In zijn Bibliotheca beschrijft de negende-eeuwse auteur Photius van Constantinopel de inhoud van een verloren gegaan werk dat over het martelaarschap van Timoteüs ging. Hierin wordt de rol die Johannes bij de bundeling van de synoptische evangeliën zou hebben gehad beschreven. Een vergelijkbaar verhaal is ook terug te vinden in de Handelingen van Timoteüs uit de vijfde eeuw.
Photius, Bibliotheca, 254:
Ἀνεγνώσθη ἐκ τῆς μαρτυρικῆς Τιμοθέου τοῦ ἀποστόλου συγγραφῆς.
(...)
Τοῦ δὲ ἱεροῦ Τιμοθέου τρόπῳ τῷ εἰρημένῳ τὸν βίον λιπόντος, καὶ Δομετιανοῦ ἐξ ἀνθρώπων ἀποφθαρέντος, Νέρβα δὲ τοῦ Ῥωμαϊκοῦ κράτους τὸ σκῆπτρον ἀναδεδεγμένου, ὁ θεολόγος Ἰωάννης τῆς ὑπερορίου φυγῆς ἀφεθεὶς κατάγεται πρὸς τὴν Ἔφεσον, ἧς καὶ πρότερον ὑπὸ Δομετιανοῦ πεφυγάδευτο. Καὶ γὰρ ἐν ταύτῃ διέτριβε ναυαγήσας μὲν περὶ τὸν αἰγιαλόν, ἐκβρασθεὶς δὲ τῆς θαλάσσης ἐμπνέων ἔτι, ἡνίκα Νέρων ὁ ἐμμανὴς τὸν κατὰ τῶν Χριστιανῶν ἔπνει διωγμόν· ὅτε καὶ τοὺς τόμους, οἳ ἀνέγραφον διαφόροις γλώσσαις τὰ σωτήρια τοῦ δεσπότου πάθη τε καὶ θαύματα καὶ διδάγματα, τούτους παρὰ τῶν κομιζόντων δεξάμενος διέταξέ τε καὶ διήρθρωσε, καὶ ἑνὶ ἑκάστῳ τῶν τριῶν εὐαγγελιστῶν τὸ ὄνομα ἐνηρμόσατο. Ἀλλὰ γάρ, ὅπερ εἶπον, ψηφίσματι Νέρβα τῆς ὑπερορίας ἀνακληθεὶς τῇ Ἐφεσίων ἐπέστη μητροπόλει, καὶ αὐτὸς δι´ ἑαυτοῦ, ἑπτὰ συμπαρόντων ἐπισκόπων, τῆς Ἐφεσίων ἀντιλαμβάνεται μητροπόλεως, καὶ διήρκεσε τὸν τῆς εὐσεβείας κηρύσσων λόγον ἄχρι τῆς βασιλείας Τραιανοῦ. Ταῦτα δὴ καὶ τοιαῦθ´ ἕτερα διηγεῖται τὸ μαρτύριον ἁπλουστέρᾳ φράσει τοῦ ἁγίου Τιμοθέου.
Acta Timothei, 28-38:
καὶ γὰρ καὶ οἱ ἐπακολουθήσαντες τοῖς μαϑηταῖς τοῦ κυρίου ἡμῶν Ἰησοῦ Χριστοῦ τοὺς παρ' αὐτῶν σποράδην συνταγέντας χάρτας διαφόροις γλώσσαις συγγεγραμμένους τῶν γεναμένων ἐπὶ αὐτῶν ϑαυματουργημάτων ὑπὸ τοῦ κυρίου ἡμῶν Ἰησοῦ Χριστοῦ οὐχ ἐγνωκότες συνθεῖναι, παραγενόμενοι ἐπὶ τῆς Ἐφεσίων κατὰ κοινὴν γνώμην ᾿Ιωάννῃ τῷ πανευφήμῳ ϑεολόγῳ αὐτοὺς ττροσήγαγον· ὅστις πάντα κατανοήσας καὶ ἐξ αὐτῶν ὁρμηϑεὶς τὰ μὲν παρ’ αὐτῶν εἰρημένα ἐν τοῖς τρισὶν εὐαγγελίοις ἐνθεὶς κατὰ τάξιν Ματϑαίου καὶ Μάρκου καὶ Λουκᾶ ἀπεγράψατο, τὰς αὐτῶν ὀνομασίας ἐνθεὶς τοῖς εὐαγγελίοι· εὑρὼν δὲ αὐτοὺς τὰ τῆς οἰκονομίας τῆς ἐνανθρωπήσεως γενεαλογήσαντας, ἅτε τὰ ἐκ τοῦ ϑείου στήϑους ἀναμαξάμενος τὰ ἐχείνοις οὐκ εἰρημένα αὐτὸς ϑεολογεῖ, ἀναπληρώσας καὶ τὰ ἐλλιπῶς αὐτοῖς εἰρημένα ἐν τοῖς κεφαλαίοις ϑεῖα ϑαυματουργήματα· ὅϑεν τῷ τοιούτῳ συντάγματι εἴτ᾽ οὖν εὐαγγελίῳ τὸ ἑαυτοῦ ἐπέϑηκεν ὁνομα.