กองบิน 53 ถูกจัดตั้งขึ้นในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 เมื่อกองทัพญี่ปุ่นยกพลขึ้นบกที่ชายฝั่งอ่าวมะนาว อำเภอเมือง จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ เมื่อวันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2484 กองบิน 53 ยังได้มีบทบาทที่สำคัญในการป้องกันอธิปไตยของประเทศไทยของเหตุการณ์ครั้งนั้น โดยเจ้าหน้าที่และทหารอากาศในพื้นที่ได้ต่อสู้อย่างกล้าหาญ แม้จะมีกำลังพลและอาวุธที่น้อยกว่าฝ่ายตรงข้าม แต่ในการต่อสู้ครั้งนั้นเป็นจึงได้เหตุการณ์สำคัญที่สะท้อนถึงความเสียสละและความกล้าหาญของทหารไทย จึงได้มีการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์กองบิน 5 เพื่อเก็บรักษาและถ่ายทอดเรื่องราวเหล่านี้ให้คนรุ่นหลังได้เรียนรู้