Después de 1555, la Paz de Augsburgo se convirtió en el documento legal legitimar regula la coexistencia de Luteranismo y creencias católicas en las tierras alemanas del Sacro Imperio Romano, y sirvió para aliviar muchas de las tensiones entre los seguidores de la llamada Vieja Fe y los seguidores de Lutero. Tenía dos defectos fundamentales. En primer lugar, Fernando se había precipitado el artículo sobre la reserva eclesiástica a través del debate; que no se había sometido al escrutinio y la discusión que asistió a la aceptación de cuius regio, eius religio . En consecuencia, su redacción no cubría todo, o incluso más, los posibles escenarios legales. Su ad hoc Declaratio Ferdinandei no se debatirá en Pleno, en absoluto; en cambio, el uso de su autoridad para "actuar y resolver", que había añadido que en el último minuto, en respuesta a la presión ejercida por las familias principescas y caballeros.

Estas deficiencias específicas se volvió contra el Imperio en décadas posteriores. Tal vez la mayor debilidad de la Paz de Augsburgo fue su incapacidad para tener en cuenta la creciente diversidad de la expresión religiosa emergente en las llamadas tradiciones evangélicas y reformadas. Por 1555, las reformas propuestas por Lutero ya no eran las únicas posibilidades de expresión religiosa: anabaptistas , como el frisón Menno Simons (1492-1559) y sus seguidores, los seguidores de Juan Calvino , que eran particularmente fuertes en el suroeste y el noroeste, o los de Zwinglio , fueron excluidos de las consideraciones y protecciones bajo la Paz de Augsburgo. De acuerdo con la paz religiosa, sus creencias religiosas eran oficialmente herético, y se mantendrían por lo que en las tierras bajo el gobierno directo de la Casa de Habsburgo hasta que la Patente de Tolerancia en 1781.

La idea de individuo tolerancia religiosa a nivel nacional fue, sin embargo, no se aborda: ni las iglesias reformadas ni radicales ( calvinistas y anabaptistas siendo los principales ejemplos) fueron protegidos en virtud de la paz (y anabaptistas rechazaría el principio de religioso cuius regio eius en cualquier caso). Muchos grupos protestantes que viven bajo el gobierno de un príncipe luterano todavía se encuentran en peligro de la acusación de herejía . La tolerancia no se extendió oficialmente a los calvinistas hasta la Paz de Westfalia en 1648, y la mayoría de los anabaptistas, finalmente, se trasladó a la del Nuevo Mundo o fueron exterminados.

Aunque cuius regio, eius religio dieron príncipes el derecho de imponer su propia religión en sus temas, algunos gobernantes encontrado más conveniente para tolerar las religiones que ya estaban en su lugar. Por ejemplo, Frederick Augustus I, elector de Sajonia se convirtió al catolicismo en 1697 con el fin de convertirse en rey de Polonia, pero el electorado de Sajonia quedaba oficialmente protestante. El elector de Sajonia incluso logró retener la dirección del cuerpo protestante en el Reichstag .

Juan Segismundo, elector de Brandeburgo se convirtió al calvinismo en 1613, pero sus asuntos se mantuvo predominantemente luterana. Brandeburgo-Prusia sería en adelante un estado bi-confesionario en el que tanto el luteranismo y el calvinismo eran religiones oficiales. Los electores de Brandeburgo ya tolerados catolicismo en Prusia ducal , que se encontraba fuera de las fronteras del Imperio Romano y se llevó a cabo en feudo del rey de Polonia. Que más tarde adquirir otros territorios católicos en Polonia, pero impuso impuestos de hasta el 80% de los ingresos de la iglesia. Brandeburgo-Prusia también adquirió territorios en el oeste de Alemania, donde el catolicismo era la religión oficial. En 1747, Federico el Grande dio permiso para que una catedral católica, la catedral de St. Hedwig , que se construirá en la capital predominantemente-luterana de Berlín.

Aplicación en los territorios eclesiásticos

Guerra de Colonia .

No se llegó a un acuerdo sobre la cuestión de si católicas obispos y abades que se convirtieron en Lutheran deben perder sus oficinas y los ingresos, hasta que el ecclesiasticum Reservatum se insertó por decreto imperial. La validez de esta inserción fue disputada en una guerra de cinco años entre el protestante-Convert-arzobispo elector de Colonia, Gebhard von Waldburg Truchess , y su reemplazo Católica- Ernest de Baviera , con la victoria de este último sostenerlo.

El Príncipe-Obispado de Osnabrück se convirtió en la excepción a cuius regio, eius religio . Osnabrück se convirtió gradualmente en más Luteranista después de 1543, con la conversión o la elección de varios obispos protestantes. Sin embargo, nunca llegó a ser completamente Luterano, como los servicios católicos todavía se llevaron a cabo y los obispos católicos también fueron elegidos. En la Paz de Westfalia , que se negoció parcialmente en Osnabrück, tanto las religiones católica y luterana se restaura al estado que tenían en Osnabrück en 1624. Osnabrück seguía siendo un territorio eclesiástico gobernado por un príncipe-obispo, pero la oficina se llevaría a cabo alternativamente por un obispo católico y un obispo luterano, que fue seleccionado a partir de lo que se convirtió en la casa de Hannover . Mientras que el territorio fue gobernado por un obispo luterano, los católicos estarían bajo la supervisión del arzobispo de Colonia .

En 1731, el príncipe-arzobispo von Firmian de Salzburgo decidió obligar a la práctica del catolicismo en su territorio. El príncipe-arzobispo pidió Imperial y tropas bávaras para ayudar en la supresión de aproximadamente 20.000 luteranos que viven en Salzburgo . En virtud de la Paz de Westfalia, estos salzburgueses discrepantes no tenían derecho a practicar su religión en un arzobispado católico, pero sí tienen el derecho a migrar a un estado protestante. En febrero de 1732, el rey Federico Guillermo I de Prusia ofrecido hacerse cargo de ellos en Prusia oriental. Otros encontraron su camino a Hanover , Holanda, y los británicos colonia de Georgia .