溪流從高山攜帶大量泥沙和營養物質沉積在河口，形成泥灘地。再加上受海水漲、退潮影響，形成特殊的河口溼地環境。

來到海、河交界地帶，可以看到紅樹林。台灣紅樹林原本有六種，即水筆仔、海茄冬、紅海欖（南部只剩百多棵)、欖李（已列為稀有種），其餘兩種的紅樹和細蕊紅樹已經絕跡了 。它們生長在鹽分變化極大的河口區，成排成列的就像站衛兵般擋住海浪的侵襲，用支柱根抓住泥沙，向海爭地。而有些紅樹林具有獨特的「繁殖」功夫，即所謂「胎生」現象。台灣紅樹林主要分佈在西海岸的南部河口，越往北植物種類越少。在南部還可以看到四種紅樹，來到台北沿海就只剩下水筆仔了。