Nella lezione popolare L'antichità dell'uomo, tenuta a Modena il 22 marzo 1866, il giovane Canestrini aveva manifestato al pubblico la propria entusiastica adesione alle idee di Darwin. La questione del tempo profondo era cruciale per avvalorare le ipotesi trasformiste, in opposizione al creazionismo: «La teoria dell'uomo fossile e quella che ne dipende relativa alla derivazione dell'uomo dalle scimmie, hanno trovato un pertinace nemico nel partito che crede l'uomo impastato da una mano creatrice in un tempo assai recente».

All'epoca, le limitate evidenze a supporto dell'antichità dell'uomo iniziavano ad arricchirsi. Canestrini ne diede ampia testimonianza, commentando con dovizia le tracce della presenza umana nella preistoria e descrivendo i reperti paleoantropologici di Aurignac, Abbeville, Denis, Engis e Neander. Le conclusioni per Canestrini erano evidenti: «Se noi collochiamo in fila i crani di un macaco, di una scimmia antropomorfa, del Neanderthal, di Engis […]  e di un caucasico non possiamo non vedere come mediante graduati passaggi si arrivi al cranio dell’uomo attuale […], e certo si è che i detti crani giungono in conferma delle idee di quegli antropologi che fanno discendere la scimmia e l’uomo da uno stipite comune».
La lezione ebbe un discreto successo di pubblico, ma i detrattori dell'evoluzionismo non tardarono ad affilare le armi. Nel mese di aprile del 1866, l'ingegnere Paolo Zoboli, animato da focoso spirito creazionista e dotato per sua stessa ammissione di «limitatissime cognizioni scientifiche», pubblicò una provocatoria lettera dedicata a Canestrini. Sempre in risposta alla lecture di Canestrini, il medico modenese Geminiano Grimelli, già Rettore dell'Università e presidente dell'Accademia reale di Modena di scienze, lettere ed arti, scrisse un opuscolo anti-evoluzionista dall'eloquente titolo Divina origine dell'umanità in contrapposizione alla supposta origine bestiale. Tra i due studiosi la polemica raggiunse toni molto accesi e Canestrini trovò il modo di liquidare la questione: «così il Grimelli procede, prodigando anatemi, condannando molto, nulla dimostrando». Le tesi di Canestrini sull'origine dell'uomo avevano destato grande clamore, tanto che il matematico Bartolomeo Veratti qualche anno dopo tornò sull’argomento esprimendo tutto il suo livore reazionario: «A un professor si può dar del bestione? E perché no? S’ei vantasi d’avere per bisnonno uno scimmione?».

I temi anticipati ne L'antichità dell'uomo trovarono ampio spazio nel lavoro intitolato Origine dell'uomo, qui in esposizione. L'autore, al contrario di De Filippi, non ammetteva la discendenza diretta dalle scimmie, ma una derivazione da un antenato comune. Dal punto di vista sistematico, collocava però la specie umana in un ordine separato, distinguendo i bimani dai quadrumani. Charles Darwin nel Descent of man avrebbe finalmente collocato l'uomo all'interno dell'ordine dei Primati, avvicinando, nella filogenesi, l'uomo alle antropomorfe.

Canestrini, uno dei più fieri e rigorosi rappresentanti del razionalismo e della cultura positivistica ottocentesca italiana, non si sottrasse alla polemica. La seconda edizione del suo Origine dell'uomo, ampliata e riveduta, accolse il capitolo Apprensioni vane, da cui traiamo un significativo commento sul clima avvelenato che accolse le tesi sulla parentela tra l'uomo e le scimmie: «Il timore di una decadenza morale per le idee difese in questo libro, a mio credere, non è che un pretesto; ciò che veramente si teme, è la caduta di certi pregiudizi, che da taluno, sia in buona fede sia per ragioni egoistiche, si vogliono fomentare nei credenti».

Cranio di orango. Tratto  da: Canestrini G. 1870. Origine dell'uomo per Giovanni  Canestrini. Gaetano Brigola, Milano. P. 28.