7.2.1 การกำจัดศัตรูของเห็ดฟาง
1. แมลงต่างๆ เช่น มด ปลวก ไรเห็ด แนะนำให้ใช้ปูนขาวโรยรอบบริเวณ หรือปลูกตะไคร้หอมไว้ โดยรอบ หรือใช้ น้ำหมักชีวภาพ สูตรไล่แมลง
2. เห็ดแทรกซ้อน คือเห็ดที่เราไม่ได้เพาะ แต่เกิดแทรกขึ้นมาเอง หรือเชื้อโรคอื่นๆ ที่เป็นศัตรูของเห็ดฟาง เช่น พวกราต่าง ๆ แก้ไขได้ด้วยการเก็บฟางไว้ไม่ให้ถูกฝน หากมีราขึ้นให้หยิบฟางขยุ้มนั้นทิ้ง หรือเผาทำลายให้ไกลกองเพาะ
3. หลังจากเก็บเห็ดฟางหมดแล้ว ควรเอากองเห็ดเก่าหลาย ๆ กอง มารวมกัน ทำเป็นกองใหม่ให้กว้าง ประมาณ 80 ซม. ทำเหมือนการเพาะเห็ดกองสูง แล้วรดน้ำพอชุ่มคลุมฟางได้สัก 6-8 วัน ก็จะเกิดดอกเห็ดฟาง ได้อีกมากพอสมควร เก็บได้ประมาณ 10-15 วัน จึงจะหมด วัสดุที่ใช้นี้ หลังจากเพาะเห็ดฟางแล้ว สามารถนำไป เพาะเห็ดอย่างอื่นได้อีกด้วย โดยแทบไม่ต้องผสมอาหารเสริมอื่น ๆ ลงไปอีกเลย หรือจะใช้เป็น ปุ๋ยหมักสำหรับใส่ต้นไม้ หรือพืชผักก็ได้ แถมยังมีคุณสมบัติใกล้เคียงกับปุ๋ยอินทรีย์
4. เมื่อเก็บเห็ดฟางหมดแล้ว สามารถนำฟางเก่ากองเพาะเห็ดฟางนี้ ไปหมักเป็นปุ๋ยหมักใช้กับพืชผักอื่น ๆ ต่อไปได้ หรือจะนำฟางที่ได้จากการเพาะเห็ดฟางไปเพาะเห็ดนางรม เห็ดเป๋าฮื้อ ต่อก็ได้
7.2.2 หลักการบริหารโรคและแมลงศัตรูเห็ด
1. การผลิตเห็ดนั้น การรักษาความสะอาดอย่างถูกหลักอนามัยและบริเวณรอบโรงเรือนเป็นสิ่งสำคัญ และจำเป็นอย่างยิ่ง ซึ่งอาจกระทำได้โดยการดูแลรักษาความสะอาดของผู้เข้าไปปฏิบัติงานหรือผู้เข้าไปเยี่ยมชม อย่างเคร่งครัด หรือก่อนที่จะนำเอาถุงก้อนเห็ดเข้าโรงเรือนเพาะ ควรผ่านการฆ่าเชื้ออย่างถูกวิธีทุกครั้ง และก้อนเห็ดที่เน่าเสียทุกถุง ไม่ว่าจะเกิดจากสาเหตุอะไรควรนำออกไปทำลายโดยทันที ถ้าสามารถทำได้เช่นนี้ อย่างน้อยก็จะเป็นการหลีกเลี่ยงหรือลดการเสี่ยงต่อการระบาดทำลายของโรค และแมลง-ศัตรูเห็ด ได้มากกว่า 90%
2. การพักโรงเรือนหรือทำโรงเรือนเพาะให้ว่างเปล่าไว้สักระยะหนึ่ง จะเป็นการตัดวงจรชีวิตโรคและ แมลง-ศัตรูเห็ดชนิดต่างๆ ที่ระบาดสะสมอยู่ในโรงเรือนได้
3. การดูแลเอาใจใส่ หมั่นสังเกตในการเปลี่ยนแปลงของเห็ดที่เพาะไว้ทุกระยะอย่างละเอียดเท่าที่จะ ทำได้ การหมั่นเสาะแสวงหาความรู้และเทคโนโลยีใหม่ๆ เช่น การนำเอาเครื่องดักจับไฟฟ้าชนิดหลอด (Black Light) หรือกับดักกาวเหนียว (Sticky Trap) มาใช้ในโรงเรือนเพื่อการควบคุมปริมาณตัวแก่ของแมลงศัตรูเห็ด ก็จะเป็นประโยชน์อย่างมาก
4. สำหรับผู้ที่กำลังจะคิดขยายกิจการเพาะเห็ดให้ใหญ่โตกว้างขวางขึ้นไป ก็ควรจะมีการวางแผนการ จัดการในระดับต่างๆให้ได้ก่อนลงมือดำเนินการเช่น มีการวางแผนล่างหน้าเกี่ยวกับสายพันธุ์ การอารักขาพืชและการตลาด เป็นต้น ซึ่งควรวางแผน 2 แบบ คือ แผนปฏิบัติการเมื่อเหตุการณ์ปกติและฉุกเฉิน