install-netcdf

NetCDFのインストール

Last modified: 2014/08/30

code: https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/current/index.jsp

ftp: ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/

NetCDF ver.3.6.3 の場合

◯ Intel compiler の場合

$ export CC=icc

$ export CXX=icpc

$ export CFLAGS='-O3 -static -ip -no-prec-div'

$ export CXXFLAGS='-O3 -static -ip -no-prec-div'

$ export F77=ifort

$ export FFLAGS='-O3 -static -ip -no-prec-div'

$ export CPP='icc -E'

$ export CXXCPP='icpc -E'

$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.6.3-intel

○ GNU Compiler の場合

$ export CC=gcc

./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.6.3-gnu

NetCDF ver.4.1.3 の場合

◯ Intel compiler の場合

1. まず zlib-1.2.5 をコンパイル。

$ export CC=icc

$ export CXX=icpc

$ export CFLAGS='-fPIC'

$ export CXXFLAGS='-fPIC'

$ export F77=ifort

$ export FFLAGS='-fPIC'

$ export CPP='icc -E'

$ export CXXCPP='icpc -E'

$ ./configure --prefix=/usr/local/zlib-1.2.5

$ make

$ make check

# make install

2. 次に hdf5-1.8.7 をコンパイル。

$ export CC=icc

$ export FC=ifort

$ ./configure --with-zlib=/usr/local/zlib-1.2.5/include,/usr/local/zlib-1.2.5/lib --prefix=/usr/local/hdf5-1.8.7

$ make

$ make check

# make install

3. 最後に NetCDF 4.1.3 をコンパイル。

$ export FC=ifort

$ export F77=ifort

$ export CC=icc

$ export CXX=icpc

$ export CPP='icc -E'

$ export CXXCPP='icpc -E'

$ export CPPFLAGS='-DNDEBUG -DpgiFortran -I/usr/local/zlib-1.2.5/include -I/usr/local/hdf5-1.8.7/include'

$ export LDFLAGS='-L/usr/local/zlib-1.2.5/lib -L/usr/local/hdf5-1.8.7/lib'

$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-4.1.3 --disable-dap

$ make

$ make check

# make install

---

◯ GNU compiler の場合(version 4.1.2 で確認)

1. まず zlib-1.2.5 をコンパイル。

$ export CC=gcc

$ export CXX=g++

$ export CFLAGS='-fpic'

$ export CXXFLAGS='-fpic'

$ export F77=gfortran

$ export FFLAGS='-fpic'

$ export CPP='gcc -E'

$ export CXXCPP='gcc -E'

$ ./configure --prefix=/usr/local/zlib-1.2.5-gnu

$ make

$ make check

# make install

2. 次に hdf5-1.8.7 をコンパイル。

$ export CC=gcc

$ export FC=gfortran

$ ./configure --with-zlib=/usr/local/zlib-1.2.5-gnu/include,/usr/local/zlib-1.2.5-gnu/lib --prefix=/usr/local/hdf5-1.8.7-gnu

$ make

$ make check

# make install

3. 最後に NetCDF 4.1.3 をコンパイル。

$ export FC=gfortran

$ export F77=gfortran

$ export CC=gcc

$ export CXX=g++

$ export CPP='gcc -E'

$ export CXXCPP='gcc -E'

$ export CPPFLAGS='-DNDEBUG -DpgiFortran -I/usr/local/zlib-1.2.5-gnu/include -I/usr/local/hdf5-1.8.7-gnu/include'

$ export LDFLAGS='-L/usr/local/zlib-1.2.5-gnu/lib -L/usr/local/hdf5-1.8.7-gnu/lib'

$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-4.1.3-gnu --disable-dap

$ make

$ make check

# make install

---

◯ PGI compiler の場合(version 12.5 で確認)

1. まず zlib-1.2.5 をコンパイル。

$ export CC=gcc

$ export CXX=g++

$ export CFLAGS='-fpic'

$ export CXXFLAGS='-fpic'

$ export F77=pgf77

$ export FFLAGS='-fpic'

$ export CPP='gcc -E'

$ export CXXCPP='gcc -E'

$ ./configure --prefix=/usr/local/zlib-1.2.5-pgi

$ make

$ make check

# make install

2. 次に hdf5-1.8.7 をコンパイル。

$ export CC=gcc

$ export FC=pgf90

$ ./configure --with-zlib=/usr/local/zlib-1.2.5-pgi/include,/usr/local/zlib-1.2.5-pgi/lib --prefix=/usr/local/hdf5-1.8.7-pgi

$ make

$ make check

# make install

3. 最後に NetCDF 4.1.3 をコンパイル。

$ export FC=pgfortran

$ export CC=gcc

$ export CXX=g++

$ export CPP='gcc -E'

$ export CXXCPP='gcc -E'

$ export CPPFLAGS='-DpgiFortran -I/usr/local/zlib-1.2.5-pgi/include -I/usr/local/hdf5-1.8.7-pgi/include'

$ export LDFLAGS='-L/usr/local/zlib-1.2.5-pgi/lib -L/usr/local/hdf5-1.8.7-pgi/lib'

$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-4.1.3-pgi --disable-dap --disable-f77

$ make

$ make check

# make install

フルスペックインストール情報

http://blog.livedoor.jp/rootan2007/archives/51847527.html

NetCDF 4.2 のインストール（参考）

http://blog.livedoor.jp/rootan2007/archives/51847001.html

NetCDF ver. 4.3.2, NetCDF-fortran ver. 4.4.0 のコンパイル (with GNU Compiler)

私は SZIP ライブラリを使っていないので，HDF5 ver. 1.8.13, ZLIB ver. 1.2.8 のみを使用します．

以下の インストール用 SHELL スクリプトをダウンロード

https://raw.githubusercontent.com/TakashiUNUMA/wrflib_instsh/master/gnu/install_zlib-1.2.8-gnu.sh

https://raw.githubusercontent.com/TakashiUNUMA/wrflib_instsh/master/devel/install_hdf5-1.8.13-gnu.sh

https://raw.githubusercontent.com/TakashiUNUMA/wrflib_instsh/master/devel/install_netcdf-c-4.3.2-gnu.sh

https://raw.githubusercontent.com/TakashiUNUMA/wrflib_instsh/master/devel/install_netcdf-f-4.4.0-gnu.sh

インストール先 INSTDIR を変更します．

例：

export INSTDIR=/usr/local

など

あとは，netcdf ver. 4.3.2, NetCDF-fortran ver. 4.4.0, HDF5 ver. 1.8.13, ZLIB ver. 1.2.8 のソースコードをダウンロードし，上記のシェルスクリプトを実行していく．

＊注意＊

・上記のインストールスクリプトは，make までしか実行しません．

従って，make install は手動で行って下さい．

（理由１：使用する OS がユーザー毎に異なるため）

（理由２：インストール先がユーザー毎に異なり，root 権限を必要とする場合があるため）

・実行に関しては，全て自己責任でおねがいします（不安に感じる方は，中身を良く読んで何をやっているのか確認して実行して下さい）．