モビルスーツ（以下、MS）の識別は、基本的には見て覚えるしかありません。こちらの公式サイトが見やすいのではないかと思います。ジュピトリスのMSがティターンズに含まれているのがやや不親切ですが、おおむね分かりやすいです。
ここでは、なぜ、ZガンダムのMSは、敵・見方の判別が難しくなってしまっているのか、その背景をご説明します。
一年戦争終結後、ジオン軍の兵器開発を請け負っていた兵器会社は解体されましたが、アナハイム・エレクトロニクス社がこれを吸収しました。同時にアナハイムは連邦軍側の軍需産業についても大規模な買収工作を行い手中におさめ、MS開発に力を注ぎ、宇宙世紀における軍需産業のトップに君臨します。
連邦軍、およびアナハイムでは、連邦・ジオン双方のMS開発技術を融合させ、次世代のMSを開発することが試みられましたが、早くから研究開発に着手していたジオン側の技術に一日の長があったため、開発されるMSも自然と旧ジオンのモビルスーツ寄りとなってしまいました。ハイザックやガルバルディβなどがその典型です。
一方、地球至上主義者でスペースノイド嫌いのティターンズは、そのような現状を面白くないと考え、ジオン系技術者を廃し、連邦系技術者のみで、ティターンズの象徴となるべき、かつての名機「ガンダム」の後継機の開発を行います。アナハイムではなく連邦軍内で極秘裏に開発されたこの新しいガンダムが、Zガンダム第一話で登場する黒いガンダム、「ガンダムMk-II（マークツー）」です。
しかし、皮肉なことに、ティターンズの象徴となるべきMSは、エゥーゴに奪取され、さらには、アナハイムが保持していなかった新技術までもが流出することとなります。この新技術を利用して完成したのが、Zガンダムです。
アナハイムは、エゥーゴのスポンサーとして、エゥーゴへのMS供給も行います。正規軍でないこともあり、半ば実験場的に扱われたエゥーゴのMS供給は、ジオン系・連邦系双方のMSが入り乱れる結果となりました。リック・ディアスはまさにジオン系、一方で「ガンダム」と名の付くモビルスーツや、ジムの系譜に属するネモなど、連邦系モビルスーツも提供しています。百式やメタスは可変モビルスーツ（変形機構を有するMS）の実験機という位置付けです。
メッサーラ、パラス・アテネ、ボリノーク・サマーン、ジ・オは、シロッコ自身が設計し、ジュピトリス内で開発されたハンドメイドともいうべきモビルスーツです。また、ネオ・ジオンも、ガザC、キュベレイ等、独自にモビルスーツを開発しています。
まとめ：
・一年戦争後、モビルスーツ開発は、アナハイム・エレクトロニクスの独占状態となった。
・連邦/ジオンのモビルスーツ技術の融合が図られた。