近過去のできごと

2020年度

R2, 2020. 8. 7-11. 国際生物学オリンピック開催.

バイオインフォマティクス問題作成チームのリーダーとして関わりました。

また、期間中のバイオインフォマティクス問題と動物生理学問題の二つの実習問題のサーバをAWSの10のリージョンに合計50台稼働させ、運用を行いました。（疲れた。）チームの皆さんありがとうございました！

R2, 2020. 7. 13. 東京市ヶ谷出張。国際生物学オリンピックの問題作成委員のバイオインフォマティクスチームのリーダーとしてインタビューのビデオ撮影。

R2. 2020. 5. 本年の臨海ハッカソンは残念ながら中止です。

2018. 12. 8-9

日本動物学会中部支部大会に参加。名古屋大学にて。

（名古屋大学大学院理学研究科菅島臨海実験所公開シンポジウム「2020年代の海洋生物学の展望：生態行動学・進化分類学から海洋天然物化学まで」と共済）

口頭発表をしてきました。

川島武士（国立遺伝学研究所）「比較動物学へ比較メタボローム解析を取り込むための現状と課題 / Current status and issues to adopt comparative metabolomes into the comparative zoology」

2018. 12. 4.

研究室内発表会

「表現型としてのメタボローム解析のための生命情報科学 / Bioinformatics to analyze metabolome as a phenotype」

2018. 11. 23-25

日本発生生物学会秋季シンポジウム(closed)に参加。基礎生物学研究所にて。

川島武士・佐藤允治（国立遺伝学研究所）「表現型としてのメタボローム解析のための生命情報科学」

2018. 11. 20.

ROIS 若手研究者クロストークを開催しました。実行委員長としての参加。

関係者協力者参加者みなさま、ありがとうございました。

2018. 10. 26.

The 1216th NIG colloquium で発表。

「Utilizing evolutionary knowledge for metabolome analysis」

Speaker: KAWASHIMA, Takeshi (Arita Lab)

2018. 09. 19-21.

JSBiの年大会(IIBMP鶴岡大会)に参加しました。楽しく意義深かった。鶴岡の年会委員のみなさま、ありがとうございました！

2018. 09. 10-11.

イトマキヒトデの撮影のために、浅虫臨海実験所に滞在しました。

2018. 08. 29-31

総研大葉山にて、The 16th Korea-Japan-China Bioinformatics Symposium 2018に参加し、発表しました。

タイトルは「Research for the evolution of metabolic pathways utilizing metabolome data」

2018. 08. 16-17.

某業務で東大を訪問しました。

2018. 07. 14-22.

某業務でイランのテヘランを訪問しました。

2018. 06. 11-14.

広島大学の向島臨海実験所でRinkaiHackathon2018を行いました。

https://sites.google.com/view/rinkaihack/past-events/rinkai-hackathon-2018

2018. 05. 21-22

筑波大学訪問。

2018. 05. 7-10

三崎近辺でのイトマキヒトデ採集に参加しました。

天候不良のために多くの時間をJAMSTECで過ごしました。JAMSTECの皆さんありがとうございました。

2017. 03.27-28

筑波大学、和田研究室を訪問しました。共同研究の件。

2017. 03.26

東京大学、遠藤研究室で、共同研究プロジェクト（メタボリックタイムマシーン）についての議論をしました。

2017. 03.07. 情報・システム研究機構の開催する「未来投資型プロジェクト」評価審査会に参加しました。審査員の皆様忌憚ない意見をありがとうございました。

2017. 01. 26. D-STEP (DDBJ-SuperComputer Training & Educational Program) / DDBJingの講師として講演しました。

2017. 11. 29. 筑波大学和田洋研究室を訪問しました。共同研究の件です。

2017年度

2017. 09.27-09.29. 北海道大学で開かれる日本バイオインフォマティクス学会年会/ 生命医薬情報学連合大会 (札幌)に参加しました。講演者のみなさんありがとうございました。

ハイライトトラック：

Title : Independent evolution of genomic characters during major metazoan transitions

Number : 7

2017. 09.21-09.23. 富山市で開かれる日本動物学会に参加します。

シンポジウム：シンポジウム「動物学と情報学の境界領域を切り開く」を主催します。

シンポジウム内では、下記の講演も行います。他の発表者の講演も下記の通り。

川島武士、守野孔明:

タイトル「0 来るべき将来における動物学と情報科学との関係を考える」

Tit;e : Think about the relationship between zoology and information science in the coming future

プログラム

0. 川島武士、守野孔明:

0 挨拶、来るべき将来における動物学と情報科学との関係を考える

0 Think about the relationship between zoology and information science in the coming future

9:10-9:30 (15分+5分)

1. 吉田祐貴：

1 ゲノム解析によって明らかとなったクマムシの系統関係と乾眠機構の多様化

1 Phylogenetics and diversified anhydrobiosis mechanisms revealed by genomic analysis of tardigrades

9:30-9:50 (15分+5分)

2. 河野暢明：

2 ハイブリッドシーケンシングを用いた蜘蛛遺伝子の大規模シーケンス解析

2 Large-scale comparative analysis of spider fibroin genes using hybrid sequencing approach

9:50-10:10 (15分+5分)

3. 富井健太郎：

3 タンパク質立体/複合体構造予測, 非モデル生物を含む多様な生物のタンパク質に対する適用可能性

3 Protein structure/complex prediction methods, their applicability to protein targets of various organisms including non-model organisms

10:10-10:30 (15分+5分)

4. 佐藤賢二：

4 動物の動作や仕草の自動的な認識と計測に向けて

4 Toward automatic recognition and measurement of animal's action and gesture

10:30-10:50 (15分+5分)

5. 岩崎渉：

5 動物行動解析のバイオインフォマティクス

5 Bioinformatics for animal behavior analysis

10:50-11:10 (15分+5分)

6. 神保宇嗣：

6 種レベルの生物多様性情報の集約と動物学での活用

6 Aggregations and applications of species-level biodiversity information in zoology

11:10-11:30 (15分+5分)

7. 会場内総合討論

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2017. 09.09-09.16. 岩手県盛岡市で開かれる Biohackathon2017に参加しました。

2017. 08.24-08.26 京都大学で開かれる日本進化学会に参加します。

ポスター発表

タイトル："トランスクリプトームデータを利用した天然化合物注釈方法の開発"

発表要旨：質量分析機器の発達により、天然化合物の解析がハイスループットで行えるようになってきた。しかしながら天然物試料の質量分析から得られるのは、含まれる化合物の質量を示すピークデータのみであり、化合物の構造をピークデータから同定することは、ほとんどの場合まだできない。このように、メタボロミクスデータに対する情報解析の現状は、データベース整備と解析手法の双方について、ごく基本的な問題への対応に手がつけられ始めたところである。発表者は、トランスクリプトームデータを利用することで、質量分析データからの化合物同定を実現すべくその方法を開発中である。まず注目したのは、質量分析データのレポジトリが開発され、自由に利用できる公開データが増加してきたことである。同様にトランスクリプトームについても、DRAにおけるデータ登録数が増えている。そこで質量分析とトランスクリプトームの双方について同一実験条件でのデータが得られるものを調べ、その発現の相関をみることで、代謝酵素とその反応生成物の対応付ができると考えた。現在公開されているのデータは植物に偏っており、今回は農作物種に限った解析結果を報告する。

2017. 07. 25 東京大学小柴ホールで開かれる「海洋生物学の未来社会への貢献」

を聴講してきました。

2017. 07. 20. 平成29年度未来型投資プログラム調査研究(FS) に採択されました。

タイトルは

「日本近海の浅海域を北海道から沖縄までつなぐリアルタイム

生命観測ネットワークの構築をめざしたコミュニティ形成」です。

2017. 07. 06- 07. 07 島根大学隠岐臨海実験所にて開催されるマイクロインジェクション講習会に参加しました。

2017. 07. 04- 07. 05 島根大学隠岐臨海実験所にて、臨海Writethonを開催しました。

2017. 06. 12 - 06. 16 お茶の水女子大学館山湾岸教育センターにて

臨海ハッカソン2017を開催しました。

37名の参加者に加え、センターのスタッフ等も交えて、賑やかでかつ真剣に実習を楽しみました。参加者の皆さんありがとうございました！

2017. 05. 31 東京大学博物館にて、共同研究者と研究計画会議。

佐々木猛智さん、和田洋さん、藤田敏彦さん

2017. 05. 22. - 05. 24 仙台国際センターにてNGS現場の会第五回研究会に参加します。

Title: 遺伝子発現データと質量分析データの相互比較による化合物アノテーションの試み

天然物に対する質量分析を用いた化合物解析は、いずれもその解析の簡便さから多様な種について多くのデータが公開され利用できるようになっている。しかし得られるピークデータに対する化合物同定手法およびアノテーション手法はほとんど開発が進んでいない。今後開発が期待される方向には二つあり、一つは標準化合物に対するピークデータが増えること、もう一つは化合物の分解機序を予測する理論的な枠組みが構築されることである。現在申請者はピークデータのアノテーションに関する第三の手法として、質量分析データと遺伝子発現データを統合し相互比較する方法に注目している。分類群に特異的なピークと、同様な特異性を示す遺伝子群を同定し、関連する代謝パスウェイとして予測するというのが基本戦略である。現在利用できるデータのうち、遺伝子発現データと質量分析データの両方について同一の分類群を十分カバーするデータセットが植物に偏っているため、植物化合物のアノテーションを中心に取り組んでいるが、理論的にはどのような分類群についても応用可能な方法と考えている。本手法に利用できるデータセットの現状と、問題点について報告する。

(同会では、他に二件の共同研究の発表があります。

一件は、DBCLSの大田達郎さん他と発表する

「お花見メタゲノムプロジェクト結果報告」

もう一件は、島根大学の吉田真明さん他と発表する

「全国臨海・臨湖実験所を利用したゲノム生物学教育プログラム作成の試み」

です。)

2017. 3. 27-28. 国立遺伝学研究所のGEM Simposium に参加します

Day 3 (Wednesday, March 29th, 2017)

14:50 - 15:10 GEM talk 5

Title: Reconsidering Evolutionary Study of Metabolic Pathways in Eukaryotes

2017. 3. 27. JSBiの幹事会及び理事会に参加します。産総研お台場。

2017. 3. 24-26. JAISTに行き、SIG-MBI に参加します。

タイトル：質量分析データと遺伝子発現データの統合による化合物アノテーションの試み

講演概要：近年になり、質量分析データと遺伝子発現データのどちらについても、多様な種についての解析結果が公開され利用できるようになってきている。そこで質量分析と遺伝子発現の双方について、種、属、科、目レベルのDifferential Screeningをin silicoで行うことで、化合物とその代謝酵素の関係を明らかにすることができるのではないかと考えられる。発表者の研究は始まったところで、未知化合物や未知タンパク質についての関連を調べるには至っていないが、現在までの解析状況と問題点についてご紹介したい。

2017. 3. 16 京都大学市瀬研究室に出張します。共同研究の報告です。

2017. 03. 08-10 お茶の水女子大学館山臨海実験所にて、PreRinkaiHack2017を開催しました。

2017. 03. 01. 国立遺伝学研究所の助教に着任しました。

2016年度

2016. 12. 20 国立遺伝学研究所のBiological Symposiumで講演しました。

"Comparative Genomics for Understanding the Origin of Deuterostomia"

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/seminer-ja?id=818

2016. 12.12-15 DBCLS国内版Biohackathon, BH16.12に参加しました。

2016.11.30 少し前ですが、Simakovさんとの共著レビュー論文がDev.Biol誌に受理されました！

Simakov & Kawashima (2016)

Developmental Biology, in press.

"Independent evolution of genomic characters during major metazoan transitions"

2016. 10. 21 東京大学地球惑星科学研究科の遠藤研究室を訪問しました。

2016. 10. 19-21 三島市民文化会館(ゆうゆうホール)で開催される日本発生生物学会秋季シンポジウム2016に参加しました。（発表なし、情報収集のみ）

2016. 10.9 東京大学地球惑星科学研究科の遠藤研究室を訪問しました。

2016. 10.5-10.6 Togoの日に参加しました。

2016. 9.26-10. 1 東京お台場の東京国際交流館プラザ平成で開催される、

第５回生命医薬情報学連合大会 ( 2016年度JSBi年会)に

参加しました。ポスター発表も行いました。

2016. 9.12 京都大学.市瀬研を訪問しました。共同研究の報告会。

2016. 8.25-27 東工大で開催される日本進化学会の年会に参加する予定です。

ポスター発表も行いました。

2016. 8. 1 筑波大学の和田研究室を訪問しました。

2016. 6.11-6.18 慶應大学山形キャンパス及び橘屋で開催されたBioHackathon2016に参加しました。

2016. 6. 1. 京都大学へ出張。筑波大学の和田教授他と共同研究の打ち合わせ。

2016. 4. 1 国立遺伝学研究所の特任研究員に着任しました。

2015年度

2016. 3. 22-23に国立遺伝学研究所で行われた、日独合同セミナー / Bilateral Workshop Germany - Japan "The Evolution of Genomes and their Functions"に参加しました。

発表タイトルは

"Hemichordate Genomes and The Updated Synapomorphy of Deuterostome"

（和訳(意訳)）

ギボシムシのゲノム解読と新口動物の共有派生形質の改訂

です。

2015. 2.29-3. 1 九州工大に和田教授とともに出張しました。九州工大の矢田教授との共同研究の相談のためです。

（2015. 3. 14-17のOpebBio&BH15.15には参加しないことになりました。）

2015. 1. 9-10のお茶の水大学館山臨海でのウニのサンプリングに参加しま

2015. 11.12 長らくの懸案であった、論文が一つアクセプトされました。ほっとしています。OISTの竹内猛さん他複数名との共著論文です。

2015.10. 29-31. 京都での日本バイオインフォマティクス学会に参加しました。

2015. 10.20 長らくの懸案であった、Atsuko Satoさん他との共著論文がアクセプトされました。Satoさんおめでとうございます。

2015. 10.13 長らくの懸案であった、論文が一つアクセプトされました。ほっとしています。

2015. 9. 12-19. Biohackathon2015に参加しました。

2015. 7. 1-3. 筑波でのNGS現場の会に参加しました。

ポスター発表

P3-42 Jul 2 17:45, Jul 3 11:15

新口動物の共通祖先のもつ Homeobox 遺伝子セットについて

川島武士 1, 2 1 筑波大学 2 沖縄科学技術大学院大学

2015. 5. 2-5.

筑波での日本発生生物学会に参加しました。

2015.5.26

幕張の地球惑星科学連合に参加しました。

2015. 5. 14-15.

柏のSPARQLthonに飛び入り的に参加しました。

2015. 4. 1.

筑波大学生命環境学系助教として着任しました。

2014年度

2015. 3. 26 To Tokyo. For attending a board meeting of JSBi. /

JSBiの理事会参加のために東京へ

2015. 3. 20-21 To Kanazawa. For attending A Sig-Bio and OpenBio. /

今年は、金沢のSig-BioとOpenBioの合同研究会に参加。

2015. 3.15 「次世代シーケンサー活用術」化学同人が出版されました。7章の一部を分担執筆しています。

2015. 1.26 職場復帰。2014年12月後半から1月中頃まで、サイトメガルウィルス感染で療養していました。関係者皆さんにはご迷惑をおかけしました。

2014. 11. 26 To Tsukuba. A seminar presentation titled as,

"A proposal of a database system for combining Evolutionary Genomics with Paleontology: A case study for understanding the Deuterostome Evolution" /

筑波大学でセミナーをしました。タイトルは下記。

ゲノム進化学と古生物学を統合するためのデータベースシステムの提言：新口動物進化解明を例に

2014. 11. 9 -14 To Sendai. For attending the Biohackathon 2014. /

バイオハッカソン2014に参加するために仙台滞在予定。

Lightning Talkで話すことになりました。タイトルは、下記。

"Developing linked open data for an emerging new scientific field, Geogenomics" / 「新しい学問分野である地球ゲノミクスためのLOD開発について」

2014. 10.29-30 To Kashiwa-no-Ha, for attending the Illumina Hands-on-Seminar. / イルミナ社の主宰するDeveloper's Conferenceに参加しました。

2014.10.28 Attend to ECAT-info meeting at Okazaki. I have a oral presentation titled as ""Had there been no ECAT, now we would come up against ..."/ 岡崎の基生研で開催される第17会情報交換会に参加します。短い発表も行う予定でタイトルは「新学術領域「複合適応形質進化」なかりせば」でした。=> 講演内容をうけて領域長から宿題をだされてしまいました。

2014. 10. 2-4. To Sendai. For attending the annual meeting of JSBi 2014. /

JSBi2014年会 / 生命医薬情報学連合に参加する為に仙台へ。期間中に理事会もありました。

2014. 9. 18-19. To Tokyo. For discussion with members of the Endo Lab. /

東大遠藤研究室の方達と会議のため東京へ。

2014. 9. 14. To Tokyo. For discussion with Prof. Satoh. /

研究室の上司と会議のため東京へ。

2014. 8. 26 Seminar at Univ. Osaka

大阪大学でセミナーをしました。

「ポストゲノム解読と新口動物進化研究」

2014. 8. 21-24 Not To Osaka. for attending the Society for the Evolutionary Studies, Japan.

SESJ / 日本進化学会 2014年年会には、今年は参加しませんでした。)

2014. 7.25.

共同研究者である黄川田さんたちの論文が採択されました。私も共著者の一人です。

2014. 7.22-24 - To Hokkaido. For attending the preparatory meeting for Paleogenomics. /

古代ゲノム領域推進のための準備会議のために北海道へ。

2014. 5. 30.

同僚のSutadaさんの論文がGBEに採択されました。おめでとうございます。

私も共著者の一人です。

2014. 5. 15-17. To Edajima-island in Hiroshima. For Sampling Sand Dollars. /

ハスノハカシパンとガンガゼとバフンウニについて、採集および購入したものをサンプリングしに、広大向島臨海実験所に滞在。

2014. 4. 13-15. To Edajima-island in Hiroshima. For Sampling Sand Dollars. /

ハスノハカシパンを採集しに、広島県江田島へ。期間中、広大向島臨海実験所に滞在。

2014. 4. 1-3. To PacificoYokohama in Kanagawa, To attend the JpGU 2014. /

地球惑星科学連合での発表のため、神奈川県横浜市へ。

口頭発表 5月2日、9:00-10:45

マイクロシンテニーに注目した後生動物古代ゲノム情報の復元

A reconstruction of genomic information of metazoan based on the microsynteny conservation.

2014. 4. 18-19. To Edajima-island in Hiroshima. For Sampling Sand Dollars. /

ハスノハカシパンを採集しに、広島県江田島へ。その後、広大向島臨海実験所へ

2014. 4. 4. To Aka-island in Okinawa. For MGU Retreat, 2014.

MGUリトリート2014のために、沖縄阿嘉島へ。

2013年度

2014. 3. 17 JSBi理事会と総会のために東京へ。

2014. 3. 15-16 新学術領域研究「複合適応形質進化」の会議のため、鳥取滞在。

2014. 2. 17-19 生命情報科学若手の会第５回研究会に参加するため、千葉県滞在。

発表は2月17日.夕方

ポスター発表

川島武士

「動物多様性研究のためのゲノム情報基盤整備についてー特に門レベルの多様性進化に注目して」

2014. 1. 米国Berkeleyに久々に訪問。

2014. 12.15 新学術領域研究「複合適応形質進化」のインフォマティクス情報交換会のため東京へ行きました。

2013. 12.04 JSBi理事会のワーキンググループ出席のため、神戸に行きました。

2013. 10.29 -10.31 東京で開かれるJSBi2013年年会・生命医薬情報学連合大会に参加しました。理事会にも参加しました。

2013. 9. 26 - 9.28 岡山で行われる日本動物学会の年会に参加します。招待講演の他、自分でも関連集会の企画と下働きをしました。関連集会に参加くださった皆様講演者の皆様、ありがとうございました。

2013. 8. 28 - 8.31 筑波で行われる日本進化学会の年会に、参加しました。

シンポジウムで講演しました。

評議委員会のために前日入りしました。

最終日はそのまま筑波大学のTKB EvoDevoに参加しました。

オーガナイザーの皆様に感謝！

2013. 8. 20 遺伝研で講演しました。聴講に来ていただいた皆さん方に感謝です。

招待いただいたS先生とラボの皆様方にも感謝。

国立遺伝学研究所 The 1677th Biological Symposium.

2013. 8. 8. JAMSTECから布浦さんと高木さんがNIBBに訪問されました。共同研究の可能性について話すため。

2013. 7. 29. JSBi理事会のために東京のお台場に行きました。

2013. 7. 24. OISTに一時帰研しました。授業サポートのため。

2013. 7. 11. 褐虫藻ゲノムの論文が発表になりました！

2013.6.23 - 6.28 BioHackathon2013に参加しました。

2013. 6.16 OISTに一時帰研しました。ギボシムシのサンプリングなど。

2013. 6.1. 富山で行われる、新学術領域の報告会に、参加しました。

2013. 4.19. 地球惑星科学連合に参加します。発表はありませんが、共同研究者同士の会議がありました。

2013. 4.13. 東京に出張しました。共同研究のためです。

2013. 4.8. 東大の遠藤研究室を訪問しました。共同研究の打ち合わせです。

2013. 4.24.- 4.25. 東大の遠藤研究室を訪問しました。共同研究の打ち合わせです。

2013. 4.16- 4.19. OISTに一時帰研しました。

2013. 4.10. 新人として歓迎されました。ありがとうございました。

2013. 4. 2.- 4. 6. 筑波の生物資源研究所に訪問しました。共同研究の件です。

2013. 4. 2. 新学術領域の研究費(公募)、不採択通知を受けました。

2013. 4. 1. 基礎生物学研究所の訪問研究員制度を利用し、

４月からしばらくの間、基礎生物学研究所で研究することになりました。

(受け入れ研究課題名が正式に決まりました。「非モデル生物ゲノムを対象としたDNA配列解析法の開発（ギボシムシを例として）」"Development of Analytical Method for the Genome DNA in non-model organisms (Analysis of Acornworm Genome as a typical example)".受入期間平成25年4月1日から平成25年12月31日まで。)

2012年度

2013. 3.27. JSBiの理事会と総会に出席するために東京お台場へ出張しました。

2013. 3.16 来年以降の共同研究について、東大の遠藤一佳教授の研究室に訪問。

2013. 3. 15 松前ひろみさん（東京医科歯科大学／現北里大）との共著論文が発表されました。

Hiromi Matsumae, Mayuko Hamada, Manabu Fujie, Yoshihito Niimura, Hiroshi Tanaka, Takeshi Kawashima

A Methodical Microarray Design Enables Surveying of Expression of a Broader Range of Genes in Ciona intestinalis

Gene 519 (2013) pp. 82-90

2013. 3. 9-11. 新学術領域研究「複合適応形質進化」の2012年度報告会（領域会議）に参加します。場所は鹿児島県の屋久島です。將口班の連携研究員としての、またインフォマティクス情報交換会スタッフとしての参加になります。

將口栄一「サンゴに共生する褐虫藻類の比較ゲノム学的研究」

2013. 3. 1- 3. 生命情報科学若手の会の第四回研究会に参加しました。

生命情報科学若手の会第４回研究会・開催プログラム

共催:新学術領域「複合適応形質進化」オープンセミナー

会場：岡崎コンファレンスセンター・中会議室

ヒメギボシムシ(Ptychodera. flava)のゲノム配列を手がかりに新口動物の起源を探る

(Poster発表)

2013. 2. 22. Bioinformaticsのハンズオンセミナーを開催しました。

Linked Open Data Initiativeの加藤文彦さんにも講演していただきました。

当日は30名以上の参加者があり、大変活気のある地域部会となりました。

2013. 2. 5- 7. 箱根で行われるNINSコロキウムに参加してきました。

2013. 1. 25 Shin Nihon Kaijiの船の見学に行ってきました。

2012. 12. 27- 28. 新学術領域研究「複合適応形質進化」の第四回情報交換会に、私も出席します。金沢大学宝町キャンパス医学部G棟2階第４講義室。

27日 13:30 - 18:30

28日 9:00 - 16:00?

27日に下記のタイトルで発表いたしました。

「シンテニーブロックの描画用RubyのClass。自前で作ってみました。」

2012. 12.19 - 12.21 Biohackathon12.12に参加しています。Paleogenomics関係の情報統合のために必要な知見を調査中です。

2012.12.15 Zoological ScienceからMeeting ReportのAccept連絡が届きました。よかったー。

2012. 12.11 名古屋大学から吉村先生がこられました。

Marine Genomics Seminar 22th.として開催しました。

2012. 12.10 バークレー時代に同僚だったE.Gさんとともに琉球大のIkeda研究室を訪問しました。頭足類のすばらしい研究に感銘しました。

2012. 12.8 OWECSが終了しました。非常に充実した会になりました。

2012. 12. 3 - 12. 4 OWECSが開催されます。私もスタッフとして参加します。

2012. 10.31 - 11.2 新学術領域「ゲノム・遺伝子相関」の若手の会で講演する予定です。=>帰ってきました。なかなか楽しかったし勉強になりました。Tさん誘ってくださってありがとうございました。なんと期間中、講演を2回も行いました。

招待講演：「わたしの見てきた動物ゲノム解読のこの10年」11月2日、15時。

ミニトーク：「OISTマリンゲノミックスユニットでのアセンブル経験」11月2日、21時。

2012. 10. 27 同僚との論文がZoological Scienceにアクセプトの連絡を受けました!

MarinegenomicsDB: An integrated genome viewer for community-based annotation of genomes.

Koyanagi R. et al. Zool. Sci. in press (2012)

2012. 10. 19 - 10. 21 来年移行の共同研究関連の会議のため東京に出張します。

2012. 10. 18 大阪大学の中村さん達が研究室訪問に来られました。

2012. 10. 17-10.18 OBC9(基礎生物学研究所とOISTの共催による)に顔をだしました。サンゴ研究の有名人は勢揃いしていました。

2012. 10.16 JAMSTECの航海NT12-26調査航海終了。台風のため予定は大幅に変更され、

2012. 10. 11 米国のグループとOISTの生田さん(現JAMSTEC)や田川さん(広島大)との共同研究がCurrent Biologyの電子版に掲載されました！

Identical Genomic Organization of Two Hemichordate Hox Clusters.

Freeman R. et al. Current Biology. in press (2012)

10月11日から、ほぼ１週間の船旅となりました。乗船期間中、潜航調査は残念ながら断念しました。

2012. 10.12 - 10.20 JAMSTECの航海NT12-26に乗船予定。深海のギボシムシを探索します。

2012. 10. 2. OWECSの応募を閉め切りました。

2012. 10. 1 JSBiのニュースレターにエッセーが掲載されました。

特集：次世代の生命情報科学に向けてー若手研究者からの視点・論点

川島武士「実験する生命情報科学者の育成を!」JSBi News Letter, No.25. p5-6.

2012. 9.29 - 10. 1 台風12号 Jelawatの停電で、ひどい被害にあいました。

2012. 9. 26 - 9. 27. OISTの安全衛生委員のメンバーとして、大阪大学と産総研関西センターを視察しました。

2012. 9. 10. JSBiの理事として、CBRCでの会議に出席しました。

2012. 9. 6. OISTの入学式でした。

2012. 8. 30 - 9. 1. 東京大学の遠藤一佳先生とともに、奄美大島でのシャミセンガイのサンプリングに行ってきました。

2012. 8. 20 日本進化学会の評議員として、首都大学東京での評議会に参加しました。

2012. 8. 21 - 23 日本進化学会に参加しました。

ワークショップ「進化学事典ができました会議」を主催。自分も講演しました。

2012. 7. 28. 東工大瀬々潤さん訪問。

2012. 7. 25 - 7. 27. サンプリング航海のための打ち合わせにJAMSTECへ。

2012. 6. 30. うるま地区閉鎖によるIRPからの最終引っ越し。

2012. 6. 19 - OIST第一期生予定の池上慶太さんが、短期滞在システムを利用して滞在を受け入れ（8月末まで）。

2012. 6. 12. 第21回のOIST Marine Genomics Seminarを開催しました。理化学研究所の工樂さん。

2012. 6. 2 - 6. 2. 京都大学にて第一回ホヤの研究会。平山さんを偲ぶ会。

2012. 5. 31. 日本発生生物学会の発生生物学若手ネットワーク・ランチョンセミナー共催のため、神戸。

2012. 5. 24 次世代シーケンサー現場の会に参加しました。

2012. 5. 22. - 5.24. 日本地球惑星連合2012年大会に参加しました。招待講演で話しました。

B-PT28 古代ゲノム学（コンビーナ遠藤一佳）

「動物ゲノムデータのリンクドデータ化の試みについて」川島武士

2012. 4. 11. ゲノムアセンブル手法について議論するため、DOE-JGIを訪問しました。

2011年度

2012. 3.31 JSBiの理事として、理事会に参加しました。

2012. 3.22 - 3.24. 金沢でのSIG-MBIに参加の予定が、高熱の風邪にてキャンセル。

2012. 3.18. OIST Open Campus. マリンゲノミックスユニットもブースをだしました。

2012. 3. 5. - 3. 7. 新学術領域「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」の領域会議をOISTで開催しました。

この中のインフォマティクス情報交換会で講演しました。

2012. 2. 14 - 2. 15 京都大学GCOEゲノム実習にて、講師として参加しました。

2012. 1. 17 - 1. 19. 東京大学の遠藤先生、木下先生とともに、アコヤガイの第二回ゲノムジャンボリーを開催しました。（東京大学本郷キャンパス）

2012. 1.7, - 1.9 名古屋大学で開催された定量生物学の会第四回年会に参加しました。

ポスター発表6 「海産生物の表面に注目する」川島武士

2011. 12. 21- 12. 22. 新学術領域「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」のインフォマティクス情報交換会に参加しました。

2011. 12. 17. ゲノム班会議大阪、に参加しました。

2011. 12. 14. 第20回のOIST Marine Genomics Seminarを開催しました。University of California, BerkeleyのDaniel Rokhsar教授。

2011. 12. 8. OIST Researchers' Retreat 2012を、Guillaud研究員とともに主催しました。

2011. 10. 11. 岡山学芸館高校で講演しました。

2011. 9 26 - 9.30. 米国カリフォルニアにてDOE-JGIのMGMコースに参加しました。

2011. 9.1.-9.4 生命情報科学若手の会、沖縄セミナーをスタッフの一人として開催しました。

2011. 8. 10. 第18回のOIST Marine Genomics Seminarを開催しました。東北大学の大林武博士。

2011. 8. 10. 第17回のOIST Marine Genomics Seminarを開催しました。SARS研究所のDaniel Chourrout 博士。

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