Diverse le ipotesi sull'origine del nome: per alcuni il nome Pedara deriva da un'antica ara dedicata a Giove, etimologicamente "ai piedi dell'ara" da cui oggi prende il nome la sua strada principale; per altri il nome proviene da “'a Pirara”, ‘pero', per la presenza di molti alberi di pero nel territorio, da Pidara nel dialetto locale si passa a Pidara.  

La sua storia si lega all'arrivo dei Normanni. Nel 1388 il vescovo della diocesi autorizzò gli abitanti a costruire la prima chiesa parrocchiale dedicata alla Vergine Maria. Due eruzioni vulcaniche devastarono il territorio di Pedara, costringendo gli abitanti a trasferirsi più a valle, facendo sorgere l'attuale sito. Nella seconda metà del XV secolo la reggenza del borgo passò nelle mani del nobile barone di Pedara, Domenico di Giovanni, i cui discendenti governarono fino alla seconda metà del Settecento. Gli ultimi feudatari del borgo furono gli Alliata di Villafranca. 

Nel 1817 il paese divenne comune autonomo.

Il settore primario è presente esclusivamente con la produzione di frumento, viti, olive, agrumi e soprattutto, le pregiate mele.

Fiorente il turismo soprattutto nel periodo estivo.