SpectConnectのサーバーが止まっていたため，返信が返ってくるのに時間がかかっていました．サーバーメンテナンスが終わりました！という旨のメールから統計解析結果が返ってくるまで1日もかかりませんでしたので，本来はアップロードしてから1－2日で返ってくるのだと思います．（実は管理人，使うのは初めて）
そして，いざ，返って来たデータ行列を見たら，1つも同定されていない！
「えー！」となった管理人は，さっそくSpectConnectの開発者にメールしました．そしたら，
「AMDIS内で作ることができるNIST形式でないと，ライブラリーが読み込めないので，申し訳ないけど作り替えてください」
という旨のメールがきました．第二回のスペクトル形式のときに少しだけ書きましたが，NIST形式というのはm/zとintensityのペアがタブ区切りで明記されていようが，カンマ，括弧で仕切られていようが，実はなんでも良いのです．だから，本来開発者は，そのすべてに対応したParserを書くべきなのですが，こんなところに力を注いでいられないという開発者の意図を組んで，こちらが用意することにします．
AMDIS形式は，m/zとintensityのペアが括弧で，
(@@@ @@@@)
のように括弧で区切ります．m/zは三桁で，intensityは４桁まで許され，intensity最大値は1000もしくは999で正規化しておかなくてはなりません．右詰めで，空いているのはスペースです．以下，例：
NAME:L-Alanine (2TMS)_SD1_1102.5_1185EK02_ EITTMSN12C
CASNO:
RI:, , , , , , , , , ,
RW:, , , , , , , , , ,
RT:
COMMENTS: Synon: DATE:2001.06.01
COMMENTS: Synon: NAME:L-Alanine (2TMS)
COMMENTS: Synon: SP:
COMMENTS: Synon: MPIMP-ID:110001-01-1
COMMENTS: Synon: RI:1103
COMMENTS: Comments: Kopka J, MPIMP, Dept. Willmitzer
COMMENTS: DB#: 2
SOURCE: Golm Library
NUM PEAKS: 77
( 70 51) ( 71 13) ( 72 49) ( 73 999) ( 74 98)
( 75 158) ( 76 21) ( 77 235) ( 78 21) ( 79 77)
( 80 5) ( 81 3) ( 82 1) ( 83 1) ( 84 8)
( 85 4) ( 86 28) ( 87 12) ( 88 22) ( 89 4)
( 90 2) ( 91 5) ( 92 2) ( 94 14) ( 95 1)
( 96 2) ( 97 1) ( 98 3) ( 99 3) (100 67)
(101 20) (102 19) (103 44) (104 6) (105 5)
(106 1) (107 26) (108 1) (109 1) (110 15)
(112 1) (113 2) (114 10) (115 13) (116 845)
(117 105) (118 40) (119 5) (126 1) (127 5)
(128 15) (129 3) (130 50) (131 23) (132 9)
(133 23) (134 58) (135 7) (136 2) (143 2)
(144 4) (145 1) (146 5) (147 183) (148 30)
(149 15) (150 2) (174 1) (184 12) (185 1)
(190 34) (191 8) (192 2) (199 2) (218 10)
(219 2) (220 1)
SpectConnectの開発者が送ってきてくれたのが，intensityの最大値が999で正規化されたものでしたので，こちらもそうしたいと思います．というわけで，AMDIS形式に直したファイルは以下にリンクを貼っておくので，よければダウンロードしてください．（以前のリンクも修正しておきました．）
理研CSRS
https://dl.dropboxusercontent.com/u/12061578/MassBank_GCMS_RIKEN.msp
大阪大学
https://dl.dropboxusercontent.com/u/12061578/MassBank_GCMS_OsakaUniv.msp
かずさDNA研究所
https://dl.dropboxusercontent.com/u/12061578/MassBank_GCMS_Kazusa.msp
このファイルを元に，もう一度SpectConnectに挑戦してちゃんと同定できるか試してみたいと思います．
それでは今日はこの辺で．