隠れマルコフモデルを使ったプログラムをつくろうとしたのですが，見本となる結果が欲しかったので有名なライブラリであるGHMM(General Hidden Markov Model library)を利用したいと思います．インストールにちょっと手間取ったのでインストールメモを残します．
Ubuntu 10 インストール成功．
Cygwin まだ成功していません．
Ubuntu10に関連したインストールのみ紹介します．普通にUbuntu10が入っている環境とWindows上でVirtualBoxを使ってインストールしたUbuntu10の両方共動作確認しました．Ubuntu10のインストールは何もオプション設定なしに適当に入れた状態からのスタートです．
まず，インストール用のデータをsvnで取得してからmakeしてインストールという簡単な手順ですが，はじめてUbuntu10を利用する状態ではいろいろなライブラリが足りませんのでインストールする環境を整えたいと思います．
まず，svnでデータをダウンロードしたほうが簡単なので下記のコマンドでsvnをインストール．
#sudo apt-get install subversion
簡単にインストールできます．便利な世の中になりました．．．では，svnを使ってダウンロードしてインストールといきたいところですが，色々インストールした後にわかった必要なライブラリをインストールしましょう．
下記の5つが必要です！コマンドを打てばすぐにインストールできると思います．Pythonは2.6系列が入ると思います．3.0系列で動くかどうかは未確認．
$ sudo apt-get install automake
$ sudo apt-get install autoconfig
$ sudo apt-get install libtool
$ sudo apt-get install python
$ sudo apt-get install python-dev
automakeを入れるとかってにautoconfigも入るので全部のコマンドを行わなくてもいいかもしれません．
実は上記の環境が整えばGHMMのホームページの通りに行えばいいだけのような気がします．
でもｌ，取りあえず解説．
下記のコマンドでGHMMのデータを取得しましょう！
$ svn co https://ghmm.svn.sourceforge.net/svnroot/ghmm/trunk/ghmm
コマンドを実行したディレクトリにghmmのディレクトリが作成されて最新バージョンのデータがダウンロードされたと思います．
では，中に移動してコンパイルしましょう．
$ cd ghmm/trunk/ghmm ＊ghmmの中のこのディレクトリへ移動
$ sh autogen.sh ＊コンパイルするための情報を自動的に設定してくれるシェルを実行
$ ./configure ＊このコマンドでエラーがでてもMakefile.inができていればOK
$ make
$ sudo make install
./configureのときにsetup.pyでASCII関連でエラーが出るときは日本語フォントが入っているためにエラーが起きていると思いますので（私はそうでした），setpu.pyを編集しましょう！
setpu.pyは下記のフォルダにあります．ホームディレクトリにghmmディレクトリがあると仮定して
~/ghmm/trunk/ghmm/ghmmwrapper
この中にあるsetpu.pyの２行目に下記の文章を追加．
# -*- coding: utf-8 -*-
UTF-8の設定をしてあげるだけだったのですね．．．
それでも上記のコマンドが上手くいかない場合は，環境構築がうまくいっていない時がありますのでもう一度環境が上手く設定されているかどうか確認して下さい．
最後にライブラリのパス設定．下記コマンドを立ち上がっているターミナルに記載すればいいのですが．．．
$ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
ターミナル立ち上げごとに書くのは面倒なのできちんと設定しましょう．
下記のファイルをエディターで編集します．
/etc/ld.so.conf
このファイルの中に下記を追加して保存．
/usr/local/lib
保存後に下記のコマンドを実行．
sudo ldconfig
このコマンド実行しないと反映されないので注意．（初心者向けの注意ですので．．．）
これにて一件落着！
pythonで動くライブラリなのでpythonを立ち上げます．
$ python
上記コマンドを打つと下記のようになると思います．
Python 2.6.4 (r264:75706, Mar 16 2010, 09:46:46) [GCC 4.0.1 (Apple Inc. build 5490)] on darwin Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>>
それではghmmライブラリをインポートしましょう．
>>> import ghmm
ここでエラーが出る人はライブラリのパスの設定がうまくいっていないのでもう一度ライブラリパスの設定を見なおして下さい．
後は好きにghmmライブラリのコマンドを打ってみてください．
（最後は手抜きですみません．．．良いサンプルがあったらあとで追加します．）