หลังจากพระมงคลเทพมุนี (สด จนฺทสโร) มรณภาพแล้ว ลูกศิษย์ของท่าน รวมถึงแม่ชีจันทร์ ขนนกยูง ได้สืบทอดสายปฏิบัติของวิชชาธรรมกาย (ซึ่งเป็นวิธีเจริญกรรมฐานนับจากปีพ.ศ.๒๔๕๙ โดยใช้คำบริกรรมว่า "สัมมาอะระหัง" ขณะที่นึกถึงดวงแก้วกลมใสที่ฐานตรงปากช่องจมูก) ในสมัยนั้น ในปีพ.ศ.๒๕๐๖ ขณะที่นายไชยบูลย์ สุทธิพล กำลังศึกษาอยู่ที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้ไปที่วัดปากน้ำหลังจากได้อ่านวารสาร วิปัสสนาบันเทิงสาร ที่มีการกล่าวอ้างถึงคุณวิเศษของแม่ชีจันทร์ นายไชยบูลย์ได้ชักชวนเพื่อนักศึกษาไปร่วมกิจกรรมที่วัดปากน้ำ ทำให้คณะลูกศิษย์ของแม่ชีจันทร์จึงขยายเพิ่มมากขึ้น ต่อมาในปีพ.ศ.๒๕๑๒ นายไชยบูลย์ได้อุปสมบทเป็นพระภิกษุ ฉายาว่า ธมฺมชโย ต่อมานายเผด็จ ผ่องสวัสดิ์ หนึ่งในคณะลูกศิษย์ก็ได้บวชเป็นพระภิกษุในฉายาทตฺตชีโว (พระเผด็จ ทตฺตชีโว) และได้เริ่มร่วมกันสอนกรรมฐานที่วัดปากน้ำร่วมกับแม่ชีจันทร์ คณะลูกศิษย์เพิ่มมากขึ้นเป็นอย่างมาก จนยากที่จะจัดกิจกรรมที่วัดปากน้ำ ภาษีเจริญ ดังนั้นในวันที่ ๒๐ กุมภาพันธ์ พ.ศ.๒๕๑๓ จึงได้ร่วมก่อตั้งศูนย์ปฏิบัติธรรมบนที่ดิน ๑๙๖ ไร่ ณ ต.คลองสาม อ.คลองหลวง จ.ปทุมธานี
ต่อมากระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศให้เป็นวัดตามกฏหมายเมื่อ ๒๙ กรกฏาคม พ.ศ.๒๕๒๐ ในชื่อ ศูนย์พุทธจักรปฏิบัติธรรม และต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น วัดวรณีธรรมกายาราม และเปลี่ยนชื่ออีกครั้งเป็น วัดพระธรรมกาย และได้รับอนุญาตตั้งเป็นวัดโดยสมบูรณ์ เมื่อ ๑๒ มกราคม พ.ศ.๒๕๒๒ ในสมัยแรกแม่ชีจันทร์มีบทบาทสำคัญในการบอกบุญและปกครอง แต่ต่อมาเมื่อท่านอายุมากขึ้น จึงค่อยๆมอบให้ลูกศิษย์ของท่าน คือ หลวงพ่อธมฺมชโย และ หลวงพ่อทตฺตชีโว บริหารงานต่อ
ช่วงปีพ.ศ.๒๕๒๒ เป็นช่วงที่เศรษฐกิจในประเทศไทยเติบโตอย่างรวดเร็ว วัดพระธรรมกายได้ถ่ายทอดค่านิยม มุ่งเน้นความสำเร็จทางธุรกิจ ความทันสมัย จึงเป็นที่ดึงดูดใจของประชาชนอย่างมาก โดยเฉพาะในกลุ่มชนชั้นกลาง และ นักศึกษา มีการจัดโครงการอบรม ปฏิบัติธรรม ที่มุ่งเน้นไปยังคนกลุ่มนี้หลายโครงการ เช่น โครงการธรรมทายาท โครงการทางก้าวหน้า มีการจัดโครงการบวชระยะ ๒-๓ เดือนขึ้นไป แทนการบวชระยะสั้นตามธรรมเนียมโบราณ และมีการจัดโครงการอบรมระยะยาวสำหรับผู้หญิง ในปีพ.ศ.๒๕๒๙
วัดพระธรรมกายได้ส่งเสริมงานด้านพระพุทธศาสนาเป็นจำนวนมาก เช่น ร่วมมือกับสมาคมบาลีปกรณ์ (ประเทศอังกฤษ) และมหาวิทยาลัยมหิดล จัดทำซีดีพระไตรปิฎกที่สามารถสืบค้นคำสำคัญได้ รวมถึงการทำสื่อเพื่อเผยแผ่พระพุทธศาสนา ไม่ว่าจะเป็นรายการทีวี สื่อออนไลน์ หรือ หนังสือธรรมะ ก่อตั้งโรงเรียนพระปรัยัติธรรม พิมานศึกษา และจากปีพ.ศ.๒๕๓๕ ได้เริ่มขยายสาขามากมายไปยังต่างประเทศ เช่นในสหรัฐอเมริกา ญี่ปุ่น ไต้หวัน ฮ่องกง ฯ
🌏 เฟสบุ๊คและเว็บไซต์
➡️ เว็บไซต์ "มูลนิธิธรรมกาย"
กลุ่ม "วัดพระธรรมกาย" มีจำนวน ๒๑๒ เล่ม