Nel corso della seconda guerra mondiale i porti di Bari, Brindisi e Taranto furono per le forze alleate che occuparono il meridione italiano in seguito allo sbarco in Sicilia, fra i più attivi e strategicamente importanti di tutto il mezzogiorno italiano, anche per il cospicuo numero di mezzi e navi che i porti delle due città custodirono per tutta la durata del conflitto. Le due città portuali tuttavia furono teatro di disastri navali e consuetudinari scenari bellici che, come spesso accade, penalizzarono soprattutto la popolazione locale. Bari visse due pesanti catastrofi navali, tra le quali la seconda fra le più disastrose di tutta la guerra. La prima colpì la città pugliese il 9 aprile 1945, ore 11.57, quando il piroscafo americano Charles Henderson esplose a causa di un incidente con il carico di materiale bellico. Numerose furono le vittime. I morti accertati, fra gli abitanti del vicino borgo antico e gli scaricatori del porto, furono 175 e si registrarono 142 dispersi. In totale 317 persone furono travolte e uccise dalla devastante deflagrazione. Più di 600 rimasero ferite gravemente, migliaia in modo lieve. Un centinaio invece le vittime tra gli alleati. L'esplosione, che investì tutto il borgo antico, provocò pesanti danni alla Cattedrale, alla Basilica di San Nicola e alla Chiesa russa.
Ma disastro ancor più grave fu quello che patì Bari ancora prima, il 2 dicembre 1943, a pochi mesi dalla cacciata dei tedeschi da Bari e dalla battaglia in difesa del porto, il 9 settembre. Il porto di Bari in cui erano ormeggiate decine di navialleate, subì un pesantissimo bombardamento aereo, lanciato dalla Luftwaffe. Alle 19.25 una vera pioggia di ordigni, sganciati da ottantotto bombardieri bimotori tipo Ju 88 A4 appartenntenti a tre stormi (KG 30, KG54 e KG77), investì le navi del porto che si concentravano compatte presso il nuovo molo foraneo. Non una bomba mancò l'obbiettivo a causa del forte assembramento di mezzi. Le navi affondate furono 17 di cui 4 inglesi, 3 norvegesi, 3 italiane e 2 polacche. Tra le navi affondate vi era l'inglese John Harvey carica di bombe all'iprite, un gas asfissiante già usato durante il primo confiltto mondiale e presente a Bari solo per essere utilizzato in caso di necessità bellica. Il numero di vittime non è mai stato accertato; il totale secondo fonti anglosassoni supererebbe i 680 ma poiché vi furono moltissimi civili dispersi, questo farebbe crescere la stima a oltre un migliaio. Per la gravità delle conseguenze, il "disastro di Bari" è conosciuto tra i più tragici bombardamenti navali della seconda guerra mondiale, secondo per rilevanza solo all'attacco di Pearl Harbor, in cui le navi affondate furono parimenti 17.
Il Congresso antifascista di Bari
Durante le operazioni belliche, in seguito all'armistizio di Cassibile stipulato l'8 settembre 1943, e precisamente nei giorni 28-29 gennaio 1944, si tenne a Bari (in quegli anni infatti la città era uno dei centri di maggiore attività politica nell'Italia occupata dagli Alleati), il congresso dei comitati provinciali di liberazione, che volle definire per i partiti antifascisti (escluso il PRI) le linee direttive comuni della futura azione politica nazionale: abdicazione di Vittorio Emanuele III e formazione di un governo che fosse espressione politica dei comitati di liberazione, dotato di pieni poteri al fine di intensificare lo sforzo bellico e di preparare la nuova Costituzione. La maggior parte di questi avvenimenti fu commentata e trasmessa da Radio Bari che dal settembre del 1943 era diventata la prima radio dell'Italia libera, anche se operava sotto il controllo degli Alleati.