그리스도인의 모든 것은 기도 위에 세워져야 하기 때문에 BEE는 기도를 중요하게 여깁니다. 전체 기도 모임은 온누리교회 서빙고 캠퍼스와 양재 캠퍼스, 두 곳에서 매주 토요일 오전 6:30에 모입니다. 서빙고 캠퍼스에서는 사역을 시작하던 1992년부터 모였고 양재 캠퍼스에서는 2016년부터 모였습니다. 또한 지부 별 기도모임도 있고 온누리교회 캠퍼스별로 모이기도 합니다.