7.1.1 การควบคุมอุณหภูมิโรงเพาะเห็ดฟาง
1. ในช่วงวันที่ 1 – 4 จะต้องดูแลรักษาระดับความชื้นให้อยู่ในระดับมากกว่า 80 เปอร์เซ็นต์ และต้องรักษาอุณหภูมิภายในกระโจม หรือโรงเรือนให้อยู่ในระดับ 37 – 40 องศาเซลเซียส
2. ประมาณวันที่ 4 ให้เปิดพลาสติกออกทั้งหมดทิ้งไว้ประมาณ 2 ชั่วโมงเพื่อให้เส้นใยเห็ดได้รับออกซิเจนอย่างเพียงพอ หลังจากนั้นรดน้ำด้วยฝักบัวชนิดฝอยเพื่อดัดเส้นใยและในกรณีที่วัสดุเพาะแห้ง หลังจากนั้นคลุมด้วยพลาสติกตามเดิม
3. ในช่วงวันที่ 4-5 ควรรดน้ำในกระโจม หรือโรงเรือน ให้ชุ่มอยู่เสมอ รักษาอุณหภูมิให้อยู่ระหว่าง 28-32 องศาเซลเซียส หากอุณหภูมิสูงกว่านี้ต้องแก้ปัญหาโดยการเปิดช่องลมระบายอากาศ
4. ในช่วงวันที่ 6-7 เห็ดจะเริ่มออกดอกในช่วงวันนี้ห้ามรดน้ำหรือ เปิดโรงเรือนเด็ดขาด
5. ช่วงวันที่ 8 ดอกเห็ดจะเริ่มมีขนาดใหญ่ จนสามารถเก็บได้โดยการเก็บให้เก็บอย่างประณีตอย่าให้ กระทบกระเทือนดอกอื่นๆ จะเก็บผลผลิตได้ 2-6 ครั้ง เมื่อเก็บผลผลิตหมดแล้วให้ปิดพลาสติกไว้อย่างเดิม
7.1.2 การถ่ายเทอากาศ
เห็ดทุกชนิดขณะกำลังสร้างเส้นใยและเกิดดอก เห็ดต้องการออกซิเจนสูงมาก แต่ในระยะที่สร้างเส้นใยจะทนต่อการขาดออกซิเจนได้ดีกว่าระยะที่เกิดดอกเห็ด โรงเรือนที่ดีจะต้องจัดให้อากาศถ่ายเทได้ดี โดยเฉพาะโรงเรือนขนาดใหญ่ ถ้าการระบายอากาศไม่ดี ภายในโรงเรือนจะสะสมก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ไว้มาก สังเกตที่ลำต้นจะยืดยาว ดอกจะหุบไม่บาน
7.1.3 แสง
เห็ดหลายชนิดไม่จำเป็นต้องรับแสงเลย เพราะเห็ดไม่มีการสังเคราะห์แสงเองได้แต่แสงมีความจำเป็น ต่อการทำให้ดอกเห็ดสมบูรณ์ หรือเพื่อให้เห็ดออกดอกเร็วขึ้นเห็ดนางรมนางฟ้า เมื่อได้รับแสงจะปล่อยสปอร์ จากดอกเห็ดได้ดี แต่ถ้าไม่ได้รับแสงก้านดอกจะยาวออก ดอกเล็กและผลผลิตต่ำ
7.1.4 การให้น้ำ
กองฟางเมื่อเพาะแล้วแทบไม่ต้องรดน้ำอีกเพราะวันแรกที่ทำ ความชื้นจะมีมากพอจนถึงวันดอกเห็ดออกหรือประมาณ 7-10 วัน การรดน้ำเข้าไปในกองฟางโดยตรงในขณะที่เส้นใยเห็ดกำลังเจริญอยู่นั้นมีผลเสียมากกว่าผลดี หากฝนตกจะเข้าในกองหรือน้ำท่วมจนดินแฉะด้านล่างกองก็มีผลเสียเช่นกัน ในทางตรงกันข้ามถ้ามีลมพัดจัดและริมกองแห้งเกินไปเห็ดก็จะไม่ออกเช่นกัน การรักษาความชื้นในกองให้พอดีจนเกิดดอกเห็ดนั้น เราจะใช้แผงจากคลุมกองหรือใช้ผ้าพลาสติกคลุมก็ได้ แต่การคลุมกองแบบนี้จะต้องระมัดระวังไม่ให้ผ้าพลาสติกคลุมติดกองโดยตรง เพราะเวลาแดดร้อนจัดไอน้ำจะระเหยขึ้นมาแล้วควบแน่นเป็นหยดน้ำหยดลงมา อาจทำให้บริเวณที่หยดน้ำไหลลงไปเปียกจนกระทั่งเห็ดไม่ออกดอกก็เป็นได้ ถ้าเห็นว่ากองที่คลุมด้วยผ้าพลาสติกนั้นเปียกมากไป อาจต้องเปิดผ้าพลาสติกออกสัก 2-3 ชั่วโมง แล้วค่อยคลุมลงไปใหม่อย่างเดิม กองใดที่ใช้อาหารเสริมมากอาจดูดน้ำมากกว่าธรรมดา จึงต้องระมัดระวังเป็นพิเศษสำหรับนักเพาะเห็ดมืออาชีพ ไม่นิยมทำแผงคลุมกองต่อกอง แต่นิยมทำเป็นล็อคหรือเป็นจุดๆ ไปตั้งแต่ 8-12 แปลง การคลุมกองด้วยผ้าพลาสติกก็เช่นกันอาจคลุมพาด รวมกันตามขวางหลายกองต่อผ้าพลาสติกหนึ่งผืนก็ได้ หลังจากนั้น จึงใช้ฟางแห้งปิดทับเชื้อกันความร้อนจากแสงแดดอีกชั้นหนึ่ง น้ำที่ใช้รดกองเห็ดเมื่อกองเห็ดแห้งนั้นจะต้องเป็นน้ำที่สะอาดไม่มีสารเคมี ถ้าน้ำเป็นน้ำประปาก็ควรทิ้งไว้ประมาณ 2-3 วัน จนหมดคลอรีนก่อนนำมาใช้ วิธีรดน้ำให้แก่กองเห็ด เมื่อกองเห็ดแห้งเกินไปเนื่องจากความชื่นไม่พอ หรือเพาะเห็ดมาแล้วหลายวันก็อาจใช้วิธีรดน้ำลงไประหว่างร่องของแต่ละกอง โดยรอบ น้ำจะซึมและระเหยขึ้นไปเองโดยไม่มีผลเสียต่อเห็ดอย่างที่รดลงในกองโดยตรง บางคนอาจทำแผง คลุมกองเป็นโครงไม้ไผ่โค้งปักไว้บนกองแล้วใช้ผ้าพลาสติกคลุมทับ วิธีนี้ทั้งผ้าพลาสติกและหยดน้ำไม่มีโอกาส สัมผัสกับกองเห็ดโดยตรง หยดน้ำจะรวมตัวไหลลงไปตามส่วนโค้งของผ้าพลาสติก แล้วไหลลงไปยังพื้นดินนอกกองถ้าดินและน้ำเปรี้ยว(กรด) เห็ดฟางจะเกิดดอกได้น้อย การแก้กรดโดยการนำเศษฟางแห้งโรยบนกองเห็ด บางๆ รอบกองแล้วจุดไฟเผาจากนั้นรดน้ำดับไฟขี้เถ้าเหล่านั้นเป็นด่างช่วยลดกรดลงได้
7.1.5 การดูแลรักษา
เริ่มตั้งแต่การบ่มเชื้อ การบังคับให้ออกดอก การให้น้ำและการเก็บดอก ข้อมูลที่จำเป็นต้องทราบ ได้แก่ สภาพแวดล้อมที่เหมาะสม เช่น ปริมาณก๊าซออกซิเจน และคาร์บอนไดออกไซด์ อุณหภูมิ ความชื้น ความเป็นกรดเป็นด่าง ในระยะความเจริญต่างๆของเห็ดแต่ละชนิด ซึ่งนับว่าจำเป็นในการให้ผลผลิตเป็นอย่างยิ่ง เนื่องจากเห็ดเป็นพืชที่ให้ผลตอบแทนต่อหน่วยสูงในระยะเวลาอันรวดเร็ว และชาวฟาร์มเห็ดจะเน้นการผลิตเพียงอย่างเดียวการดูแลรักษาความสะอาดของฟาร์มจึงถูกละเลยก่อให้เกิดปัญหาการระบาดของโรคแมลง ตลอดจนศัตรูเห็ดชนิดอื่นๆตามมา ผลผลิตที่ได้ลดลงจนถึงขนาดเก็บเห็ดไม่ได้ก็มี การบริหารศัตรูเห็ด จึงมีความจำเป็นอย่างยิ่ง การบริหารศัตรูเห็ดไม่ให้ระบาดกระทบต่อผลผลิตเห็ด อันจะทำให้ฟาร์มเห็ดได้รับความเสียหาย จำเป็นต้องควบคุมดูแลเอาใจใส่ทั้ง 5 ขั้นตอนเป็นพิเศษ ซึ่งศัตรูที่เจ้าของฟาร์มเห็ดควรศึกษาให้รู้จักธรรมชาติ และลักษณะการระบาด เพื่อป้องกันก่อนก่อให้เกิดความเสียหายกับฟาร์ม ศัตรูเห็ดแบ่งได้เป็น 2 ประเภทคือ
1.แมลง-ศัตรูเห็ด
2.โรคเห็ด