Ci sono state alcune iniziative del governo Berlusconi che hanno sollevato preoccupazioni riguardo alla loro possibile influenza sulla criminalità organizzata in Italia.

Nella seconda metà del 1993, dopo l’arresto di Riina, Bernardo Provenzano decide di appoggiare Forza Italia e Silvio Berlusconi, tramite l’aiuto del senatore Marcello Dell’Utri, dato che Forza Italia aveva dato delle garanzie riguardanti i problemi di Cosa Nostra, ovvero: codice penale sull’associazione mafiosa, pressione giudiziaria, 41-bis, confisca dei beni e la normativa sui collaboratori di giustizia.

Il pentito Cucuzza ha riferito ai PM di aver saputo tramite una terza persona che Dell’Utri aveva assicurato che entro il gennaio del 1995 ci sarebbero state delle misure legislative favorevoli alla Mafia.

Una delle questioni più controverse durante il governo Berlusconi è stata la legge sull'intercettazione, varata nel 2006, che ha introdotto limitazioni all'uso di intercettazioni telefoniche e ha reso più difficile l'uso di prove raccolte tramite intercettazioni nelle indagini giudiziarie.

La legge ha sollevato preoccupazioni tra gli osservatori che hanno reso più difficile per la magistratura investigare e perseguire i crimini della Mafia.

Un'altra questione riguarda la legge sulle prescrizioni, approvata nel 2003, che ha esteso i termini di prescrizione dei reati. Questa legge ha sollevato preoccupazioni perché potrebbe aver aiutato i membri della Mafia a evitare la giustizia per i loro crimini.

Infine, ci sono state preoccupazioni riguardo alla politica di Berlusconi di alleanze politiche con partiti regionali che erano stati accusati di avere legami con la mafia, in particolare la coalizione con la Lega Nord in Sicilia.

Tuttavia, è importante sottolineare che queste preoccupazioni sono state sollevate da alcuni osservatori e che non ci sono prove conclusive che il governo Berlusconi abbia adottato misure legislative specificamente favorevoli alla Mafia.

 Classe V° B WCM