系統樹を記述する形式に、Newick、NHX(ver1.0, ver2.0)などがあります。
Newick形式は、Phylipなどで利用されている形式で、系統樹のトポロジーを括弧"（）"で記載する方法です[1]。
(((A, B), C), D)となっていれば、A/B/Cが一つのクレードをなし、Dはそれに対するアウトグループだとわかります。
Newickの記述方法を拡張したのが、NHX(New Hampshier Extended)形式で、木のノードや枝に対して注釈をつけることができます[2]。
NHXのversion2.0は、NHXをさらに拡張したもので、注釈できる種類が増えているようです。
PhyloXMLではNHXのversion2.0の利用を推奨しているようです[3]。
[1] http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html
[2] http://home.cc.umanitoba.ca/~psgendb/doc/atv/NHX.pdf
([2]のリンク先はネット検索でみつけました。リンク先のサイトの信頼性は担保していません。)
[3] https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester/nhx