Praga si trova nella piana alluvionale della Moldava (Vltava), il principale fiume ceco, sviluppandosi lungo il suo asse.
Poco a sud della città, la Moldava incontra il suo più grande affluente, il fiume Berounka (dal nome della città di Beroun).
Altri corsi d'acqua minori confluiscono nella Moldava nel territorio della capitale ceca.
I più importanti includono la Šárka, il Dalejský, il Radotínský, il Botič, la Rokytka e il Kunratický.
Circa 40 chilometri a nord di Praga, presso la città di Mělník, la Moldava incontra l'Elba.
Nel territorio della città di Praga si trovano anche un certo numero di stagni e laghetti e altri tipi di bacini idrici tra i quali i più importanti sono la diga di Hostivař e le dighe di Dbán e Jivina.
I bacini idrici influenzano l'ambiente ed il paesaggio dell'area metropolitana e sono di grande importanza per la flora e la fauna di Praga.
La qualità delle acque nel territorio di Praga viene costantemente monitorata.
La Moldava (Vltava) è il fiume più lungo della Repubblica Ceca (435 km).
Scorre prima a sud-est, poi a nord attraverso la Boemia, e sfocia nel fiume Elba (Labe) a Mělník, 29 km a nord di Praga.