הכיצד? והרי פסוק זה שקול למסורת שמקורו של אפרים הוא בארץ מצרים. האם יתכן לאחד שתי מסורות שונות אלו?
ניסיונות רבים למצוא את הקשר שבין אפרים לעמלק עלו בתוהו. גם הפסוק "בארץ אפרים בהר העמלקי" (שופ' יב' טו') המרמז על קשר קדמון בין אפרים לעמלק אינו פותר דבר, והאנציקלופדיה המקראית מסכמת נושא זה בכך שאין הסבר מניח את הדעת לפסוקים אלו, ושהדברים נשתבשו כנראה בדרך כלשהי.
שתי ההצעות: 1) ש"ארץ-גושן" חפפה במידה רבה את אזורי המחיה של העמלקים. 2) שרק שבט אפרים (אולי גם מנשה) חי בארץ-גושן תוך ניתוק ממושך ביותר משבטי הצפון, נותנות את ההסבר המבוקש לקשיים אלו.
אזורי מחיה חופפים של אפרים והעמלקי במשך מאות בשנים יצרו יחסים משותפים לטוב, ומתיחויות לרע. הם יכולים להסביר בנקל קווי נדידה משותפים בקיץ לצפון (נחלת אפרים לאחר הכבוש?) ובחורף לדרום הארץ. גם מלחמת ישראל בעמלק (שמות יז' ח'-יג') ברפידים, יתכן שהיא ממורשת שבט אפרים, שכן מנהיג ישראל הוא יהושע (משבט אפרים, וראה דיון נוסף בנושא זה).
כזכור מתרחש הסיפור הכפול של הוצאת מים מהסלע ברפידים ובקדש-ברנע. ושוב בדומה לסיפורי שרה ורבקה שהוזכרו לעיל, נניח שמדובר גם הפעם בסיפור מקורי המתפצל אח"כ לשנים. כל החוקרים מסכימים שרפידים צריכה להיות קרובה לקדש-ברנע , אולם המציאות בשטח מקשה, שכן אין מעין מתאים כזה. אם נניח שרפידים וקדש-ברנע זהות הן, הבעיה נפתרת בנקל, שכן, מעין קדש-ברנע כה מנותק הוא ממעיינות שכנים, עד שבוודאי נוצרו סביבו מסורות של שתוף פעולה מחד, ושל מלחמות קיומיות מאידך. מכיוון שכבר הוצע שקדש-ברנע היא חלק או סמוכה לארץ-גושן, וששבט אפרים הוא זה שחי בה בשכנות לעמלקים, הרי שיש להניח שמלחמה זו שייכת אף היא למורשת שבט אפרים. אם נאחד את מלחמת רפידים עם "יציאת-מצרים", יתכן הסבר ששבט אפרים ברח או נהדף דרומה מארץ-גושן, חנה בקדש-ברנע, וכך נוצר הסכסוך והמלחמה המסופרים על רפידים.
סליחה, לא כל כך פשוט. המלחמה בעמלק וגם סיפור השלו אכן מושכים את הדיון לאיזור קדש-ברנע, אולם בספר שמות יז' ו' נאמר "הינני עומד לפניך שם על הצור בחורב...". ראה הדיון על מקומו של הר-חורב בצפון-מזרח ים-המלח, כך שיתכן שסיפור רפידים הוא ליד הר-חורב ואז הנחל היוצא ממנו הוא נחל זרקא-מעין (ראה בהמשך).
ראה בהמשך דיון שסיפור יציאת-מצרים והמסע במדבר הוא משני איזורים: איזור רצועת-עזה שם נמצאית ארץ-גשן, ואיזור צפון בקעת-הירדן שם נמצאית ארץ-רעמסס. יתכן שלכל מורשת יציאת-מצרים היה סיפור הוצאת מים מהסלע משלו, וכאן ישנו ערבוב וקפיצות דרך בין אירועים משתי יציאות מצרים. סיפור רפידים קשור ליציאת מצרים אחת, ואילו הקרב עם העמלקים והשלו ליציאת מצרים אחרת.
כדאי לשים לב לעובדה שלישמעאל ולאפרים היו אימהות ונשים מצריות, מה שמלמד על מקור קדום כלשהו אשר נתפצל לדמויותיהם השונות של אפרים (שנספח לעם ישראל) וישמעאל (שנתפצל ממנו). מקור קדום כזה יכול להצביע על מורשת גיאוגרפית קדומה של השבטים האחים אפרים וישמעאל. וכדאי להדגיש שעל-פי שופ' ח' כה' מכונים בני-ישראל "ישמעאלים", מה שמחזק טיעון זה. אם כי לא לגמרי ברור באם הכוונה לישראל במשמעות "אפרים" או במשמעות שונה.
נראה שהשם ישמעאל מבטא יחידה אתנית הקשורה בשבטים החיים על הגמל. הקשר שבין ישמעאלים לגמלים מופיע במכירת יוסף לאורחת ישמעאלים הבאה מן הגלעד על גמליהם בדרכם למצרים (ברא' לז' כה'). גם הממונה על הגמלים אשר למלך דוד היה ישמעאלי (דה"א כז' ל'). מהאמור בסעיף הקודם עולה ששבט אפרים נשא אופי אתני שונה מהשבטים רועי הצאן ורועי הבקר.
לפי מל"ב כה' כה' רצחו ישמעאל ואנשיו את גדליהו. נראה שהשם איננו מקרי ובו ישנו הקשר שבית המלוכה היה אפרתי-ישמעאלי מחד, וכן יש פה האשמה ברורה שהרכיב האפרתי הוא שרצח את גדליהו שהיה ממשפחה שונה, ויתכן שזו הסיבה לזיכרון יום זה בעוצמה כה רבה. קשר נוסף של בית- המלוכה לישמעאלים הוא שבעלה של אביגיל אחות דוד היה ישמעאלי (דה"א ב' יז'), ושוב נראה שאין הדבר מקרי.
בהקשר לדיון זה כדאי לשם לב לשתי בריחות הגר מפני שרה. בבריחה הראשונה (ברא' טז'), האלוהות המלווה את הגר היא יהווה, ואילו זו שבפרק כא' היא אלוהים. מכיוון שבשתי הבריחות הנולד הוא ישמעאל הרי שנראה שאין מדובר בשתי אוכלוסיות שונות, אלא בשתי גרסאות שונות למוצאם של הישמעאלים. כפי שעוד ידון, יצחק אף הוא הינו דמות אב משבט אפרים לבדו, ובפרק כא' רואים כיצד יצחק נשאר בעם ישראל ואילו ישמעאל נפרד ממנו, ושניהם חיים באותו תא שטח בצפון מערב הנגב.
בהמשך הדיון ידובר על פיצולו של שבט אפרים, כאשר פלג אחד הופך לימים להיות שבט אפרים ויצחק הוא דמות אב שלו, והחלק השני משתכן בגלעד ובצפון הארץ. פלג זה הוציא מתוכו את משפחת האפרתי, כלומר משפחתו של דוד. מעט הציטוטים הקושרים את המילה "ישמעאל" עם שבט אפרים קשורים כולם בפלג הצפוני הזה, כך שישנה אפשרות שישמעאל ויצחק מייצגים בסיפור זה את פילוגו של שבט אפרים, כאשר שני הפלגים נמצאים שניהם בחלקים שונים של העם.
רמז נוסף הקושר את אפרים לבדו (אולי גם את מנשה) לאזורי המחיה של העמלקים נמצא בברכת-יעקב (ברא' מט' כב'): "בן פורת יוסף בן פורת עלי עין בנות צעדה עלי שור". מהברכה עולה באופן ברור שרק בית-יוסף, בתקופה מסוימת נמצא בארץ-שור, וכך יש אימות וחפיפה מצוינים לאמור על אפרים בשירת-דבורה. וראה לעיל הדיון על מקומה של ארץ-שור.
מסורת הקושרת את שבט יוסף בלבד ביציאת-מצרים נשתמרה גם בתהילים פא' ו', ונראה ששורשיה של מסורת זו הם אותם השורשים הקושרים את שבט יוסף ו/או שבט אפרים לאזורי המחיה שצוינו, וכן גם לקשרים שקיימו שבטים אלה עם השלטון המצרי בעזה. להלן הציטוט: "ביהוסף שמו בצאתו על ארץ מצרים, שפת לא ידעתי אשמע. הסירותי מסבל שכמו כפיו מדוד תעבורנה". כלומר יוסף מדבר גם בשפה זרה ולא מוכרת לשבטים אחרים ובכך זרותו בולטת עוד יותר.
ברד מבני אפרים (דה”א ז' כ') מזוהה גם כישוב כ-20 ק"מ מדרום מערב לבאר-שבע, מכאן ההסבר שמשפחת ברד בעת נדודי שבט אפרים באזור עברה להתנחלות ונשארה בו גם לאחר ששבט אפרים עזב את האזור, וראה בהמשך מספר דוגמאות נוספות על משפחות אחרות משבטים אחרים שהתנחלו באזור נדודיו הקדום של שבטן.
בהמשך תידון פרשת המרגלים, פרשת עיקוף אדום, הקרב עם מלך ערד ועוד. בקטע זה ננסה רק להעלות את ההשערה שאם אכן יש קשר אמיתי בין כל הקרבות האלה ושאינם קרבות מתקופות שונות שאוחדו בצורה מלאכותית בסיפור התנכי. הרי שסיפור יציאת-מצרים יכול להצטייר באופן הבא: שבט אפרים בורח מארץ-גושן דרומה למדבר, שם מתרחש קרב רפידים עם העמלקים. המצרים מפעילים את כל עממי כנען כדי לחסום את הכניסה לארץ אותה בצעו פעמים רבות בעבר, ואז הם מחליטים להגיע אל מזרח הירדן, מקום שהמצרים לא שלטו בו. גם מעבר זה נחסם בפניהם, והם מצליחים לפרוץ להם דרך בחוליה החלשה לאחר שגברו על מלך-ערד בבקעת באר-שבע.