遺伝子の発現制御メカニズムは、詳しく調べられているとはいえ、まだまだ興味深い研究対象です。遺伝子間領域に遺伝子発現調節領域がある、というのが一般的なイメージです。全ゲノムDNA配列が今程ゴロゴロ発表される前、つまり2010年位までは、解読されたDNA配列を、もっと嘗めるように詳細に調べていたように思います。
最近は、ドラフトゲノムのドラフト度が高まって、せっかくゲノム配列を解読しても遺伝子間領域は特にデータ精度がいい加減で、解析結果に対していろいろ自信がもてません。
幸い、私にとっての2013年度は、いくらかサバティカル的な期間になりましたので、論文用のデータになるかどうかをあまり気にせず、データで遊ぶ余裕ができました。
それで、自分の好きな生物のゲノムDNA配列の遺伝子間領域をあつめていろいろ解析してみたいと思います。結果はココにちょこちょこ張ります。
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Cis制御領域が非常に詳しく調べられている例としてウニのEndo16から手をつけることにしました。
その他、動物においてMicroSyntenyが広く保存していることが知られているらしい、下記の遺伝子群にも手をつけるつもりです。
Irx (within Bilateria) : CAMP
HH (刺胞動物分岐以降)
Pax1 (新口動物分岐以降)
Fox1 (新口動物分岐以降)
Islet : CAMP
Otx : CAMP
Endo16
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Strongylocentrotus purpuratus
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Public
GenBank: AAB47214.1
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/1223914?report=fasta
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ver 0.5 / 29
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ver 3.1 / 28
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Ptychodera flava
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ABI WGS READS
GPFWno1275_a23.b1
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EST
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ver. 0.2 / 23
pfl_pre_g20574 contig75343 : 16 ... 1809 : +
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ver. 0.6.20131204_5 / 27
pfl.endo16g1.t1 scaffold00346_pfl.endo16g1.t1
pfl.endo16g2.t1 scaffold00346_pfl.endo16g2.t1
pfl.endo16g3.t1 scaffold00346_pfl.endo16g3.t1
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ver. 0.6.20131225_5
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To Do
海産無脊椎動物における、cis領域保存性論文集める。
脊椎動物、昆虫、センチュウなどにおける、比較ゲノムによる制御配列解析の論文集め。
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References