Nel 1468 l'arcidiacono Giacomo De Gentis promosse un restauro innovativo della chiesa di San Giovanni, dove fu posto il fonte battesimale.
Tra il 1501 e il 1516 Gandolfino da Roreto esegui alcune pale d'altare per il complesso episcopale della cattedrale.
Verso la fine del Seicento, l'intera fabbrica venne coinvolta in un preciso programma di rinnovamento ispirato dal clima della Controriforma con ristrutturazione dell'area presbiteriale e affreschi a tema mariano di Federico Cervelli.
Nella prima metà del Settecento le navate vennero completamente affrescate, l'architetto Benedetto Alfieri realizzò il disegno dell'attuale altare maggiore e Bernardo Vittone lavorò alla nuova realizzazione del presbiterio e del coro. Nell'Ottocento fu realizzata l'ultima trasformazione dei locali accessori del duomo.
Mosaico pavimentale (ceconda metà del secolo XII - inizio del secolo XIII)
Opera musiva rinvenuta nel 1984, appartenente alla cattedrale romanica consacrata da Papa Urbano II nel 1095.
Il manto di tessere in parte consunto e i rappezzi rossicci effettuati prima dell'interramento risalente al sec. XVI, testimoniano il degrado per usura in cui era caduto il manufatto.
Il tesselato si presenta articolato in dodici riquadri figurati suddivisi su tre file, incorniciati da una fascia decorativa geometrica. Tecnicamente il mosaico è impreziosito dalla combinazione dell'opus tesselatum con quella dell'opus sectile: i pannelli figurati sono separati da cornici a triangoli e rombi in placche di marmo. Un sapiente uso della policromia segna e sfuma i contorni delle figure, il disegno è sicuro, morbido, in tessere nere per scandire in modo deciso i limiti delle immagini. Le linee che segnano i panneggi sono ancora spigolose, incise sui fondi, ma l'estrema cura con cui si realizzano i particolari secondari, indica la perizia del maestro impegnato nell'opera.