Escudo del municipio
Aprobado: Resolución de 14 de mayo de 2009, de la Dirección General de Administración Local de la Junta de Andalucía (BOJA 2/6/2009)
Descripción: En campo de oro, un castillo de cuyo homenaje surgen dos manos esposadas y unidas por una cadena que está rota en su mitad, el castillo y las manos en su color natural y la cadena en sable. Bordura de gules con la leyenda en letras de plata fileteadas en sable: AYUNTAMIENTO CONSTITUCIONAL DE LAS CABEZAS DE SAN JUAN.
Con anterioridad a este escudo exitía otro muy similar cuya descripción es la siguiente:
Escudo: De oro un castillo en su color terrazado de azur, acompañado en jefe de dos manos derechas en su carnación movientes de los flancos, en actitud de enlazarse, con grilletes de los que cuelgan cadenas rotas, de sable. Al timbre, corona real cerrada. (Decreto 245/1995, de 10 de octubre, por el que se autoriza al Ayuntamiento de Las Cabezas de San Juan (Sevilla), para adoptar su Escudo Heráldico y Bandera Municipal, BOJA 29/11/1995)
Significado: La manos con cadenas rotas hacen referencia al levantamiento del General Riego en 1820 en esta localidad que reestableció la Constitución de Cádiz. Las cortes concedieron este escudo en 1821. El autor de este escudo (de la reforma de 1994) es Juan José Antequera Luengo.
Bandera del municipio
Aprobada: Resolución de 14 de mayo de 2009, de la Dirección General de Administración Local de la Junta de Andalucía (BOJA 2/6/2009)
Descripción: Enseña rectangular, compuesta de tres franjas, siendo la central de mayor anchura, correspondiendo a los siguientes colores y medidas descritas de arriba hacia abajo: franja superior verde (1/4) (ref: 356, pantonario), la franja central blanca (2/4), donde en su mitad se incluye el escudo y la franja inferior celeste (1/4).
Significado: El verde es símbolo del vergel agrícola de sus campos, el blanco es la paz y la cal de sus casas, y junto con el verde es una referencia a la bandera autonómica. El color celeste representa las inundaciones que sufría la marisma y busca las raices históricas, celeste como el Lacus Ligustinus (profundo golfo de la costa atlántica andaluza que existía en la Antigüedad, en el cual desembocaba el río Guadalquivir).