לפי דה”א ד' ג'-ד', פנואל הוא בנו של חור. ולפי רשימות יוחסין נוספות, הוא שייך לבני כלב, פרץ ויהודה דרך האגף המשפחתי השייך לתמר אשת יהודה. לחצרון אבי חור, אבי פנואל, היו קשרי נישואין עם בת מכיר אבי גלעד שהם מצאצאי מנשה. הישוב פנואל היה ממזרח לירדן ליד היבוק. הצעת החוקרים היא שמשפחת פנואל נדדה אל ממזרח לירדן רק בשלב שני. כלומר לאחר כיבוש נחלת יהודה, וזאת בשל קשרי הנישואין שהוזכרו בין משפחות יהודה ומנשה.
חצרון בן פרץ (בספר בראשית מו' יב' מדובר באותו חצרון אולם רשימות היוחסין של שבט יהודה הן מקוטעות ואף סותרות) נשא אף הוא את בת מכיר וממנה נולד לו שגוב אבי יאיר (דה”א ב' כא'-כב'), והפרשנות לגבי הקרבה שבין יהודה (בית-תמר) למשפחות מכיר, היא אחת. יש המציעים שמדובר בחצרון בן ראובן (ברא' מו' ט'), שכן משפחות חצרון וכרמי מופיעות הן בשושלת היוחסין של שבט יהודה והן בזו של שבט ראובן, ומכאן ההצעה שמדובר במשפחות שהתפצלו ושפלגיה נספחו, האחד לשבט יהודה והשני לשבט ראובן.
הסבר נוסף לקשרי הנישואין עם בנות מכיר הוא הצורך להסביר את נוכחות משפחה משבט יהודה בנחלת שבט מנשה. וכך, גם כאן תפקידה של האישה האם הוא להסביר את נוכחות המשפחה היהודית בנחלת שבט מנשה, זאת בדומה לבת-שוע שבה נדון בנפרד.
לפי הכתוב בספר שופטים א' ב'-כא', חצו בני יהודה את הירדן משמאל (מצפון) לבזק. מקומה של בזק לא אותר, אולם משערים שהיא נמצאת בעמק-הירדן בקרבת מעברות הירדן. נראה אפוא, שמקום חציית הירדן ע"י בני יהודה, מצביע על מקום שהותם הקדום ממזרח לירדן. וראה חניתו של יעקב ליד סוכות לפני שחצה את הירדן. מקום זה מתאים היטב, למקומו המשוער של הישוב פנואל. ומכאן שלפחות חלק ממשפחות שבט יהודה (בית-תמר), נדדו אף הן ממזרח לירדן במשך זמן ממושך ואף יצרו קשרי חיתון עם שבט מנשה, וכמו כן חלק ממשפחות השבט אף עבר להתנחלות באזור זה. אין לכן כל צורך להניח את ההנחה ההפוכה (של התנחלות משנית) שהובאה לעיל. כאמור לעיל, גם פרשת בנות-צלפחד מוסברת היטב באם מקבלים ששבטי בית-לאה שהו תקופה ממושכת ביותר ממזרח לירדן.
בדומה לחשיבות הרבה שיש לנושא נקודת היציאה, לכיבוש נחלת-יהודה ממזרח לירדן, יש גם אותה רמת חשיבות לנקודת היציאה שיצאה מנחלת שבט בנימין, (ועל כך אדון בפרק הדן בשבט בנימין).
כמו הדיון על משפחת פנואל, והאפשרות שמשפחות חצרון וכרמי התפצלו בעת שהותו (הממושכת) של שבט יהודה ממזרח לירדן, היו לשבט יהודה קשרי נישואין גם עם השבטים גד וראובן המוסברים בדיוק באותו האופן. יתר על כן, ההצטברות של קשרי הנישואין של שבט יהודה עם השבטים: מנשה, גד וראובן (שבטי מזרח הירדן לאחר ה"התנחלות"), והמעבר להתנחלות של משפחות שבט יהודה באזורי מזרח הירדן, הופך את ההצעה לשהותם הממושכת והמשותפת של שבטים אלו ממזרח לירדן למוצקה ביותר.
לרעיון שהותו של שבט יהודה תקופה ממושכת ממזרח לירדן מסייעת העובדה שצרת, שהיה בית-אב מיהודה (דה”א ד' ז'), התנחל כנראה באזור נחלת ראובן והקים את הישוב צרת-השחר (יהו יג' יט'). יישוב זה מזוהה בקרבת ים-המלח כ-20 ק"מ מדרום לשפך הירדן.
גם הויכוח של השבטים גד וראובן עם משה בנושא יציאת הגברים בלבד לכיבוש מערב הירדן (במד' לב'), מרמז שלמעשה שבטים אלה לא חצו כלל את הירדן מערבה, ושהשתתפות הגברים בכיבוש מערב הירדן הייתה "נוסחת קשר", לצורך הצגת כיבוש הארץ לאירוע כלל ישראלי, ולא של מערכת אירועים נפרדים שאירעו בפועל ע"י משפחות נפרדות, שבטים נפרדים או איגודי שבטים לפי העניין. כלומר, שבדומה לכיבוש נחלות בית-יאיר ובית-מכיר שכבר הוזכרו, גם כבוש נחלת שבט דן שבספר שופטים, וכן כבוש שכם ע"י שמעון ולוי, ונחלת יהודה ע"י השבטים יהודה ושמעון (נחלה משותפת?) , מייצגים בקרוב טוב את אירועי הכבוש בפועל. בהקשר לשני איגודי השבטים האחרונים, כדאי לשם לב גם להשתייכותם לקבוצת שבטי בית-לאה, שאינה זיקת מוצא בלבד אלא גם זיקה הגורמת לשיתוף פעולה, כאשר הדבר נדרש.
מכל הדיון וההצעות שהעליתי יוצא שהמינוח של שני גלי הגירה והתנחלות אינו כה פשוט. יתכן אפוא שב"תקופת מצרים" שנדונה לעיל, חיו משפחות בית-לאה ממזרח לירדן, ושבמהלך תקופה זו קיימו קשרים שונים עם משפחות בית-רחל, ובינם לבין עצמם, לרבות מעבר להתנחלות של חלק ממשפחותיהם. לימים בשל סיבות שאין התנ"ך מפרטן, חצו את הירדן מערבה והחלו בכיבוש והתנחלות ממערב לירדן. הסבר הגיוני למעבר הירדן מערבה, יכול להיות הואקום שנוצר בעקבות יציאת המצרים את הארץ, וחולשת הכנענים שנגרמה עקב כך.
הסבר ספקולטיבי ומעניין לחציית הירדן מערבה של שבטי מערב הירדן יכולה להיות הרעלת הסביבה שנגרמה ממזרח לירדן ובבשן עקב עננים וולקניים. נחיתתו של הענן הוולקני על סביבת בקעת-הירדן יכולה אולי להסביר (ביחד עם אפקט רעידת-האדמה) את עזיבת המצרים את הארץ ואת החלשת יישובי הכנענים, אשר הקלו מאוד את כיבוש מערב-הירדן.
נוכחותו של הישוב פנואל ממזרח לירדן ובעמק היבוק מצטרף לנימוקים ש"ארץ יהודה" בתצפית משה מהר-נבו היא עמק היבוק (האחוזה שנתנה ליעקב ובניו בארץ מצרים, וכיכר הירדן שלקח לעצמו לוט בעת חלוקת הארץ בינו לבין אברהם).
לסיום, מהעולה מרשימות אלו, הוא שמסעו של שבט יעקב ארצה איננו מסעה של משפחה מצומצמת, אלא של קבוצת שבטי הצפון. משהייתו של יעקב ליד פנואל עולה שמשפחה זו, ומן הסתם גם כל תת-השבט בית-תמר, הקדימו את בואם לפני בוא גל ההגירה השני של שבטי הצפון. על האפשרות שיעקב חנה ליד פניאל ולא פנואל ראה דיון נפרד בהמשך.