Il pensiero darwiniano si propagò in Italia percorrendo strade non sempre dirette e per la mediazione di scienziati e filosofi non sempre riferibili a un darwinismo ortodosso. È il caso del biologo tedesco Ernst Haeckel, che esercitò un'influenza talmente dominante che molti evoluzionisti italiani poterono definirsi più haeckeliani che darwiniani in senso stretto. In Italia, Haeckel trovò in Felix Anton Dohrn, fondatore della Stazione zoologica di Napoli, un iniziale sostenitore e divulgatore. Già allievo e assistente di Haeckel a Jena, si sarebbe successivamente allontanato dalla strada tracciata dal maestro. Il modello teorico di Dohrn, infatti, si scontrava in diversi punti con l'impianto evoluzionistico haeckeliano: è il caso, ad esempio, del principio della ricapitolazione e del progressivismo evolutivo (oggi considerati obsoleti).

Haeckel concepì una visione del mondo naturale ispirata al materialismo scientifico, il monismo, che ammetteva l'unitarietà e inscindibilità tra “materia e anima” e tra "Dio e Natura". Per Haeckel l'Universo non è guidato da una "provvidenza" teleologica, ma dalla legge naturale del progresso, e l'evoluzione dei viventi ne costituisce la prova più tangibile. Considerava l'embriologia e l'anatomia comparata settori di ricerca fondamentali per sostenere la propria concezione del trasformismo, e Darwin guardò con grande interesse alle sue ricerche. Tuttavia, la formulazione della legge biogenetica fondamentale, per cui l'ontogenesi ricapitola la filogenesi, conduceva a una visione idealistica dell'evoluzione, come tendenza al progresso, ben lontana dal pensiero darwiniano, e dove la specie umana, situata sul ramo apicale dell'albero della vita, veniva elevata a massima espressione di "perfezione" nel mondo naturale.

Il modello evoluzionistico haeckeliano prevedeva la rivalutazione delle leggi dell'uso e non uso e dell'ereditabilità dei caratteri acquisiti  e, sebbene lo stesso Darwin ne avesse ammesso gli effetti, l'approccio neo-lamarckista di Haeckel tese a relegare a ruolo secondario la selezione naturale, cuore dell'impianto teorico darwiniano.

Darwin, al netto delle divergenze sui temi scientifici, ebbe rapporti molto cordiali con Haeckel, tanto da ospitarlo in più occasioni a Down House. Ne riconobbe il ruolo fondamentale di divulgatore dell'evoluzionismo, tuttavia, non ne apprezzò lo stile comunicativo, molto lontano da quello anglosassone, e la tendenza a coniare neologismi derivati dal greco. Si devono a Haeckel vari termini entrati nell'uso comune, tra cui ontogenesi, filogenesi e ecologia.

L'albero della vita. Tratto da: Haeckel E. 1895. Antropogenia. UTET, Torino.Tav. XV.