El Instituto Superior de Lenguas fue creado el 12 de abril de 1965 por Resolución Nº 123 del Rector de la UNA, Dr. Crispín Insaurralde y simultáneamente, bajo los auspicios de la Embajada de los Estados Unidos de América en Paraguay, se firmó un convenio para organizar y poner en marcha una licenciatura de estudios especializados en la enseñanza del Inglés como lengua extranjera y en la literatura y cultura de los Estados Unidos.

La Licenciatura en Lengua Francesa fue creada en 1971.

La Licenciatura en Lengua Guaraní se inicia en 1972 y en el año 1977 se creó la Licenciatura en Lengua Italiana, que estuvo en funcionamiento hasta 1983.

La Licenciatura en Lengua Alemana se creó en el año 1985.

La Licenciatura en Lengua Portuguesa se inicia en el año 2011.

En diciembre de 1999, el ISL pasó a depender académica y administrativamente de la Facultad de Filosofía de la Universidad Nacional de Asunción.

El ISL además es la única institución en el país, designada para examinar a los postulantes al título de Traductor Público mediante la Res. Nro 64/00 de la Dirección General de Educación Superior (MEC) sobre la base de un convenio entre el MEC y la UNA.

Se pretende dotar al egresado de las mejores herramientas lingüísticas y sociológicas, metodológicas, técnicas, científicas y culturales para lograr un profesional de alto nivel que responda a los delineamientos propuestos en los fines de la UNA.