ในประเทศญี่ปุ่น คินดะอิจิ กับคดีฆาตกรรมปริศนาลงตีพิมพ์เป็นตอน ๆ ในนิตยสาร โชเน็นแม็กกาซีน ของสำนักพิมพ์โคดันฉะ ตั้งแต่ปีพ.ศ. 2535 และตีพิมพ์รวมเล่มออกจำหน่ายจนถึงตอนนี้เป็นจำนวน 52 เล่ม แบ่งเป็นฉบับ "ไฟล์" 27 เล่ม 19 คดี ฉบับ "เคส" 10 เล่ม 7 คดี ฉบับ "ชุดแฟ้มคดีพิศวง" 6 เล่ม 17 คดี ฉบับ "ชุดสารวัตรอาเคจิ" 2 เล่ม 7 คดี และฉบับ "ชุดไฟล์ฉบับใหม่" 14 เล่ม 8 คดี "ชุดคดีฉลองครบรอบ 20 ปี" 5 เล่ม 3 คดี และฉบับล่าสุด "อาร์" ซึ่งในขณะนี้ 10 เล่ม 8 คดี สำหรับประเทศไทยผู้ได้รับลิขสิทธิ์ในการตีพิมพ์คือสำนักพิมพ์วิบูลย์กิจ เริ่มแรกตีพิมพ์เป็นรายสัปดาห์ในนิตยสาร KC WEEKLY ภายหลังเปลี่ยนเป็นรายสะดวก ตีพิมพ์รวมเล่มออกจำหน่ายแล้ว 75 เล่ม และปัจจุบันสามารถหาอ่านแบบหนังสืออิเล็กทรอนิกส์ (อีบุ๊ค) อย่างถูกกฎหมายผ่านเว็บไซต์ของวิบูลย์กิจ ทั้งแบบรวมเล่ม และตอนรายสัปดาห์
คินดะอิจิ กับคดีฆาตกรรมปริศนาถูกดัดแปลงเป็นการ์ตูนโทรทัศน์ภาคแรก 148 ตอน ในปี พ.ศ. 2540-พ.ศ. 2543 และกลับมาออกอากาศอีกครั้งในปี พ.ศ. 2557 หลังผ่านไป 14 ปี ในชื่อภาครีเทิร์น ซึ่งปัจจุบันออกอากาศไปแล้ว 47 ตอน นอกจากนี้ยังถูกดัดแปลงเป็นภาพยนตร์การ์ตูนในปี พ.ศ. 2539คดีพิศวง Phantom of The Opera และพ.ศ. 2542 ฆาตกรรมหมู่ในมหาสมุทร
นอกจากนี้ยังถูกดัดแปลงเป็นละครชุดถึง 4 เวอร์ชัน คือ พ.ศ. 2538, 2539, 2544 และ2557 และเป็นภาพยนตร์พิเศษทางโทรทัศน์ ในปี พ.ศ. 2548, 2556 และ 2557 นอกจากนี้ยังเคยเป็นภาพยนตร์คือ คดีฆาตกรรมนางเงือกเมืองเซี่ยงไฮ้ (พ.ศ. 2540)
คดีในคินดะอิจิ กับคดีฆาตกรรมปริศนา ส่วนใหญ่ดำเนินเรื่องตามรอยวรรณกรรมตระกูลรหัสคดีประเภท whodunnit (ใครเป็นคนทำ), puzzle (ปริศนา) และ cozy (รหัสคดีบุ๋น) กล่าวคือ มีการฆาตกรรม มีปริศนาระหว่างผู้เขียนและผู้อ่าน และมักเกี่ยวพันกับเรื่องราวเหนือธรรมชาติ ส่วนมาเดินตามขนบนิยายของ อกาธา คริสตี้, กัสตง เลอรู, เอส. เอส. แวนไดน์ และจอห์น ดิกสัน คารร์ มีการใช้อุบายแบบ locked room murder (ฆาตกรรมในห้องปิดตาย) อยู่บ่อยครั้ง ในขณะที่ฆาตกรในเรื่องก่อการฆาตกรรมอย่างเลือดเย็นและเหี้ยมโหด มักพบว่าสาเหตุเบื้องหลังการฆาตกรรมบ่อยครั้งเกิดจากการสูญเสียอย่างร้ายกาจที่เกิดกับฆาตกร ที่หลายครั้งทำให้ผู้อ่านสะเทือนใจไปกับฆาตกรมากกว่าผู้ถูกฆาตกรรมเสียอีก ด้วยความยอดเยี่ยมของโครงเรื่อง ทำให้นักวิจารณ์ส่วนใหญ่ ถือว่า คินดะอิจิ กับคดีฆาตกรรมปริศนา เป็นการ์ตูนแนวสืบสวนที่ดีที่สุดในญี่ปุ่น และ ในโลกปัจจุบัน
คินดะอิจิ ฮาจิเมะ ตัวละครหลักของเรื่อง เป็นหลานชายของคินดะอิจิ โคสุเกะ ผู้มีศักดิ์เป็นปู่ ยอดนักสืบชื่อดังในอดีต คินดะอิจิชื่นชอบและมีความสามารถในด้านการสืบสวนสอบสวนเป็นอย่างมาก โดยยืดเอาคินดะอิจิ โคสุเกะ เป็นต้นแบบ มีเพื่อนสนิทในวัยเด็กและเพื่อนร่วมชั้นคือ นานาเสะ มิยูกิ ที่ติดตามคินดะอิจิไปพบกับเรื่องราวคดีฆาตกรรมหลายต่อหลายครั้ง คินดะอิจิถูกมิยูกิ บังคับให้มาเป็นเพื่อนซ้อมละครเรื่อง The Phantom of the Operaที่โรงละครโอเปร่าที่โรงแรมที่ตั้งอยู่บนเกาะโดดเดี่ยว
ต่อมาภายหลังเกิดคดีฆาตกรรมขึ้น ณ สถานที่แห่งนี้ถือเป็นจุดเริ่มต้นของการเป็นนักสืบของคินดะอิจิและได้พบกับสารวัติอาเคจิและผู้หมวดเคนโมจิครั้งแรก หลายต่อหลายครั้งที่เกิดคดีฆาตกรรม คินดะอิจิและมิยูกิจะร่วมอยู่ในเหตุการณ์ด้วยเสมอ ทั้งสารวัตรอาเคจิและหมวดเคนโมจิ ต่างยอมรับในฝีมือด้านการสืบสวนของคินดะอิจิที่ไม่ทิ้งเชื้อสายจากคินดะอิจิ โคสุเกะ ที่ช่วยสามารถคลี่คลายคดีที่เกิดขึ้นได้สำเร็จ
ไหวพริบปฏิภาณ สติปัญญาอันเฉียบแหลมที่สามารถมองทะลุถึงแผนการฆาตกรรมของคนร้าย ทำให้คินดะอิจิมีชื่อเสียงในแวดวงตำรวจ และสะดุดตาของนักอาชญากรรมตัวร้ายอย่าง ทากาโต้ โยจิอิ หรือ "นักมายากลจากนรก" ผู้อยู่เบื้องหลังการก่อคดีอาชญากรรมที่เต็มไปด้วยความสวยงาม คินดะอิจิถูกทากาโต้ใช้แผนซ้อนแผนและมายากล หลอกจนหัวปั่นและก่อคดีฆาตกรรมได้สำเร็จ และกลายเป็นศัตรูคู่ปรับในการไขคดีปริศนาฆาตกรรมหลายต่อหลายครั้ง
คินดะอิจิ ฮาจิเมะ (金田一 一)
เด็กนักเรียนชั้นมัธยมปลาย เรียนอยู่โรงเรียนฟุโด หลานชายของยอดนักสืบชื่อดัง คินดะอิจิ โคสุเกะ คินดะอิจิมีความสามารถในด้านการสืบสวนสอบสวน ไขปมปริศนา พิจารณาร่องรอยในสถานที่เกิดเหตุการฆาตกรรมได้อย่างดีเยี่ยม นิสัยซุ่มซ่าม เจ้าชู้และทะลึ่ง มีเพื่อนสนิทในวัยเด็กคือนานาเสะ มิยูกิ คิดะอิจิก็แอบชอบแต่ไม่เปิดเผย ที่คอยช่วยเหลือคินดะอิจิยามมีปัญหา และเป็นกำลังใจสำคัญแก่คินดะอิจิในการไขคดีฆาตกรรม
ในภาคอะนิเมะคินดะอิจิ ได้เปิดเผยว่าเขามีความสามารถในการเล่นกีฬาปิงปอง
นานาเสะ มิยูกิ (七瀬 美雪)
เกิดวันที่ 24 พฤศจิกายน (ภาคอะนิเมะ คดีฆาตกรรมบนจอภาพสีเงิน)เพื่อนในวัยเด็กของคินดะอิจิ นิสัยร่าเริง แอบชอบคินดะอิจิแต่ไม่เปิดเผย เรียนเก่งและคอยดูแลช่วยเหลือคินดะอิจิในหลาย ๆ เรื่อง มิยูกิมักติดตามคินดะอิจิไปทุก ๆ ที่และมักพบเห็นเหตุการณ์ฆาตกรรมด้วยกันบ่อยครั้ง หลายครั้งฆาตกรจ้องจะเล่นงานมิยูกิเพราะเป็นจุดอ่อนที่สามารถเอาชนะคินดะอิจิได้ เพราะมิยูกิพูดบางสิ่งที่เกี่ยวข้องกับคดี ซึ่งสามารถทำให้คินดะอิจิไขคดีได้ง่ายขึ้นหลายครั้ง
อาเคจิ เคนโก (明智 健悟)
นายตำรวจหนุ่มแห่งญี่ปุ่น หัวหน้าของผู้หมวดเคนโมจิ เป็นคนนิ่ง ๆ หยิ่ง ๆ และสุขุมรอบคอบ อาเคจิเป็นไม้เบื่อไม้เมากับคินดะอิจิ เมื่อแรกที่ทั้งสองพบกันอาเคจิไม่ชอบใจที่คินดะอิจิมาวุ่นวายกับคดีฆาตกรรม แต่เมื่อคินดะอิจิช่วยเหลือในด้านการคลี่คลายคดีและจับตัวฆาตกรได้สำเร็จ ทำให้อาเคจิยอมรับในฝีมือของคินดะอิจิ
เคนโมจิ อิซามุ (剣持 勇)
นายตำรวจลูกน้องของสารวัตรอาเคจิ เคนโมจิเป็นนายตำรวจที่มีฝีมือในด้านการต่อสู้และเป็นยูโดสายดำ พบกับคินดะอิจิครั้งแรกในการคลี่คลายคดีฆาตกรรมโรงละครโอเปร่า ตอนแรกหมวดเคนโมจิไม่ค่อยชอบขี้หน้าคินดะอิจิสักเท่าไหร่ และต่อมาเมื่อมีคดีเกิดขึ้น เคนโมจิมักจะขอความช่วยเหลือจากคินดะอิจิอยู่เสมอ
อิสึกิ โยสึเกะ (いつき 陽介)
ชื่อจริงของเขาชื่อ คิมูระ ชินสุเกะ เป็นนักข่าวอิสระ พบกับคินดะอิจิครั้งแรกในคดีฆาตกรรมแคมป์เลือด เขาเป็นนักข่าวที่มีแหล่งข้อมูลกว้างขวาง มีความสามารถในการหาข่าวสูง หลายครั้งที่เขามีปัญหาหรือต้องการผู้ช่วยเหลือ มักจะมาหาคินดะอิจิเพื่อขอความช่วยเหลืออยู่เสมอๆ
ซากิ ริวตะ (佐木 竜太)
หรือซากิเบอร์1ตามที่คินดะอิจิเรียก ทึ่งในความเก่งของคินดะอิจิจากคดีฆาตกรรมโรงเรียนสยองขวัญ จึงต้องการติดตามคินดะอิจิในฐานะผู้ช่วย เขาจับพิรุธฆาตกรคนหนึ่งได้และถูกฆ่าตายในตอนคดีฆาตกรรมโรงแรมต่างชาติ ภายหลังเป็นวิญญาณตามตัวคินดะอิจิ คอยมาเตือนเรื่องร้ายให้
ซากิ ริวจิ (佐木 竜二)
น้องของซากิ ริวตะ หรือซากิเบอร์ 2 เขามักจะติดตามคินดะอิจิเพื่อช่วยเหลือโดยการถ่ายกล้องวิดีโออยู่เสมอ ๆ เมื่อมีโอกาส เขาติดตามคินดะอิจิเพราะว่าพี่ชายที่ตายไปแล้วเข้าฝันมาขอร้องเพื่อสืบทอดเจตนารมณ์ของตน
ฮายามิ เรกะ (速水 玲香)
ดารานักแสดงวัยรุ่นชื่อดังที่สุดคนหนึ่ง พบกับคินดะอิจิครั้งแรกในคดีฆาตกรรมปีศาจหิมะ เธอหลงใหลในตัวคินดะอิจิอย่างมากซึ่งสาเหตุมาจากที่คินดะอิจิเคยช่วยเหลือเธอจากการถูกใส่ความว่าเป็นฆาตกรในคดีครั้งนั้น บางทีเธอก็แอบทะเลาะกับมิยูกิเป็นครั้งคราวด้วย
คินดะอิจิ ฟุมิ (金田一 二三)
เป็นลูกพี่ลูกน้องกับคินดะอิจิ นิสัยร่าเริง ปากอย่างใจอย่าง กะล่อน หน้าเงิน ชอบทะเลาะกับคินดะอิจิอยู่เสมอๆ แต่ลึก ๆ แล้วเธอเป็นคนดีมากและเป็นห่วงคินดะอิจิอยู่เหมือนกัน
ทาคาโต้ โยอิจิ (高遠 遙一)
ปรากฏตัวครั้งแรกในตอน คดีฆาตกรรมรถด่วนมายากล (รถด่วนมรณะ) ทาคาโต้ได้ฆ่าคนในคณะมายากลเพื่อล้างแค้นให้กับแม่ที่เป็นเจ้าของคณะซึ่งได้ตายไปแล้ว หลังจากที่คินดะอิจิเผยตัวคนร้ายทาคาโต้ก็โดนจับ คนในคณะที่เหลือจึงจัดการแสดงขึ้นอีกครั้ง และในครั้งนั้นทาคาโต้ได้หนีออกมาจากคุกพร้อมกับทำกับดักในการแสดงมายากลเพื่อฆ่าคนในคณะที่เป็นคนฆ่าแม่ของทาคาโต้ หลังจากนั้นทาคาโต้ก็หลบหนีไปเป็นอาชญากรขึ้นบัญชีดำ ชอบมาปรากฏตัวให้คินดะอิจิเห็นบ่อย ๆ และชอบปลอมตัวเข้ามาสืบสวนคดีแข่งกับคินดะอิจิอีกด้วย