Takeshi Kawashima / 川島 武士 / かわしま たけし

d動物の多様性をゲノム解析を通じて理解したい






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Contact Address / 連絡先

Takeshi Kawashima

National Institute of Genetics

Yata 1111, Mishima City, Shizuoka, Japan
ZIP 411-8540 

411-8540 
静岡県
三島市谷田1111

国立遺伝学研究所
生命情報研究センター
生命ネットワーク研究室

川島 武士

俳号は風楽風楽亭

Tel  
研究所の電話を通じてかけてください




分担著書/共著






次世代シーケンサー活用術

Profile / 略歴 / これまで



Academic Record / 学歴 / どこでまなんだか

S63, 1988.4    Hibarigaoka Gakuen Senior High School / 雲雀丘学園高等学校入学
H 3, 1991.3     Hibarigaoka Gakuen Senior High School / 雲雀丘学園高等学校卒業
H 4, 1992.4     School of Engineering, Osaka Pref. Univ. / 大阪府立大学工学部入学 
H 8, 1996.3     School of Engineering, Osaka Pref. Univ. / 大阪府立大学工学部卒業 
H 8, 1996.4     Graduate School of Science, Kyoro Univ. /
                                        京都大学大学院理学系研究科修士課程入学  1998.3     同修了
H10, 1998.4     Graduate School of Science, Kyoro Univ. / 
                                        京都大学大学院理学系研究科博士課程入学  2001.3     同修了 
H13, 2001.3     Ph D. (Science) Kyoto Unive. / 
                                        博士(理学) 京都大学     取得

Career / 職歴 / どこではたらいたか

H13, 2001. 4. 1 - 2003.11.30 日本学術振興会 特別研究員PD (京都大学化学研究所) 

H15, 2003.12.1 - 2006. 3.31 京都大学大学院理学研究科 助手 (動物学系) 

H18, 2006. 4. 1 - 2008. 3.31 日本学術振興会 海外特別研究員
       (DOE Joint Genome Institute ) 
  「ホヤゲノムにおける多型分布の解析」

H20, 2008. 4. 1 - 2010. 3.31 Researcher at Okinawa Institute of Science and Tech. /
                                   (独) 沖縄科学技術研究基盤備機構 研究員
H22, 2010. 4. 1 - 2011.10.31  Group Leader at Okinawa Institute of Science & Tech. /
                                   (独) 沖縄科学技術研究基盤整備機構 Group Leader
H23, 2011.11.1-- 2014. 3.31   Group Leader at OIST, Gratuate University / 
                                   学校法人 沖縄科学技術大学院大学学園 Group Leader
                                                                            (学校法人化による配置換) 
H26, 2014.  4.1-- 2015. 3.31       
                                   Staff Scientist III (Group Leader) at OIST, Gratuate University / 
                                   学校法人 沖縄科学技術大学院大学学園 
                                   スタッフサイエンティストIII グループリーダー
                                                                            (規約の変更による配置換) 
H25, 2013. 4. 1-- 2015. 3.31
                                   Visiting Scholar at NIBB, NINS /
                                   自然科学研究機構 基礎生物学研究所 訪問研究員
                                                                            (OISTに在籍しての訪問研究)
H27, 2015. 4. 1-- 2016. 3.31 
                                   Research associate at U.Tsukuba / 
                                   筑波大学 生命環境学系 助教
H28, 2016. 4. 1-- 2017. 2.28.
                                    Postdoctral Researcher at NIG / 
                                   国立遺伝学研究所 特任研究員

H28, 2017. 3. 1--
                                    Assistant Professor at NIG / 
                                   国立遺伝学研究所 助教

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Schedules / 近い予定

2017. 03.07. 情報・システム研究機構の開催する未来投資型プロジェクト」評価審査会に参加します。

2017. 01. 26. D-STEP (DDBJ-SuperComputer Training & Educational Program) / DDBJingの講師として講演予定です。

2017. 11. 29. 筑波大学 和田洋研究室を訪問します。共同研究の件です。

Recent Events / 最近のできごと

2017. 09.27-09.29. 北海道大学で開かれる日本バイオインフォマティクス学会年会/ 生命薬情報学連合大会 (札幌)に参加しました。講演者のみなさんありがとうございました。

ハイライトトラック:

Title   : Independent evolution of genomic characters during major metazoan transitions
  Number  : 7

2017. 09.21-09.23. 富山市で開かれる日本動物学会に参加します。
シンポジウム:シンポジウム「動物学と情報学の境界領域を切り開く」を主催します。

シンポジウム内では、下記の講演も行います。他の発表者の講演も下記の通り。
川島武士、守野孔明: 
タイトル「0 来るべき将来における動物学と情報科学との関係を考える」
Tit;e : Think about the relationship between zoology and information science in the coming future

プログラム
 0. 川島武士、守野孔明: 
 0 挨拶、来るべき将来における動物学と情報科学との関係を考える
 0 Think about the relationship between zoology and information science in the coming future

9:10-9:30 (15分+5分)
 1. 吉田祐貴:
 1 ゲノム解析によって明らかとなったクマムシの系統関係と乾眠機構の多様化
 1 Phylogenetics and diversified anhydrobiosis mechanisms revealed by genomic analysis of tardigrades

9:30-9:50 (15分+5分)
 2.  河野暢明:
 2 ハイブリッドシーケンシングを用いた蜘蛛遺伝子の大規模シーケンス解析
 2    Large-scale comparative analysis of spider fibroin genes using hybrid sequencing approach 

9:50-10:10 (15分+5分)
 3. 富井健太郎:
 3  タンパク質立体/複合体構造予測, 非モデル生物を含む多様な生物のタンパク質に対する適用可能性
 3  Protein structure/complex prediction methods, their applicability to protein targets of various organisms including non-model organisms

10:10-10:30 (15分+5分)
 4. 佐藤賢二:
 4 動物の動作や仕草の自動的な認識と計測に向けて
 4 Toward automatic recognition and measurement of animal's action and gesture

10:30-10:50 (15分+5分)
 5. 岩崎渉:
 5 動物行動解析のバイオインフォマティクス
 5 Bioinformatics for animal behavior analysis

10:50-11:10 (15分+5分)
 6. 神保宇嗣:
 6 種レベルの生物多様性情報の集約と動物学での活用
 6 Aggregations and applications of species-level biodiversity information in zoology
11:10-11:30 (15分+5分)
 7. 会場内総合討論

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2017. 09.09-09.16. 岩手県盛岡市で開かれる Biohackathon2017に参加しました。

2017. 08.24-08.26 京都大学で開かれる日本進化学会に参加します。
  ポスター発表
タイトル:"トランスクリプトームデータを利用した天然化合物注釈方法の開発"
発表要旨: 質量分析機器の発達により、天然化合物の解析がハイスループットで行えるようになってきた。しかしながら天然物試料の質量分析から得られるのは、含まれる化合物の質量を示すピークデータのみであり、化合物の構造をピークデータから同定することは、ほとんどの場合まだできない。このように、メタボロミクスデータに対する情報解析の現状は、データベース整備と解析手法の双方について、ごく基本的な問題への対応に手がつけられ始めたところである。発表者は、トランスクリプトームデータを利用することで、質量分析データからの化合物同定を実現すべくその方法を開発中である。まず注目したのは、質量分析データのレポジトリが開発され、自由に利用できる公開データが増加してきたことである。同様にトランスクリプトームについても、DRAにおけるデータ登録数が増えている。そこで質量分析とトランスクリプトームの双方について同一実験条件でのデータが得られるものを調べ、その発現の相関をみることで、代謝酵素とその反応生成物の対応付ができると考えた。現在公開されているのデータは植物に偏っており、今回は農作物種に限った解析結果を報告する。

2017. 07. 25 東京大学小柴ホールで開かれる 「海洋生物学の未来社会への貢献」
      を聴講してきました。

2017. 07. 20. 平成29年度未来型投資プログラム調査研究(FS) に採択されました。
      タイトルは
日本近海の浅海域を北海道から沖縄までつなぐリアルタイム
               生命観測ネットワークの構築をめざしたコミュニティ形成」です。

2017. 07. 06- 07. 07 島根大学 隠岐臨海実験所にて開催されるマイクロインジェクション講習会に参加しました。

2017. 07. 04- 07. 05 島根大学 隠岐臨海実験所にて、臨海Writethonを開催しました。

2017. 06. 12 - 06. 16  お茶の水女子大学 館山湾岸教育センターにて
          臨海ハッカソン2017を開催しました。
 37名の参加者に加え、センターのスタッフ等も交えて、賑やかでかつ真剣に実習を楽しみました。参加者の皆さんありがとうございました!

2017. 05. 31 東京大学博物館にて、共同研究者と研究計画会議。
      佐々木猛智さん、和田洋さん、藤田 敏彦さん

2017. 05. 22. - 05. 24 仙台国際センターにてNGS現場の会第五回研究会に参加します。
 Title: 遺伝子発現データと質量分析データの相互比較による化合物アノテーションの試み


天然物に対する質量分析を用いた化合物解析は、いずれもその解析の簡便さから多様な種について多くのデータが公開され利用できるようになっている。しかし得られるピークデータに対する化合物同定手法およびアノテーション手法はほとんど開発が進んでいない。今後開発が期待される方向には二つあり、一つは標準化合物に対するピークデータが増えること、もう一つは化合物の分解機序を予測する理論的な枠組みが構築されることである。現在申請者はピークデータのアノテーションに関する第三の手法として、質量分析データと遺伝子発現データを統合し相互比較する方法に注目している。分類群に特異的なピークと、同様な特異性を示す遺伝子群を同定し、関連する代謝パスウェイとして予測するというのが基本戦略である。現在利用できるデータのうち、遺伝子発現データと質量分析データの両方について同一の分類群を十分カバーするデータセットが植物に偏っているため、植物化合物のアノテーションを中心に取り組んでいるが、理論的にはどのような分類群についても応用可能な方法と考えている。本手法に利用できるデータセットの現状と、問題点について報告する。

(同会では、他に二件の共同研究の発表があります。
一件は、DBCLSの大田達郎さん他と発表する
お花見メタゲノム プロジェクト結果報告」

もう一件は、島根大学の吉田真明さん他と発表する
全国臨海・臨湖実験所を利用したゲノム生物学教育プログラム作成の試み

です。)
 

2017. 3. 27-28. 国立遺伝学研究所のGEM Simposium に参加します
    Day 3 (Wednesday, March 29th, 2017)
    14:50 - 15:10 GEM talk 5
    Title: Reconsidering Evolutionary Study of Metabolic Pathways in Eukaryotes 

2017. 3. 27. JSBiの幹事会及び理事会に参加します。産総研お台場。

2017. 3. 24-26. JAISTに行き、SIG-MBI に参加します。

タイトル:質量分析データと遺伝子発現データの統合による化合物アノテーションの試み
講演概要:近年になり、質量分析データと遺伝子発現データのどちらについても、多様な種についての解析結果が公開され利用できるようになってきている。そこで質量分析と遺伝子発現の双方について、種、属、科、目レベルのDifferential Screeningをin silicoで行うことで、化合物とその代謝酵素の関係を明らかにすることができるのではないかと考えられる。発表者の研究は始まったところで、未知化合物や未知タンパク質についての関連を調べるには至っていないが、現在までの解析状況と問題点についてご紹介したい。

2017. 3. 16 京都大学市瀬研究室に出張します。共同研究の報告です。

2017. 03. 08-10 お茶の水女子大学館山臨海実験所にて、PreRinkaiHack2017を開催しました。

2017. 03. 01. 国立遺伝学研究所の助教に着任しました。

2016. 12. 20 国立遺伝学研究所のBiological Symposiumで講演しました。

"Comparative Genomics for Understanding the Origin of Deuterostomia"
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/seminer-ja?id=818

2016. 12.12-15 DBCLS国内版Biohackathon, BH16.12に参加しました。

2016.11.30 少し前ですが、Simakovさんとの共著レビュー論文がDev.Biol誌に受理されました!
 Simakov & Kawashima (2016)
   Developmental Biology, in press.
 "Independent evolution of genomic characters during major metazoan transitions"

2016. 10. 21 東京大学 地球惑星科学研究科の遠藤研究室を訪問しました。

2016. 10. 19-21 三島市民文化会館(ゆうゆうホール)で開催される日本発生生物学会秋季シンポジウム2016に参加しました。(発表なし、情報収集のみ)

2016. 10.9          東京大学 地球惑星科学研究科の遠藤研究室を訪問しました。

2016. 10.5-10.6  Togoの日に参加しました。

2016. 9.26-10. 1  東京お台場の東京国際交流館プラザ平成で開催される、
        第5回生命医薬情報学連合大会 ( 2016年度JSBi年会)に
        参加しました。ポスター発表も行いました。

2016. 9.12       京都大学.市瀬研を訪問しました。共同研究の報告会。

2016. 8.25-27 東工大で開催される日本進化学会の年会に参加する予定です。
       ポスター発表も行いました。


2016. 8. 1   筑波大学の和田研究室を訪問しました。

2016. 6.11-6.18 慶應大学山形キャンパス及び橘屋で開催されたBioHackathon2016に参加しました。

2016. 6. 1. 京都大学へ出張。筑波大学の和田教授他と共同研究の打ち合わせ。

2016. 4. 1 国立遺伝学研究所の特任研究員に着任しました。



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