сталина.

16 февраля 1945 года полк перебазировался на аэродром Грабштейн - недалеко от Клайпеды.

5  апреля 1945 года полку было присвоено наименование Клайпедской, так как в боях за Клайпеду полк совершил 35 воздушных боев, сбил 20 самолетов противника.

Летом 1944 года полк работал по прикрытию Ил-2 в море и на Карельском перешейке.

В августе полк участвовал в операции по освобождению Эстонии.

С 21 февраля по 15 апреля 1945 года полк базировался на аэродроме Дрессен,

с 7 апреля по 25 мая 1945 года на аэродроме Аглойнен, где полк и закончил войну. В конце войны полк награжден Орденом Ушакова II   степени.

За январь-май 1945 года произведено 1056 вылетов, в 28 воздушных боях сбито 17 самолетов  противника.

В 1958 году полк был расформирован.

Основание: Фонд 160, опись 2с, дело 1 (Книга по истории полка).

Фонд 989 опись 0026321, дело 5 (Исходящие бумаги 13 ОАЭ за 1942 год).