การใช้สารเคมีในปริมาณมากเมื่อสารเคมีนั้นถูกนำมาใช้แล้วหรือส่วนที่เหลือจากการใช้ย่อมกลายเป็นขยะหรือของเสียซึ่งโดยธรรมชาติจำเป็นต้องมีการย่อยสลายหรือต้องมีการบำบัดเพื่อเปลี่ยนเป็นสารที่ไม่มีพิษหรือมีพิษน้อยลง การกำจัดสารเคมีที่เหลือใช้นั้นต้องมีวิธีการกำจัดอย่างเหมาะสม ทั้งนี้เนื่องจากสารแต่ละชนิดมีพิษต่อสิ่งแวดล้อมในระดับต่างกัน หากไม่สามารถกำจัดได้อย่างเหมาะสมแล้วอาจตกค้างในสิ่งแวดล้อมซึ่งจะก่อให้เกิดอันตรายต่อคนสัตว์ ระบบนิเวศได้

1. ผลกระทบของของเสียที่เป็นอันตรายต่อสิ่งแวดล้อม

   1. ทำให้เกิดผลกระทบต่อระบบนิเวศ สารโลหะหนักหรือสารเคมีที่เจือปนอยู่ในของเสีย ที่เป็นอันตราย นอกจากจะเป็นอันตรายต่อมนุษย์แล้ว ยังเป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตอื่น ๆทั้งพืชและสัตว์ทำให้เจ็บป่วยและตายได้เช่นกัน หรือถ้าได้รับสารเหล่านั้นในปริมาณไม่มากพอที่จะทำให้เกิดอาการอย่างเฉียบพลัน ก็อาจมีผลกระทบต่อโครงสร้างของโครโมโซมทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรม นอกจากนี้การสะสมของสารพิษไว้ในพืชหรือสัตว์แล้วถ่ายทอดไป ตามห่วงโซ่อาหาร ในที่สุดอาจเป็นอันตรายต่อมนุษย์ซึ่งนำพืชและสัตว์ดังกล่าวมาบริโภค

2. ทำ ให้เกิดผลเสียหายต่อทรัพย์สินและสังคม เช่น เกิดไฟไหม้ เกิดการกัดกร่อนเสียหายของวัสดุ เกิดความเสื่อมโทรมของสิ่งแวดล้อม ซึ่งจะส่งผลทางอ้อมทำให้เกิดปัญหาทางสังคมด้วย

2. ผลกระทบของสารเคมีที่มีต่อสุขภาพของมนุษย์                                                                    

 ปัจจัยที่ทำให้สารเคมีมีผลต่อสุขภาพของคน จากการศึกษาของ Dr.Helen Marphy ผู้เชี่ยวชาญทางด้าน

พิษวิทยาประเทศอินโดนีเซีย พบว่าปัจจัยที่มีความเสี่ยงของสุขภาพของคนอันดับต้น ๆ คือ

1. เกษตรกรใช้สารเคมีชนิดที่องค์การ WHO จำแนกไว้ในกลุ่มที่มีพิษร้ายแรงยิ่ง (Extremely toxic) และมีพิษร้ายแรงมาก (Very Highly toxic) ซึ่งมีความเสียงสูงทำให้เกิดการเจ็บป่วยแก่เกษตรกร ซึ่งใช้สารพิษ

2. การผสมสารเคมีหลายชนิดฉีดพ่นในครั้งเดียว ซึ่งเป็นลักษณะที่ทำให้เกิดความเข้มข้นสูง เกิดการแปรสภาพโครงสร้างของสารเคมี เมื่อเกิดการเจ็บป่วยแพทย์ไม่สามารถรักษาคนไข้ได้เนื่องจากไม่มียารักษา โดยตรง ทำให้คนไข้มีโอกาสเสียชีวิตสูง

3. ความถี่ของการฉีดพ่นสารเคมี ซึ่งหมายถึง จำนวนครั้งที่เกษตรกรฉีดพ่น เมื่อฉีดพ่นบ่อยโอกาสที่จะสัมผัสสารเคมีก็เป็นไปตามจำนวนครั้งทีฉีดพ่นทำให้ผู้ฉีดพ่นได้รับสารเคมีในปริมาณที่มากสะสมในร่างกาย และผลผลิตทางการเกษตร

4. การสัมผัสสารเคมีของร่างกายผู้ฉีดพ่น บริเวณผิวหนังเป็นพื้นที่ที่มากที่สุดของร่างกาย หากผู้ฉีดพ่นสารเคมีไม่มีการป้องกันหรือเสื้อผ้าที่เปียกสารเคมี โดยเฉพาะบริเวณที่มือและขาของผู้ฉีดพ่นทำให้มีความเสี่ยงสูง เพราะสารเคมีป้องกันและกำจัดศัตรูพืชถูกผลิตมาให้ทำลายแมลงโดยการทะลุทะลวง หรือดูดซึมเข้าทางผิวหนังของแมลง รวมทั้งให้แมลงกินแล้วตายดังนั้น ผิวหนังของคนที่มีความอ่อนนุ่มกว่าผิวหนังของแมลงง่ายต่อการดูดซึมเข้าไปทางต่อมเหงื่อนอกเหนือจากการสูดละอองเข้าทางจมูกโดยตรง จึงทำให้มีความเสี่ยงอันตรายมากกว่าแมลงมากมาย

5. พฤติกรรมการเก็บสารเคมี และทำลายภาชนะบรรจุไม่ถูกต้องทำให้อันตรายต่อผู้อยู่อาศัยโดยเฉพาะเด็ก ๆ และสัตว์เลี้ยง

6. ทำให้เกิดความเสี่ยงต่อการเกิดโรคมะเร็ง การสัมผัสหรือเกี่ยวข้องกับของเสียที่เป็นอันตรายซึ่งประกอบด้วยสารพิษที่เป็นสารก่อมะเร็ง อาจทำให้เกิดโรคมะเร็งได้โดยเฉพาะเมื่อได้รับสารเหล่านั้นเป็นเวลาติดต่อกันนาน อาทิ การหายใจเอาอากาศที่มีสารพิษเข้าไป กินอาหารหรือน้ำที่ปนเปื้อนด้วยสารเคมีพวกยาฆ่าแมลง

7. ทำให้เกิดความเสี่ยงต่อการเกิดโรคอื่น การที่ได้รับสารเคมีหรือสารโลหะหนักบางชนิดเข้าไปในร่างกาย อาจทำให้เจ็บป่วยเป็นโรคต่าง ๆ จนอาจถึงตายได้ เช่น โรคทางสมองหรือทางประสาท หรือโรคที่ทำให้เกิดความผิดปกติของร่างกาย ตัวอย่างของโรคที่เกิดจากการจัดการของเสียที่เป็นอันตรายอย่างไม่ถูกต้อง เช่น โรคมินามาตะซึ่งเกิดจากสารปรอท โรคอิไต-อิไต ซึ่งเกิดจากสารแคดเมียมและโรคแพ้พิษสารตะกั่ว เป็นต้น