Звук йот в русских гласных дифтонгах (е, ё, ю, я) принято на письме не обозначать (ель, ёлка, юла, ялик). Исключение составляют начальные е и ё в заимствованных словах: тут дифтонг передаётся по принципу «один звук — одна буква» (Йель, йога) — см., например, [Розенталь 1998, § 7]. Под это правило попадает и Йемен. От этого написания, по всей видимости, и пошёл один из принципов траслитерации, принятых в советском востоковедении: всегда передавать харф йа буквой й. Применялся он, правда, не всегда последовательно (так, йа под фатхой передавался то как йе, то как йа: Йемен и Йемама, но Йасриб и Йакуб), но главная проблема состоит не в этой непоследовательности, а в игнорировании разности звукового строя русского и арабского языков: при чтении сочетания «гласный + йот + гласный» носитель русского языка невольно делает паузу после йота, то есть получается, что слово аят, переданное как айат, содержит хамзу под фатхой, йа под сукуном, хамзу под фатхой, та. Такая востоковедная передача (айат) искажает оригинальное звучание больше, чем современная (аят). Разумеется, правило «всегда й» проще; однако рассматривать разные фонетические случаи как разные представляется более правильным. Кроме того, рукъя, Марьям, Юсуф, Якуб не просто точнее передают оригинал и не нарушают принципов русской орфографии, но и на письме выглядят вполне по-русски, в отличие от рукйа, Марйам, Йусуф, Йакуб.