比較生物學是建構生物演化歷史的重要研究取徑，近年來隨著分子實驗技術及基因體定序的進步，我們可以透過比較動物發育過程中所使用的分子調控機制來建構動物形態演化的歷史。這類的研究即是所謂演化發育生物學，或EvoDevo。

　　本實驗室以EvoDevo探索環節動物門環帶綱 (絲蚯蚓、蚯蚓、水蛭等) 及扁形動物門 (海扁蟲、渦蟲、吸蟲、絛蟲等) 等兩個無脊椎動物類群的演化起源。這些水生的無脊椎動物缺乏化石紀錄，因此在過去僅能以現生物種進行親緣關係分析，找出和它們關係最接近的動物類群，藉此想像它們如何演化成現今的樣態。而EvoDevo研究方法能進一步以基因的表現與功能等分子證據來檢驗形態演變的假說，以建構形態特徵的演變。另一方面，動物的形態是因其生態功能而演化出來，因此我們也打算檢驗這些動物類群的功能形態及行為生態，以擴充EvoDevo研究的內涵。

　　本實驗室使用新穎的分子細胞生物學技術來分析基因表現與功能，以探索生態與演化相關的問題，因此加入本實驗室的學生能接受到跨越多種生物學次領域的訓練。

近年研究主題

• 以比較澤蛭及單孔蚓的基因體與胚胎早期發育分子機制，來建構環帶綱環節動物發育的祖徵，並和多毛類環節動物胚胎發育比較，以重建環帶綱祖先於四億多年前自海洋入侵陸域淡水環境所發生的適應性演化。

• 解析澤蛭及鏈渦蟲等簡單水生無脊椎動物感覺系統的構成與功能，探索動物感官系統與行為的多樣性與適應性演化。