NetCDF
このページは、NetCDFのメモです。
2011/05/20 Update
NetCDFの予約関数(FORTRAN77用)
参考URL：http://www.gfd-dennou.org/arch/netcdf/netcdf-jman/guidef/Title.html
NCOを使ってNetCDFデータを操作
Install
CentOS 5.5 x86_64でやってみました。
ここから、
nco-3.9.5-1.x86_64.rpm
nco-devel-3.9.5-1.x86_64.rpm
libdap-3.6.2-1.x86_64.rpm
libnc-dap-3.6.0-1.x86_64.rpm
をインストールする。
詳しくは、本家NCOを参照→http://nco.sourceforge.net/
(2011年01月22日追記)：
epel レポジトリを使うと, Fedoraの最新版NCOが使えるようになる.
epel レポジトリの設定等はこちらを参照
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実際に使ってみる
非常に参考になりました。
http://nco.sourceforge.net/nco.html
http://shimizus.hustle.ne.jp/diary15/index.cgi?mode=&pass=&log=200601#6
使用できるコマンド
ncap2 : netCDF Arithmetic Processor
(算術演算プロセッサー)
ncatted : netCDF Attribute Editor
(属性エディタ?)
ncbo : netCDF Binary Operator (includes ncadd, ncsubtract, ncmultiply, ncdivide)
(バイナリ演算子)
ncea : netCDF Ensemble Averager
(アンサンブル平均?)
ncecat : netCDF Ensemble Concatenator
(アンサンブル連結)
ncflint : netCDF File Interpolator
(ファイル内挿)
ncks : netCDF Kitchen Sink
(netCDFの台所!)
(ex) : 四国領域のみをhuga.ncに書き出す.
$ ncks -d lon,132.0,135.0 -d lat,32.5,34,5 hoge.nc huga.nc
(ex) : RAINNCの変数だけを取り出して, 時間方向に結合したものをOUTPUT.
$ ncks -v RAINNC wrfout_* wrfout_RAINNC.nc
ncpdq : netCDF Permute Dimensions Quickly, Pack Data Quietly
(データの配列順序変更や, データを迅速にパックする)
ncra : netCDF Record Averager
(レコード平均)
ncrcat : netCDF Record Concatenator
(レコード連結)
(ex) : 全データを時間方向に結合したものをOUTPUT.
$ ncrcat wrfout_* wrfout_all.nc
ncrename : netCDF Renamer
(変数の名前変更)
ncwa : netCDF Weighted Averager
(重みつき平均)
こんな感じです。
まだ使ったこと無いコマンドもあるので、おいおい試してみたいです。
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番外編：もっとマニアックに使う
1. NCOで並列処理(OpenMPI編)
OpenMPIがインストールされていることが前提です.
Installしていない場合は, ここを参考にしてください. 超わかりやすいです.
さて, いきなりいきますが, 実行方法は以下のようにコマンドを打つだけです.
$ mpirun -n 4 ncrcat [input_file] -o [output_file]
すげー！！
2. NCOで並列処理(MPICH編)
MPICHがインストールされていることが前提です.
Installしていない場合は, ここ や ここ を参考にしてください.
またもやいきなりですが, 実行方法は以下のようにコマンドを打つだけです.
$ mpd &
$ mpiexec -n 4 ncrcat [input_file] -o [output_file]
もう虜になりますね.