ガンダムでは、「戦争」が描かれています。戦っているのは、人間同士です。一部の例外を除いて、怪物・宇宙人などの「非人間」相手に戦うのではないということをまず抑えてください。
次に、「正義の味方VS悪の組織」というような、陳腐な勧善懲悪の話ではない、ということを理解してください。一応、物語には主人公がいて、彼は戦争を行っている複数の陣営のうちの、どれかに属して戦っています。しかし、主人公の属している陣営が、絶対的な「正義」というわけではない。双方の陣営が、それぞれ自分達の「正義」を主張しています。一方で、それぞれの陣営が、様々な問題を抱えている。主人公もそれが分かっていて、戦うことに悩み、躊躇しつつも、自分と仲間達の命を守るために、日々なし崩しに的に戦わざるをえない・・・。作品によってはあてはまらない場合もありますが、大体のガンダムに共通するエッセンスであり、シナリオに深みを持たせています。
ただ、どちらが正義でどちらが悪か、敵なのか味方なのか、はっきりしないので、分かりにくいことは確か。はっきりしないところがガンダムの面白さである、と理解していただきたいです。とりあえず、「どことどこが戦っているのか」「主人公はどっちの所属なのか」くらいは把握してアニメを見るようにしましょう。アニメだけでは説明不足で分かりにくいことも多いので、混乱したら、Wikipedia等を見て、上記のポイントを確認するとよいでしょう。本サイトでも、ポイントを解説していきます。
まとめ：
・ガンダムには、正義の味方も悪の組織も登場しない。
・様々な組織・陣営が登場する。話が分からなくなる前に確認しておく。