Para conseguir utilizar certificados do tipo A3 via RDP, é necessário.
Ter instalado os drivers da mídia instalado no computador aonde você está presencialmente e no remoto.
A mídia deve estar conectado no computador aonde você está presencialmente.
Na máquina remota, abra o gpedit.msc e navegue até Configuração do computador > Modelos Administrativos > Componentes do Windows > Serviços de Área de Trabalho Remota > Cliente de Conexão de Área de Trabalho Remota > Redirecionamento de Dispositivo USB do RemoteFX
Em Permitir redirecionamento de RDP de outros dispositivos USB do RemoteFX com suporte neste computador, deixe ele habilitado.
Agora do computador aonde você está presencialmente, no RDP, vá em Mostrar Opções> Recursos Locais e deixa marcado Cartões inteligentes, Portas e Outros dispositivos Plug and Play (PNP) com suporte.
Agora se conecte na máquina remota e você vai perceber que a máquina remota reconhece o token e você consegue utilizar.
Uma coisa que percebi foi que se o token está conectado na máquina remota e você acessa ela via RDP o token não é reconhecido pois aparentemente o programa/driver da mídia bloqueia a utilização e o programa não reconhece o token mas o Windows sim, a única forma de usar o certificados do tipo A3 com a mídia conectada no computador remoto, precisa utilizar outros programas de acesso remoto como por exemplo, TeamViewer, TightVNC, etc. A melhor forma de utilizar certificados na máquina remota, é utilizar certificados do tipo A1 e instalar no perfil do usuário.