Стыковка молекул

англ. docking

http://ru.wikipedia.org/wiki/Стыковка_(молекулярная)

Молекулярная стыковка иногда называется «докинг». Но эта калька не проясняет смысл этого важного понятия. Термин «молекулярная стыковка» следует считать более правильным в этом конкретном случае, чем «молекулярный докинг».

Правда, что поделаешь, если оригинальных исследований на русском всё меньше и меньше.

Наиболее устойчивым будет комплекс молекул с наименьшей энергией системы. Поэтому, по сути, задача стыковки - решение задачи на минимизацию энергии, со всеми вытекающими из этого последствиями.

1. Правильно составить функцию энергии

2. Реализовать алгоритм минимизации

Поскольку макромолекулы - сложная система, авторы софта различными способами ускоряют вычисления, составляя приближенные потенциальные сетки и так далее. Много пыли вокруг этой темы, поскольку данная область физической теории ускоряет и удешевляет фармацевтический поиск лекарственного средства, соответственно связанна с большими деньгами.

В своей статье 1999 года Eva Nogales, описывает как она производила стыковку тубулинов. Она опиралась на кристаллографические данные о микротрубочках, минимизируя разность в плотностях данных кристаллографии и молекулярной плотности тубулнов, чтобы определить какие части белка включаются в латеральные взаимодействия. В то время у нее не было тех средств стыковки, которые мы можем получить сейчас, поэтому возможно повторить этот вопрос. Как же все таки стыкуются тубулины, чтобы образовать трубочки?