メタボロミクスの発展を目指して

【告知・掲示板】


第3回メタボロミクスソフトウェア講習会のご案内: 開催日202171日(木)

この度、昨年度は開催できなかった第3回メタボロミクスソフトウェア講習会を完全オンラインで開催致します。今年度は「質量分析を用いた未知代謝物のアノテーション」という課題に焦点を絞り、実際現場で研究を行っている研究者の方に「スペクトルアノテーションの実例」を講演していただきます。そしてこの度は、4人の演者の方に予め動画をご準備いただきました。そしてこのメタボロミクス講習会では、この動画について「質問会」という形で行いたいと思っております。つまり、「質量分析のデータを毎日眺めている研究者に気軽に質問できる場所」を提供し、この分野の発展に少しでも貢献できればと思っておりますので、お気軽にご参加いただけましたら幸いです。

日時:202171日(木)15時-17

参加登録フォーム:https://forms.gle/zpLBZwuSVQeP9rgi9

オンライン開催概要:Zoomで行います。URLは、登録いただいたメールアドレスに後日送付します。

具体的には、以下の4課題です。

演者1:津川裕司(東京農工大学)

タイトル:天然物MS/MSアノテーションの事例紹介 (Medicagenic acid O-malonyl hexose)

動画URLhttps://togotv.dbcls.jp/20210408.html

演者2:山本博之(ヒューマンメタボロームテクノロジーズ)

タイトル:キャピラリー電気泳動-飛行時間型質量分析計を用いたメタボロミクスにおける未同定ピークの構造推定の一例

動画URLhttps://togotv.dbcls.jp/20210512.html

演者3:荒武(京都大学)

タイトル:天然物MS/MSアノテーションの事例紹介 (Dehydro carpamic acid glycoside)

動画URLhttps://togotv.dbcls.jp/20210521.html

演者4:櫻井望

タイトル:ノンターゲットメタボローム解析でオカラミンを同定した方法

動画URLhttps://togotv.dbcls.jp/20210520.html

◆お問い合わせ:質量分析インフォマティクス研究会・担当世話人

津川裕司(東京農工大学/理研CSRS/理研IMS/横浜市立大学生命医科学

E-mail:ms.bio.info@gmail.com


質量分析インフォマティクス研究会・第6回ワークショップ ONLINE(2021年)

質量分析インフォマティクス研究会(JCompMS; http://ms-bio.info/ )は、日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)の公募研究会として2016年4月から活動を開始した研究会です。研究会の目的は、質量分析学(及びその関連)研究コミュニティと(バイオ)インフォマティクス研究コミュニティの交流を進めることで、今までに5回の公開ワークショップと3回のッカソンを開催してきました。


この度、第6回の公開ワークショップが、昨年に引き続きオンラインで開催されることが決定しました。参加への制限は一切ありません。幅広い分野・背景・動機を持たれる方々の参加を歓迎します。


また前回に引き続き、参加者による短時間の一般講演(口頭発表、10分程度)を募集します。


「方法論・ソフトウェア・データベースなどを開発した」

「質量分析データの情報学的研究を行った」

「現在の研究の問題点を打開するために情報学的研究が必要である」

「このような問題を抱えているが、一緒に研究できる人はいないか」


といった話題のほか、コミュニティへの要望や話題提供なども歓迎ですので、この機会をぜひご活用ください。


参加申し込みについては http://ms-bio.info/2021ws.html をご参照ください。


なお、研究会もしくはメーリングリストへの参加も歓迎しています。詳しくは

https://ms-bio.info/2021ws.html

をご参照ください。


主催:質量分析インフォマティクス研究会(日本バイオインフォマティクス学会)


日時:2021(令和3)年6月10日(木)(午前10時頃~午後7時頃)(詳細は5月までに確定)

開催場所:オンライン(Zoom webinarを使用予定)


参加費:無料


招待講演:(予定)(五十音順・敬称略)

大野 聡  (東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻)

中尾 素直  (九州大学 生体防御医学研究所)

西田 孝三  (理化学研究所 生命機能科学研究センター(BDR))

馬場 健史  (九州大学 生体防御医学研究所)


ほか、「書籍セッション」を企画中です。


詳細な情報は研究会のweb( http://ms-bio.info/2021ws.html )をご参照ください。

積極的なご参加をお待ちしています。


◆お問い合わせ:質量分析インフォマティクス研究会・担当世話人

山本博之(ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ)

津川裕司(東京農工大学/理研CSRS/理研IMS/横浜市立大学生命医科学)

早川英介(沖縄科学技術大学院大学)

守屋勇樹(情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター)

吉沢明康(京都大学大学院薬学研究科)

email:ms.bio.info(at)gmail.com

迷惑メール対策のため、メールアドレスの(at)を@に置き換えてください。 (Please use at sign instead of (at).)


【ご挨拶】

ESI友の会は,日本のメタボロミクス研究を盛り上げよう!もっと色々な人たちにメタボロミクスの技術を使えるようになってもらって,日本の科学を発展させよう!!という目的で,メタボロミクス研究者の中から有志が集まって結成されたコミュニティです.「ESI」という名前がついていますが,集まっている人たちは本当に様々です.扱っているサンプルでいえば微生物・食品・動植物,分離装置でいえばガスクロマトグラフィー・液体クロマトグラフィー・キャピラリー電気泳動・超臨界流体,検出装置でいえば,四重極型・飛行時間型・フーリエ変換型・タンデム型(QqQ・Q-TOF)・Orbitrap.さらにデータ処理や統計学を専門としている人がいます.「メタボロミクスをはじめるなら今!!」というくらい,メタボロミクス研究はいま多くの研究分野から注目を集めています.従来,メタボロミクスの技術は難しく一筋縄ではいかないから手を出しにくい…と言われてきました.しかしその時代はもう終わりつつあります!ESI友の会で集まった人たちは,それぞれ目的に応じたメタボロミクスプロトコールを開発し,実用的なシステムを構築してきました.そして今回,それぞれの技術を持ち寄り,「メタボロミクスのプロトコール集」を作成致しました.これを自由にダウンロードしていただき,日本の研究者の皆様方の一助になることをESI友の会は目指しています.もちろん,これからも様々な意見を取り入れ,改定を重ねていき,より良いメタボロミクスプロトコール集を作成・更新していきたいと思っています.乱筆ではありますが,これからの日本科学の発展を願いメタボロミクス研究の立場から日本科学に貢献できるよう日々精進して参ります.

ESI友の会 一同

ESI友の会 プロトコール集執筆者一覧

九州大学 和泉自泰(Izumi Yoshihiro):幹事

理化学研究所 津川裕司(Tsugawa Hiroshi):幹事

大阪大学 松田史生(Matsuda Fumio)

九州大学 馬場健史(Bamba Takeshi)

山形大学 及川彰(Oikawa Akira)

理化学研究所 池田和貴(Ikeda Kazutaka)

理化学研究所 澤田有司(Sawada Yuji)

理化学研究所 佐々木亮介(Sasaki Ryosuke)

神奈川工科大学 飯島陽子(Iijima Yoko)

中央農業総合研究センター 岡崎圭毅(Okazaki Keiki)

埼玉大学 宮城敦子(Miyagi Atsuko)

神戸大学 西海信(Nishiumi Shin)

HMT 山本博之(Yamamoto Hiroyuki)

ジーエルサイエンス株式会社 宮川浩美(Miyagawa Hiromi)