Das Haus erhielt den Namen des grossen tschechischen Pädagogen und Theologen Johann Amos Comenius. Damit wird zum einen auf die historischen Wurzeln der Brüdergemeine und dieses Hauses verwiesen. Denn Comenius gehörte der verfolgten protestantischen Kirche an, aus der zu Beginn des 18. Jahrhunderts die Herrnhuter Brüdergemeine hervorging. Mit dem  Namen Comenius soll aber auch die Zielstellung des Hauses deutlich werden. So wie sich Comenius für das friedliche Zusammenleben aller Menschen und Völker einsetzte, soll dieses Haus ein Ort der Begegnung  und des Kennenlernens sein. Ein besonderer Schwerpunkt liegt dabei auf  der Pflege und Erweiterung der Verbindungen zu unseren tschechischen Nachbarn.